PDB-3uv1: Crystal structure a major allergen from dust mite

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uv1

タイトル

Crystal structure a major allergen from dust mite

要素

Der f 7 allergen

キーワード

ALLERGEN / Super-roll

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Dermatophagoides farinae (ダニ)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tan, K.W. / Kumar, T. / Chew, F.T. / Mok, Y.K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Der f 7, a Dust Mite Allergen from Dermatophagoides farinae.
著者: Tan, K.W. / Jobichen, C. / Ong, T.C. / Gao, Y.F. / Tiong, Y.S. / Wong, K.N. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.

履歴

登録	2011年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uv1.cif.gz	86.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uv1.ent.gz	70.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uv1_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uv1_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	3uv1_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	3uv1_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6cww-d 2pyf-d 4elk-2 1qfo-d 4mnh-1 3m6x-d 4obf-d 3m6w-d 6hrr-d 3n0s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Der f 7 allergen

B: Der f 7 allergen

44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.092, 58.234, 128.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 6:48 OR RESSEQ 50:130 OR RESSEQ 132:196 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 6:48 OR RESSEQ 50:130 OR RESSEQ 132:196 )

#1: タンパク質	Der f 7 allergen 分子量: 22197.369 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 18-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1KXH4, UniProt: Q26456*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.4 and 28% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月5日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 30870 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.031
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→19.903 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2801	3227	6.52 %	random
R_work	0.2241	-	-	-
obs	0.2276	30870	98.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.854 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1707 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.0432 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.8726 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2867	0	0	281	3148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.188	3938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.031	1060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	513

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0001-2.0299	0.3369	135	0.2664	1935	94
2.0299-2.0616	0.2965	136	0.2573	1905	94
2.0616-2.0953	0.2903	134	0.2429	1981	97
2.0953-2.1314	0.2522	141	0.2408	2027	98
2.1314-2.1701	0.2817	137	0.2561	1974	99
2.1701-2.2118	0.4453	149	0.3495	2082	99
2.2118-2.2569	0.4356	138	0.3795	1976	100
2.2569-2.3059	0.3743	145	0.3064	2026	99
2.3059-2.3595	0.2959	138	0.2625	2035	99
2.3595-2.4184	0.3716	139	0.2275	2040	99
2.4184-2.4837	0.2754	137	0.2318	1997	98
2.4837-2.5566	0.286	145	0.2267	2011	98
2.5566-2.6389	0.3651	133	0.2474	1981	98
2.6389-2.733	0.3151	142	0.2379	2015	99
2.733-2.8422	0.3152	147	0.2437	2047	100
2.8422-2.9711	0.2629	145	0.2253	2031	100
2.9711-3.1272	0.2841	135	0.2274	2033	100
3.1272-3.3223	0.2372	141	0.2118	2038	100
3.3223-3.5774	0.2312	142	0.2138	2030	99
3.5774-3.9349	0.2584	144	0.2032	2068	100
3.9349-4.4986	0.2486	139	0.1724	1995	99
4.4986-5.6462	0.2403	142	0.1713	2047	100
5.6462-19.904	0.2466	143	0.2093	2027	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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