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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uum | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of utrophin | ||||||
要素 | utrophin | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / triple helical / Structural stability / cytoskeletal | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane bounded cell projection / actin binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Muthu, M. / Richardson, K.A. / Sutherland-smith, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: The crystal structures of dystrophin and utrophin spectrin repeats: implications for domain boundaries 著者: Muthu, M. / Richardson, K.A. / Sutherland-Smith, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uum.cif.gz | 109.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uum.ent.gz | 86.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3uum_validation.pdf.gz | 434.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3uum_full_validation.pdf.gz | 435.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3uum_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3uum_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/3uum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/3uum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14278.683 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal first spectrin repeat, residues 308-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Utrn / プラスミド: pPRoExHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O55147 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 % |
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結晶化 | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M Na Cacodylate, 0.2M Magnesium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月11日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→35.87 Å / Num. all: 15608 / Num. obs: 14759 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 34.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.72 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 最高解像度: 2 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 15608 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 11.176 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.989 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.87 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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