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- PDB-3uum: Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of utrophin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uum
タイトルCrystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of utrophin
要素utrophin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / triple helical / Structural stability / cytoskeletal
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane bounded cell projection / actin binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. ...Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Calponin homology (CH) domain / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Muthu, M. / Richardson, K.A. / Sutherland-smith, A.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: The crystal structures of dystrophin and utrophin spectrin repeats: implications for domain boundaries
著者: Muthu, M. / Richardson, K.A. / Sutherland-Smith, A.J.
履歴
登録2011年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: utrophin
B: utrophin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5823
ポリマ－28,5572
非ポリマー241
水91951
1
A: utrophin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3032
ポリマ－14,2791
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: utrophin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2791
ポリマ－14,2791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.740, 58.0199, 91.2799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA312 - 3345 - 27
21ASPASPGLUGLUBB312 - 3345 - 27
12VALVALLEULEUAA342 - 43035 - 123
22VALVALLEULEUBB342 - 43035 - 123

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.988802, -0.148351, -0.016192), (-0.14823, 0.988917, -0.008415), (0.017261, -0.005921, -0.999834)20.33609, 1.34866, -55.73369

-
要素

#1: タンパク質 utrophin


分子量: 14278.683 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal first spectrin repeat, residues 308-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Utrn / プラスミド: pPRoExHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O55147
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M Na Cacodylate, 0.2M Magnesium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月11日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.87 Å / Num. all: 15608 / Num. obs: 14759 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 34.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.72 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 15608 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 11.176 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26811 774 5 %RANDOM
Rwork0.19733 ---
obs0.20066 14759 97.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.989 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1969 0 1 51 2021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.9482721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02133218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7815251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68726.923117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03415387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.277158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02359
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
667MEDIUM POSITIONAL0.260.5
833LOOSE POSITIONAL0.635
667MEDIUM THERMAL3.972
833LOOSE THERMAL4.3710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 49 -
Rwork0.292 966 -
obs--96.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16660.23740.66360.36470.80074.0643-0.0085-0.02690.0532-0.0499-0.04720.06770.14880.08720.05560.06350.0084-0.00620.0528-0.02330.127220.8548-4.3201-35.5972
20.4892-0.23070.88640.1459-0.54594.5353-0.02240.08680.00480.0587-0.0281-0.00390.13960.08190.05060.10850.0002-0.00880.0183-0.00230.12960.8605-5.8059-19.668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B308 - 430
2X-RAY DIFFRACTION2A309 - 430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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