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- PDB-3utt: 1E6-A*0201-ALWGPDPAAA Complex, Triclinic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3utt
タイトル1E6-A*0201-ALWGPDPAAA Complex, Triclinic
要素
  • 1E6 TCR Alpha Chain
  • 1E6 TCR Beta Chain
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Insulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility Complex / Human Leukocyte antigen / Type I Diabetes / T cell Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / alpha-beta T cell activation / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / TAP binding / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of protein secretion / negative regulation of gluconeogenesis / fatty acid homeostasis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / regulation of protein localization to plasma membrane / transport vesicle / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / T cell receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / positive regulation of glycolytic process / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / positive regulation of protein secretion / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / insulin receptor binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / positive regulation of cell differentiation / cellular response to iron(III) ion / Regulation of insulin secretion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / wound healing / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / hormone activity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of neuron projection development / MHC class I protein complex / negative regulation of protein catabolic process / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Bulek, A.M. / Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the killing of human beta cells by CD8(+) T cells in type 1 diabetes.
著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. ...著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. / Molloy, P.E. / Wooldridge, L. / Jakobsen, B.K. / Rossjohn, J. / Peakman, M. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
履歴
登録2011年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin
D: 1E6 TCR Alpha Chain
E: 1E6 TCR Beta Chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Insulin
I: 1E6 TCR Alpha Chain
J: 1E6 TCR Beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,99910
ポリマ－189,99910
非ポリマー00
水2,720151
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin
D: 1E6 TCR Alpha Chain
E: 1E6 TCR Beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0005
ポリマ－95,0005
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Insulin
I: 1E6 TCR Alpha Chain
J: 1E6 TCR Beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0005
ポリマ－95,0005
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.480, 98.440, 121.300
Angle α, β, γ (deg.)97.270, 98.160, 93.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC Class I Heavy Chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 1E6 TCR Alpha Chain


分子量: 22386.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
#5: タンパク質 1E6 TCR Beta Chain


分子量: 27911.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 153分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 968.063 Da / 分子数: 2
断片: Pre-pro-insulin Derived Peptide (UNP residues 15-24)
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.579→47.925 Å / Num. all: 61204 / Num. obs: 61204 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.579-2.652.20.7361984344600.73696.7
2.65-2.722.20.6251.2968344300.62596.8
2.72-2.82.20.51.5930242240.596.8
2.8-2.882.20.382919241970.3896.8
2.88-2.982.20.3042.5883840110.30497.2
2.98-3.082.20.2523.1862639320.25297
3.08-3.22.20.1824.2820437410.18297.1
3.2-3.332.20.155805736840.1597
3.33-3.482.20.1315.6746934120.13197.5
3.48-3.652.20.1066.4741534020.10697.1
3.65-3.842.20.0897.1685431240.08997.4
3.84-4.082.20.0818.2646529880.08197.1
4.08-4.362.20.0749617728560.07497.7
4.36-4.712.20.0689.6563926120.06897.4
4.71-5.162.10.06310514724130.06397.4
5.16-5.772.10.0689459221800.06898.3
5.77-6.662.20.06410430219640.06498.4
6.66-8.152.20.0669.5357116440.06698.6
8.15-11.532.20.05111.6275112640.05197.8
11.53-47.9252.10.0729.413956660.07294.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
PHASER位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→29.336 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 2634 5.08 %
Rwork0.1946 --
obs0.1986 51877 89.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.396 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 271.66 Å2 / Biso mean: 61.3677 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.3058 Å24.8857 Å23.9699 Å2
2--0.796 Å2-1.5035 Å2
3----13.1017 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13369 0 0 151 13520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313795
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67118707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9565051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5999-2.69270.37882170.28454146436377
2.6927-2.80050.34712200.2724469468980
2.8005-2.92780.37732310.2744625485685
2.9278-3.0820.34992470.23874810505788
3.082-3.27490.30572910.22745013530491
3.2749-3.52740.31472980.20495080537894
3.5274-3.88160.2662870.17815190547795
3.8816-4.44160.22552870.14475260554796
4.4416-5.58960.2083000.13985286558697
5.5896-29.33820.22932560.17525364562097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0618-0.74120.65151.1514-0.93231.6051-0.1907-0.06870.06650.56480.12620.1061-0.27730.23610.0485-0.0566-0.0382-0.0890.2798-0.04020.149513.08017.3159-7.9497
20.56080.47570.11870.57650.18240.6940.2720.0855-0.01540.5759-0.1330.04040.2227-0.03180.01230.3956-0.1054-0.07720.3344-0.04220.07227.86670.741826.4945
30.6182-0.0594-0.09030.58230.27571.6839-0.0522-0.09250.05080.3960.12080.051.0366-0.1656-0.01110.1635-0.09220.04680.24630.08570.0963.914-10.8068.1687
40.4458-0.055-0.14230.43190.29331.2205-0.1409-0.232-0.11030.3895-0.0573-0.0390.94670.1787-0.00310.2375-0.03380.0620.27460.0280.09972.8067-13.01387.4028
50.061-0.14070.00190.5678-0.32840.4867-0.18080.0030.07530.1263-0.4469-0.2693-0.06280.7529-0.0999-0.12250.0873-0.0970.41480.08310.279514.775610.2431-15.1681
60.1640.10050.29130.9805-0.06340.3704-0.13410.0313-0.1326-0.05880.1697-0.0584-0.7797-0.23110.05190.571-0.02580.1192-0.00990.00920.289213.6430.7149-31.7865
70.0783-0.1946-0.24560.44680.47971.4059-0.12940.12090.0244-0.990.2288-0.043-0.27830.5057-0.05142.1692-0.3140.06630.06-0.07130.299714.477538.1922-62.8503
81.49250.0721-0.29810.30090.24280.61650.3723-0.36080.4321-0.09190.33760.1673-0.1512-0.17590.00371.8903-0.3032-0.28940.11240.0740.62518.464346.0918-67.2639
90.82880.0341-0.25050.1490.19071.76310.18080.3369-0.1623-0.18230.00070.1027-0.6607-0.20790.041-0.1622-0.1711-0.03730.00790.02760.1966.8349.5917-38.954
100.54260.39720.20770.4590.35140.73720.36230.17940.1492-0.19770.19840.0178-1.40410.14720.04451.2401-0.1230.27870.14210.02650.146113.790226.9079-64.1769
110.6312-0.44680.05190.71880.24181.26660.13090.3413-0.3321-0.39260.4428-0.2556-1.3460.03140.05390.614-0.14940.250.1722-0.13460.251812.507715.532-68.2193
120.66540.6909-0.27921.0649-0.47731.0244-0.4104-0.0261-0.0858-0.67320.1475-0.23110.9677-0.0235-0.3315-0.33370.1703-0.06160.03620.01920.132121.1665-20.5905-54.7557
130.2497-0.05370.04670.23790.25160.7364-0.1701-0.10730.2164-0.30840.1998-0.13520.35380.26730.00010.23880.04090.10020.34480.01990.149625.9-13.6209-89.3465
140.6670.0845-0.06850.44260.19111.71170.21510.1451-0.2115-0.04930.11450.003-0.2072-0.13270.02120.01850.0103-0.02310.16890.05990.172516.493-5.3309-73.2019
150.6216-0.00350.04880.5633-0.15730.7491-0.11550.176-0.0272-0.0125-0.03520.0049-0.325-0.0544-0.00040.15390.0430.00440.1430.04580.11613.5223-1.9976-73.4476
160.20790.7297-0.16144.72660.04550.27990.0175-0.290.1763-0.1837-0.7717-0.05940.0504-0.2666-0.265-0.0041-0.2313-0.15320.1639-0.12910.185421.1179-23.3691-47.4896
170.3751-0.4037-0.07330.9778-0.38921.4216-0.5454-0.41470.09210.13450.4009-0.05490.9771-0.7028-0.01320.4997-0.115-0.0192-0.2552-0.01740.139417.7804-44.25-31.3694
180.1352-0.14090.05990.1705-0.02920.1127-0.1648-0.146-0.04350.46650.36490.3719-0.20030.3076-0.00011.38890.14940.23840.4618-0.10250.504412.0275-52.3791-1.6814
190.0570.034-0.03610.0442-0.04240.0249-0.28890.3058-0.3515-0.18840.5554-0.13080.42060.1198-0.00031.13790.10980.22030.37040.05150.72314.7858-59.20960.883
200.61410.3274-0.09540.35940.36461.6145-0.0161-0.37020.2004-0.0609-0.17220.1113-0.2053-0.46890.00080.05880.088-0.030.3465-0.02370.14277.5508-25.011-27.9148
210.5759-0.6092-0.35620.74430.25920.57640.06490.1115-0.0510.17830.03590.01451.0740.18960.00110.6570.17050.04440.3705-0.06310.16948.2241-41.0261-0.5981
220.5126-0.30670.10060.93460.30591.4666-0.3632-0.25050.25380.43290.4941-0.17740.9278-0.06220.04430.30690.11690.05960.4838-0.05340.07413.3728-30.05511.4428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:181)A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 182:275)A182 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 0:42)B0 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 43:99)B43 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 1:10)C1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 3:109)D3 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 110:176)D110 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 177:199)D177 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9(chain E and resid 3:118)E3 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 119:201)E119 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 202:244)E202 - 244
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resid 1:181)F1 - 181
13X-RAY DIFFRACTION13(chain F and resid 182:275)F182 - 275
14X-RAY DIFFRACTION14(chain G and resid 0:37)G0 - 37
15X-RAY DIFFRACTION15(chain G and resid 38:99)G38 - 99
16X-RAY DIFFRACTION16(chain H and resid 1:10)H1 - 10
17X-RAY DIFFRACTION17(chain I and resid 3:109)I3 - 109
18X-RAY DIFFRACTION18(chain I and resid 110:170)I110 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19(chain I and resid 171:199)I171 - 199
20X-RAY DIFFRACTION20(chain J and resid 2:115)J2 - 115
21X-RAY DIFFRACTION21(chain J and resid 116:204)J116 - 204
22X-RAY DIFFRACTION22(chain J and resid 205:244)J205 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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