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- PDB-3ust: Structure of BmNPV ORF075 (p33) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ust
タイトルStructure of BmNPV ORF075 (p33)
要素AcMNPV orf92
キーワードOXIDOREDUCTASE / Sulfhydryl oxidase
機能・相同性FAD-linked sulfhydryl oxidase / Baculovirus P33 / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Orf92
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori NPV (カイコ核多角体病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Hou, Y. / Xia, Q.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Bombyx mori nucleopolyhedrovirus ORF75 reveals a pseudo-dimer of thiol oxidase domains with a putative substrate-binding pocket
著者: Hou, Y. / Xia, Q. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AcMNPV orf92
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3912
ポリマ－32,6051
非ポリマー7861
水2,666148
1
A: AcMNPV orf92
ヘテロ分子

A: AcMNPV orf92
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7824
ポリマ－65,2112
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5240 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.520, 80.563, 130.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 AcMNPV orf92 / p33


分子量: 32605.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bombyx mori NPV (カイコ核多角体病ウイルス)
遺伝子: Orf_75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O92452
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Proline, 1,6-hexanediol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9794
SEALED TUBERIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年5月17日
RIGAKU2IMAGE PLATE2011年7月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1360 frames, 1 degree oscillationSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2360 frames, 0.5 degree oscillationSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.54181
反射解像度: 2.1→65.37 Å / Num. all: 16315 / Num. obs: 16085 / % possible obs: 98.59 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→65.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 9.04 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24079 859 5.1 %RANDOM
Rwork0.18288 ---
obs0.18586 16085 98.59 %-
all-16315 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→65.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2087 0 53 148 2288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9822981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2175245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.97823.824102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43515401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.032159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21546
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0711.51288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33122011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.31731148
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2884.5970
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 58 -
Rwork0.173 1142 -
obs--97.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.7009 Å / Origin y: 28.0218 Å / Origin z: 49.0104 Å
111213212223313233
T-0.0952 Å20.0042 Å2-0.0038 Å2--0.1134 Å2-0.0018 Å2---0.1386 Å2
L1.1638 °2-0.1145 °2-0.2369 °2-1.0186 °2-0.3323 °2--0.809 °2
S-0.0077 Å °-0.1456 Å °-0.1116 Å °0.1658 Å °-0.0405 Å °-0.0218 Å °0.0118 Å °0.0818 Å °0.0482 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 258
2X-RAY DIFFRACTION1A266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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