PDB-3utd: Ec_IspH in complex with 4-oxopentyl diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3utd

タイトル

Ec_IspH in complex with 4-oxopentyl diphosphate

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2011年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3utd.cif.gz	278.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3utd.ent.gz	225.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3utd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3utd_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3utd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3utd_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	3utd_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3urkC 3utcC 3uv3C 3uv6C 3uv7C 3uwmC 3ke8S 3dnf 3uv8 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f7t-1 3uv6-1 3uv7-1 3zgn-2 3kef-2 4muy-1 4h4e-2 3uwm-1 3kef-3 4mux-2 3utc-2 3szu-1 3ke8-3 3szl-1 3szl-2 3uv6-2 3ke8-2 3uv3-2 3uwm-2 4h4d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

72.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.110, 80.390, 111.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999699, 0.010469, 0.022178), (0.010756, 0.999859, 0.012867), (-0.02204, 0.013102, -0.999671)	-65.72273, 0.38933, -0.55848

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase 分子量: 35790.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue 参照: UniProt: P62623, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-0CJ / 4-oxopentyl trihydrogen diphosphate 分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月13日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 69488 / Num. obs: 69837 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
REFMAC	5.5.0072	精密化
AC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0072	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8

3ke8

解像度: 1.7→47.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.222 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20607	3476	5 %	RANDOM
R_work	0.14583	-	-	-
obs	0.14884	66045	99.55 %	-
all	-	69521	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	44	515	5332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	24
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.043	1.975	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.707	3	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.576	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.246	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.426	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.031	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.189	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.836	3	4891
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.071	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.923	5	5201

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	238	-
R_work	0.175	4415	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1238	-0.8003	0.1888	0.7964	0.4027	0.3585	-0.01	0.0458	0.0504	0.1025	0.0602	-0.0966	0.0715	0.0436	-0.0502	0.0736	0.0104	-0.0089	0.09	0.0216	0.0947	-8.7024	-7.9942	-7.2163
2	1.9511	0.8087	0.4782	0.517	0.0476	0.2472	0.1109	-0.1055	-0.0958	-0.0428	-0.0702	-0.0384	0.1012	-0.0189	-0.0407	0.0786	0.0048	-0.0036	0.0928	0.0005	0.0649	-29.6223	-10.1766	-10.8962
3	2.006	-0.2439	-0.316	0.1728	0.2717	0.504	0.1088	0.1096	-0.0322	-0.0088	-0.1238	0.038	0.0492	-0.1204	0.0151	0.1182	0.0281	-0.0643	0.1398	-0.0441	0.0454	-39.9138	-13.3159	-21.8903
4	2.3222	-0.266	0.0355	1.5516	1.0396	0.7168	-0.0009	0.067	-0.0843	-0.0757	0.0557	-0.0631	-0.0507	0.0477	-0.0549	0.0876	0.0145	0.0044	0.0815	-0.017	0.0436	-26.473	-10.0486	-21.5943
5	2.4868	-1.6124	1.2634	1.7239	-0.2939	1.0527	-0.0691	0.273	0.0245	0.0293	-0.0399	0.0867	-0.0581	0.2265	0.109	0.0771	0.0219	-0.042	0.1141	-0.0162	0.0627	-36.9619	-9.3555	-27.7138
6	0.4567	0.5697	0.1429	0.7249	0.2347	0.3738	0.022	0.0127	0.0077	-0.0005	-0.004	0.0147	-0.0197	-0.0624	-0.018	0.0972	0.0326	-0.0371	0.1048	-0.0236	0.0602	-40.8536	-4.5668	-20.7766
7	0.3547	1.9394	0.0514	11.4202	-1.8017	5.7134	-0.0657	0.0372	0.238	-0.3361	0.3196	1.3491	-0.0174	-0.1635	-0.2539	0.0307	0.0268	-0.075	0.0957	-0.0044	0.2402	-48.1852	-0.1579	-22.9417
8	0.4839	0.3699	-0.3624	0.2994	-0.2777	0.2739	0.012	0.0272	0.0254	0.015	0.0067	0.0538	0.0017	-0.0085	-0.0187	0.0778	0.0067	-0.0042	0.0943	-0.0125	0.0836	-38.9661	-0.5693	-11.7502
9	2.3829	-1.2869	0.1555	4.9824	-0.3255	1.0839	0.0963	-0.1205	0.0676	0.3726	0.0616	0.5054	-0.0327	-0.0763	-0.1578	0.0527	0.0154	0.0544	0.072	-0.0185	0.1349	-43.9166	15.2868	-8.894
10	0.7658	-0.7819	-0.5549	1.8022	0.5633	0.4023	0.0325	0.0097	0.0603	-0.102	0.0096	0.0192	-0.0253	-0.0091	-0.0421	0.0917	0.0157	-0.0034	0.0673	0.0008	0.053	-31.0329	12.0297	-17.2373
11	0.6073	0.2365	-0.0545	1.4366	-0.1132	0.3421	0.0185	0.0853	0.049	-0.0565	-0.0426	0.1145	-0.1151	-0.031	0.0241	0.079	0.0354	-0.0059	0.054	0.0066	0.0648	-34.6243	20.9221	-16.2243
12	0.1882	0.2277	0.1612	0.8951	0.089	0.2529	0.0004	0.0399	0.0094	0.0424	-0.0081	-0.0486	-0.0292	0.0054	0.0077	0.0774	0.0044	0.0107	0.0655	-0.0072	0.0669	-24.2111	14.3124	-9.9623
13	2.6005	-0.5113	0.6263	3.1393	-1.5823	0.8516	-0.0664	-0.0396	0.1881	0.2529	0.0688	0.0731	-0.1278	-0.0374	-0.0024	0.1822	0.0096	0.012	0.0381	-0.0301	0.042	-29.4036	22.7495	-5.2753
14	0.1682	-0.0118	-0.1746	0.0075	-0.0078	0.436	0.0285	-0.0907	0.0377	-0.0015	0.0082	-0.0197	0.0405	0.0028	-0.0367	0.085	-0.0187	-0.0017	0.1002	-0.0016	0.0667	-19.3721	2.9435	-5.5365
15	0.9645	0.1948	0.2756	0.4911	0.4668	0.5391	0.008	0.0044	-0.0052	-0.0705	0.0199	-0.1078	-0.0328	-0.0215	-0.0279	0.0631	-0.0028	0.0322	0.0678	-0.0059	0.1042	-11.3269	0.5039	-15.4248
16	0.674	0.4871	0.5263	1.0977	-0.0855	3.4069	-0.135	0.0106	-0.0839	-0.2055	0.0646	-0.2052	0.0388	0.2172	0.0704	0.0506	0.014	0.0446	0.0875	-0.0147	0.1116	-2.375	-8.3947	-20.2573
17	0.8889	-0.0929	0.1517	0.1383	-0.0817	0.069	0.022	-0.0771	-0.0653	-0.0496	-0.0035	-0.0324	0.022	-0.0132	-0.0185	0.0695	0.0106	0.0067	0.0651	0.0047	0.1011	-14.658	-11.5758	-13.3768
18	1.7473	-0.7156	-0.8617	1.466	1.357	1.5156	-0.0005	-0.1068	-0.1416	0.1874	0.1081	-0.1838	0.2184	-0.0205	-0.1076	0.0699	0.0049	-0.0045	0.1045	0.0087	0.0921	-7.5483	-11.7749	-7.3067
19	5.4559	0.0685	2.6323	0.0559	0.3032	2.6137	-0.0866	-0.186	-0.128	0.008	-0.002	0.0267	0.037	-0.1025	0.0886	0.0866	-0.0081	0.0028	0.0856	0.0122	0.0543	-31.6043	-7.4973	-2.1407
20	6.4789	0.6824	-1.0605	13.7544	1.2036	8.666	-0.151	-0.0933	0.2307	0.642	-0.3574	0.6488	0.4396	-0.5762	0.5084	0.061	-0.0631	0.041	0.1237	-0.0596	0.0822	-43.9446	-13.8208	-8.026
21	4.2058	1.1158	0.1512	0.9579	-0.4403	0.3621	-0.0441	-0.0276	0.1333	-0.1323	0.0849	0.1344	0.0734	-0.0512	-0.0409	0.081	-0.0153	-0.0297	0.0795	-0.0149	0.1339	-56.8828	-7.9913	7.8092
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39	5.3508	-1.2469	2.3824	0.526	-1.0414	2.1243	-0.0966	0.2028	-0.1412	-0.0088	0.0012	-0.0254	0.07	0.0693	0.0954	0.0978	0.0246	0.0168	0.1137	0.0106	0.0522	-32.9919	-7.9033	3.0504
40	14.5849	-0.9878	0.5684	16.2852	-2.7978	14.6139	0.1027	0.9316	0.0536	-0.1377	-0.5645	-0.7885	0.9738	0.4407	0.4619	0.1095	0.0844	0.0368	0.1444	0.0447	0.0472	-22.6343	-15.9966	7.8273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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