PDB-3utp: 1E6 TCR specific for HLA-A*0201-ALWGPDPAAA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3utp

タイトル

1E6 TCR specific for HLA-A*0201-ALWGPDPAAA

要素

1E6 TCR alpha chain
1E6 TCR beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / Type I Diabetes

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.574 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Bulek, A.M.

引用

ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the killing of human beta cells by CD8(+) T cells in type 1 diabetes.
著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. ...

履歴

登録	2011年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3utp.cif.gz	373.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3utp.ent.gz	307 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3utp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3utqC 3utsC 3uttC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tyf-1 2eyr-d 6ovo-d 5d5m-4 6fr8-d 6fr9-d 6fr4-d 6eh6-d 3vxt-2 6uk2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: 1E6 TCR alpha chain

E: 1E6 TCR beta chain

K: 1E6 TCR alpha chain

L: 1E6 TCR beta chain

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
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1

D: 1E6 TCR alpha chain

E: 1E6 TCR beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
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2

K: 1E6 TCR alpha chain

L: 1E6 TCR beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.030, 43.260, 124.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 4分子 DKEL

#1: タンパク質	1E6 TCR alpha chain 分子量: 22613.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
#2: タンパク質	1E6 TCR beta chain 分子量: 28026.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3

-
非ポリマー , 4種, 95分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9778 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.574→30.578 Å / Num. all: 32433 / Num. obs: 32433 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.574-2.64	3.6	0.782	0.9	8514	2358	0.782	99.8
2.64-2.71	3.8	0.602	1.2	8911	2340	0.602	99.9
2.71-2.79	3.8	0.522	1.3	8309	2213	0.522	100
2.79-2.88	3.6	0.406	1.7	8175	2247	0.406	99.9
2.88-2.97	3.8	0.299	2.3	7959	2106	0.299	99.7
2.97-3.08	3.8	0.227	3	7865	2069	0.227	99.8
3.08-3.19	3.7	0.177	3.8	7282	1960	0.177	99.4
3.19-3.32	3.6	0.146	4.7	6929	1924	0.146	99.5
3.32-3.47	3.6	0.11	6.2	6582	1811	0.11	99.5
3.47-3.64	3.7	0.084	8	6576	1770	0.084	99.4
3.64-3.84	3.5	0.07	9.5	5830	1659	0.07	99.2
3.84-4.07	3.7	0.06	10.2	5842	1573	0.06	99.5
4.07-4.35	3.7	0.053	11.6	5691	1525	0.053	99.8
4.35-4.7	3.5	0.049	12.9	4875	1397	0.049	99.6
4.7-5.15	3.6	0.047	12.3	4554	1267	0.047	99.5
5.15-5.76	3.6	0.047	12.8	4300	1190	0.047	99.6
5.76-6.65	3.6	0.048	13.1	3731	1032	0.048	99.8
6.65-8.14	3.5	0.042	14.7	3185	898	0.042	99.8
8.14-11.51	3.4	0.038	12.5	2400	704	0.038	99.5
11.51-30.578	3.3	0.035	16.2	1281	390	0.035	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
GDA		データ収集
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.574→30.578 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / WR_factor R_free: 0.2943 / WR_factor R_work: 0.2304 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7782 / SU B: 29.459 / SU ML: 0.319 / SU R Cruickshank DPI: 1.2327 / SU R_free: 0.3701 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.233 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	1644	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2295	-	-	-
obs	0.2327	32414	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.82 Å² / B_iso mean: 57.8729 Å² / B_iso min: 12.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	0 Å²	2.31 Å²
2-	-	2.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.574→30.578 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7107	0	71	83	7261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.905	1.954	9996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.607	3	12168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.058	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.618	24.222	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.171	15	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.862	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	8195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.468	1.5	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.351	1.5	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.667	2	7246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.18	3	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.176	4.5	2750

LS精密化シェル

解像度: 2.574→2.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.453	118	-
R_work	0.391	2212	-
all	-	2330	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5147	-2.6851	-0.0369	3.6956	-3.6985	6.9158	0.0351	0.2794	-0.079	-0.4349	-0.0693	-0.0037	0.3598	0.0198	0.0342	0.1943	-0.029	0.0276	0.0339	-0.0144	0.1188	47.7734	-9.2002	19.6124
2	8.4141	0.8229	-1.0449	7.6546	-0.0087	4.4738	-0.229	-1.7704	-0.044	0.3552	0.219	-0.3973	-0.4203	1.0451	0.0101	0.2642	-0.0294	0.0152	1.1231	0.0203	0.2002	70.1429	-11.2439	45.8298
3	7.3911	1.3649	1.8511	4.0824	2.445	10.3371	0.2089	0.1906	0.2754	-0.0014	-0.0888	-0.2045	-0.1124	-0.2611	-0.1201	0.209	0.0284	0.0444	0.0173	0.0224	0.0808	64.7017	-4.0031	5.6557
4	5.5622	0.1099	-1.0628	6.9216	-2.0479	4.9319	-0.1043	-1.4324	-0.0432	0.2339	0.1554	0.017	-0.1649	0.637	-0.0511	0.0314	0.0051	0.0022	0.6342	-0.0439	0.171	79.9841	-12.4776	32.1257
5	4.74	-0.2609	2.7679	1.497	0.3028	7.3727	-0.0122	-0.6712	0.2332	0.0952	-0.0457	0.0608	-0.1188	0.0107	0.0579	0.1811	-0.0265	0.0228	0.1341	-0.0363	0.114	34.8255	-5.9861	39.2787
6	7.9036	-0.8128	-2.3717	8.9816	0.6061	6.5886	0.3851	0.5143	0.6408	-0.1753	-0.3293	0.3901	-0.3426	-0.2325	-0.0558	0.1676	0.0096	-0.0078	0.1345	0.0972	0.1335	14.8392	5.7817	14.1538
7	5.5536	-3.0649	2.2752	6.9546	-2.0748	5.5254	-0.0711	-0.8848	0.5315	0.1852	0.0763	0.2522	-0.3875	0.1309	-0.0053	0.2671	-0.1168	0.0463	0.2695	-0.203	0.2252	23.0511	6.4019	54.6392
8	5.5672	1.4068	-0.1947	4.8713	2.5603	5.9243	0.2693	0.1987	0.5532	0.0897	0.0426	0.0291	-0.4212	-0.4474	-0.312	0.0873	0.0617	0.0924	0.0664	0.1069	0.3226	5.5649	8.8581	28.4452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	2 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	114 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	121 - 246
5	X-RAY DIFFRACTION	5	K	2 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	114 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	1 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	121 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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