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- PDB-3urk: IspH in complex with propynyl diphosphate (1061) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3urk
タイトルIspH in complex with propynyl diphosphate (1061)
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / LytB protein / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-yn-1-yl trihydrogen diphosphate / IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2012
タイトル: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M.
履歴
登録2011年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7166
ポリマ-71,5812
非ポリマー1,1354
10,178565
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3583
ポリマ-35,7911
非ポリマー5682
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3583
ポリマ-35,7911
非ポリマー5682
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.630, 80.570, 111.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 9 - 317

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase


分子量: 35790.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-0CG / prop-2-yn-1-yl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-プロパルギル


分子量: 216.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H6O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月5日
放射モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.98 Å / Num. all: 103709 / Num. obs: 102672 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0072位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8
解像度: 1.5→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.513 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21154 5062 5 %RANDOM
Rwork0.16121 ---
obs0.16368 96162 100 %-
all-101224 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4773 0 40 565 5378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3231.9756640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.575617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.124.159226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.47215853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3731544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2550.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3931.53075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3524965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.85231816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9494.51651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.95934891
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.7763565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.88234815
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / : 2403 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.410.5
medium thermal1.892
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 351 -
Rwork0.206 6665 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3566-0.0234-0.13440.11710.1750.29090.0064-0.06-0.02060.02080.0057-0.01070.02820.0231-0.01210.0130.0026-0.01160.01450.00390.0166-11.939-6.892-8.35
21.1887-0.04470.55920.5285-0.10130.27540.0815-0.0581-0.088-0.0271-0.0360.0230.0426-0.0202-0.04550.00860.0029-0.01030.0225-0.00680.0134-29.559-10.13-10.532
31.5314-0.39070.41940.25320.18320.83810.16980.2743-0.1566-0.0766-0.14410.07050.0348-0.0788-0.02570.04330.0407-0.04060.0851-0.03730.0414-39.988-12.618-22.006
42.1549-0.78750.02160.76520.32410.23170.03660.0517-0.1659-0.0678-0.02610.051-0.0349-0.0013-0.01050.01730.0138-0.00870.0161-0.0120.0176-26.263-9.977-22.02
52.9316-1.66710.84511.5202-0.3960.44880.08730.4314-0.0006-0.1322-0.1775-0.02180.01130.08160.09020.04560.0127-0.01720.1158-0.04830.0659-37.455-9.319-27.899
60.41410.22880.49510.68670.37780.8990.02470.01240.0018-0.0325-0.04740.09040.0135-0.01470.02270.0160.0171-0.01960.0297-0.02070.0287-40.996-4.023-20.57
71.4920.83630.27032.26940.50591.6891-0.02930.05360.0824-0.01870.02440.3296-0.0237-0.11940.00490.02190.0223-0.03250.0351-0.0250.0984-48.3010.109-22.472
80.24460.25610.09030.55320.41740.56070.0082-0.02990.05730.0339-0.05050.09070.0446-0.03330.04230.0090.0048-0.00390.0186-0.01860.0303-38.5790.245-10.78
91.23360.31930.40395.4536-0.77561.28480.0807-0.11250.14860.2476-0.06150.50440.0434-0.0908-0.01920.02-0.00680.01810.0253-0.0430.1188-43.7815.718-9.115
100.1662-0.13-0.14820.84280.23470.16540.0080.02790.0256-0.09710.00280.0591-0.0242-0.0249-0.01080.030.011-0.01830.01450.00050.0179-30.52211.492-17.742
110.60790.5015-0.0221.73440.11250.4255-0.00030.05770.0605-0.2055-0.04410.1741-0.1014-0.02830.04440.04920.0177-0.0280.0126-0.00440.0233-34.12321.183-16.36
120.4049-0.10340.06841.3424-0.02170.01160.0191-0.01510.02660.0111-0.0237-0.04930.0031-0.00250.00460.01430.0083-0.00470.0078-0.00410.0061-23.44514.319-9.777
130.6338-0.24420.45710.6924-0.87991.15770.066-0.03750.07630.018-0.02550.0538-0.00320.0218-0.04050.02890.00080.01190.0093-0.0140.0282-29.75722.413-4.603
140.4004-0.3526-0.17150.45930.05510.14110.0132-0.03290.03060.00830.0001-0.0251-0.01550.0238-0.01330.0143-0.0038-0.00590.0258-0.00850.0087-19.3952.87-5.289
150.34730.10730.00390.30370.17180.16760.00740.01910.0174-0.03450.0036-0.0601-0.0232-0.0188-0.0110.0070.00020.01240.0064-0.00760.0446-11.230.534-15.951
161.31640.2654-0.17170.8670.54491.9259-0.00310.0591-0.089-0.13260.0728-0.15940.08740.1301-0.06980.04460.00190.0280.0133-0.01260.0359-3.144-8.858-21.007
170.47840.0176-0.13580.28350.18050.16210.0081-0.0152-0.03240.0206-0.0048-0.02380.0133-0.001-0.00330.01110.003-0.00360.0092-0.0010.0116-14.628-12.049-13.391
180.5228-0.13610.00870.56620.11490.1908-0.029-0.1028-0.0660.0620.0474-0.10090.0326-0.0136-0.01850.0390.0263-0.01690.03720.00080.0382-8.101-11.928-7.531
191.7510.19091.10670.26670.58841.5896-0.0317-0.1406-0.07590.0193-0.01020.03920.0244-0.07740.04180.0102-0.00480.0060.02470.00730.0131-32.112-7.154-1.887
202.4378-1.5904-1.93857.43483.78092.64170.03890.0093-0.17080.3081-0.27070.38790.0814-0.12060.23170.022-0.01410.01450.0174-0.01150.0477-44.288-13.776-8.089
210.2149-0.0178-0.2140.2956-0.13290.3083-0.00250.0372-0.0276-0.03570.01510.08930.0255-0.037-0.01250.0157-0.005-0.01070.01510.00620.0399-53.836-6.7089.101
220.3529-0.17040.12990.3444-0.12710.12250.00950.0193-0.01850.03680.00660.01590.0299-0.0027-0.01610.0395-0.0026-0.00710.00350.00160.0043-34.266-10.97518.033
231.82510.6475-0.00742.253-2.25952.51830.0645-0.0517-0.160.02060.05480.04110.0108-0.0909-0.11930.0429-0.0062-0.02590.00540.01080.0287-33.541-17.8925.72
240.18550.09320.18770.20590.00260.36460.01720.017-0.0011-0.0050.00880.00270.05270.0264-0.0260.02060.0038-0.01520.0095-0.00620.0149-24.49-5.69325.077
250.3668-0.4863-0.31132.4397-0.98121.3731-0.03140.00640.07670.0747-0.058-0.2678-0.01750.04660.08940.0146-0.0106-0.02670.01350.01710.0587-18.5712.70620.85
260.0507-0.01860.11610.02220.01390.5090.00440.03160.02420.0067-0.0082-0.0170.05370.06720.00380.0163-0.0002-0.00930.03210.01690.0412-23.687-3.77115.113
270.70310.0835-0.38012.49280.58140.63830.04830.05470.0973-0.09990.0322-0.23380.0076-0.0132-0.08050.0523-0.00120.04680.01540.02120.0972-23.75112.0238.968
280.22580.0452-0.10991.0506-0.23060.1715-0.0241-0.00590.04780.12990.0272-0.1114-0.0176-0.0103-0.00320.0346-0.0049-0.01870.0078-0.00540.0246-33.31713.27217.113
290.88990.1893-0.80432.2084-0.08680.756-0.035-0.12930.04850.15920.0541-0.1650.02160.1226-0.01910.03730.001-0.04550.0285-0.00330.0614-24.02814.92818.271
300.35770.01370.08651.0416-0.18820.1910.0160.00570.05160.09850.0003-0.0106-0.0305-0.0071-0.01630.0236-0.00260.01120.00190.0010.0201-38.23419.78813.323
310.99340.02540.1320.85681.0031.18490.05290.02540.066-0.03470.0073-0.0592-0.03560.01-0.06030.02170.00330.01510.00160.00440.0194-36.12322.8515.234
320.32690.1508-0.20680.43840.16380.3131-0.01640.02930.019-0.02220.0160.026-0.0003-0.01540.00040.0107-0.0049-0.00340.01260.00820.0079-44.273.1815.705
330.5159-0.4678-0.45781.7660.16392.4330.03880.0327-0.0606-0.10220.00170.2633-0.1048-0.1083-0.04050.01040.0009-0.01320.01990.0070.0485-60.360.5837.849
341.0518-0.17740.14380.5493-0.31670.19250.0017-0.02050.04130.08380.01810.0574-0.0389-0.0084-0.01980.0230.00250.02120.00550.00310.0226-49.3030.30217.967
350.5388-0.69980.16571.7647-0.35370.45260.0044-0.0056-0.00490.15680.01840.197-0.0136-0.0208-0.02280.03160.00170.03750.00110.00250.0452-56.786-0.77118.676
363.248-0.84082.20311.0884-0.32995.2959-0.1228-0.15750.00060.25150.05650.32910.1525-0.36880.06630.0736-0.0010.0920.02960.0120.1447-64.236-8.221.44
370.3917-0.03650.03530.78420.13210.2288-0.01010.0431-0.05570.01960.03260.06480.02150.0264-0.02250.0085-0.00180.00160.0111-0.00150.0292-51.112-11.90713.974
382.31130.8577-2.16762.6498-2.40823.5401-0.07410.2316-0.2044-0.17880.06840.26140.2192-0.14550.00570.0196-0.0039-0.00810.0388-0.02030.0737-57.738-11.4877.641
390.3096-0.05950.24480.0544-0.2290.9669-0.03560.1019-0.0147-0.0159-0.0197-0.01250.07190.08750.05530.032-0.02310.01080.0676-0.01010.0095-33.389-7.7933.067
404.04342.3977-0.4347.6495-0.87113.2686-0.13120.2365-0.0049-0.20530.061-0.23840.27470.12960.07020.02960.00850.00930.02440.00550.0097-22.92-15.8987.745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3A25 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4A38 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5A50 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6A65 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7A78 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8A90 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9A104 - 114
10X-RAY DIFFRACTION10A115 - 127
11X-RAY DIFFRACTION11A128 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12A163 - 181
13X-RAY DIFFRACTION13A182 - 193
14X-RAY DIFFRACTION14A194 - 210
15X-RAY DIFFRACTION15A211 - 246
16X-RAY DIFFRACTION16A247 - 261
17X-RAY DIFFRACTION17A262 - 280
18X-RAY DIFFRACTION18A281 - 297
19X-RAY DIFFRACTION19A298 - 304
20X-RAY DIFFRACTION20A305 - 309
21X-RAY DIFFRACTION21B1 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22B8 - 49
23X-RAY DIFFRACTION23B50 - 54
24X-RAY DIFFRACTION24B55 - 76
25X-RAY DIFFRACTION25B77 - 86
26X-RAY DIFFRACTION26B87 - 100
27X-RAY DIFFRACTION27B101 - 112
28X-RAY DIFFRACTION28B113 - 127
29X-RAY DIFFRACTION29B128 - 140
30X-RAY DIFFRACTION30B141 - 181
31X-RAY DIFFRACTION31B182 - 193
32X-RAY DIFFRACTION32B194 - 207
33X-RAY DIFFRACTION33B208 - 216
34X-RAY DIFFRACTION34B217 - 235
35X-RAY DIFFRACTION35B236 - 248
36X-RAY DIFFRACTION36B249 - 261
37X-RAY DIFFRACTION37B262 - 280
38X-RAY DIFFRACTION38B281 - 297
39X-RAY DIFFRACTION39B298 - 305
40X-RAY DIFFRACTION40B306 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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