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- PDB-3ut1: Crystal structure of the 3-MBT repeat domain of L3MBTL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ut1
タイトルCrystal structure of the 3-MBT repeat domain of L3MBTL3
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / chromatin modification / transcription repression / MBT repeat / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methylation-dependent protein binding / granulocyte differentiation / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / erythrocyte maturation / macrophage differentiation / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding ...methylation-dependent protein binding / granulocyte differentiation / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / erythrocyte maturation / macrophage differentiation / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. ...Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhong, N. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Graslund, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the 3-MBT repeat domain of L3MBTL3
著者: Zhong, N. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Graslund, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Brown, P.J.
履歴
登録2011年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,98319
ポリマ－37,4501
非ポリマー53318
水1,36976
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,96538
ポリマ－74,8992
非ポリマー1,06636
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.287, 70.619, 58.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AS PER AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3 / H-l(3)mbt-like protein 3 / L(3)mbt-like protein 3 / MBT-1


分子量: 37449.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 228-551 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL3, KIAA1798, MBT1 / プラスミド: BL21-V2R-pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET28-SBP-TEV / 参照: UniProt: Q96JM7
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 27% PEG-3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.2M cobaltous chloride, 0.1M Bis-tris, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 20483 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Χ2: 1.687 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.124.50.85920311.51199.5
2.12-2.214.90.7120391.519199.7
2.21-2.315.40.62420301.715199.8
2.31-2.435.50.47920411.525199.9
2.43-2.585.50.39820251.5671100
2.58-2.785.50.27720781.5841100
2.78-3.065.60.17720521.621100
3.06-3.515.60.09920211.7171100
3.51-4.425.50.06720741.8351100
4.42-505.40.05720922.21199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: based on unpublished model of L3MBTL1, itself based on molecular replacement with coordinates from PDB entry 1OYX

1oyx


解像度: 2.05→44.761 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.201 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.902 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. Restraints for refinement of HEPES coordinates were prepared on the PRODRG server using coordinates from PDB ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. Restraints for refinement of HEPES coordinates were prepared on the PRODRG server using coordinates from PDB entry 1cxq. COOT and the MOLPROBITY server were also used. Note by author: density at residue 373 of chain a is inconsistent with valyl type.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1028 5.027 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 20448 99.446 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 88.31 Å2 / Biso mean: 27.696 Å2 / Biso min: 16.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.043 Å20 Å2-1.888 Å2
2---1.478 Å20 Å2
3---0.636 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 0 32 76 2571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9223547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8473.0074177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9975319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.12523.983118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14915369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.277157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02556
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.1030.331750.3041338146596.451
2.103-2.1610.366800.2961372145599.794
2.161-2.2230.292690.2481309138499.566
2.223-2.2920.328650.261277134599.777
2.292-2.3660.283530.2251245130699.387
2.366-2.4490.294640.2321205127399.686
2.449-2.5410.342600.2691159122199.836
2.541-2.6450.308540.2581116117399.744
2.645-2.7620.298550.2621056111299.91
2.762-2.8960.287570.2511016107799.629
2.896-3.0520.253450.2589901035100
3.052-3.2360.345490.21689895199.579
3.236-3.4590.235500.22184089199.888
3.459-3.7340.228470.20878783799.642
3.734-4.0870.22350.18173376999.87
4.087-4.5650.192340.15966269799.857
4.565-5.2620.19310.17158361599.837
5.262-6.4230.326240.21549552199.616
6.423-8.9910.28240.17336639199.744
8.991-44.7610.198130.2320021897.706

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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