PDB-3ur9: 1.65A resolution structure of Norwalk Virus Protease Containing a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ur9

タイトル

1.65A resolution structure of Norwalk Virus Protease Containing a covalently bound dipeptidyl inhibitor

要素

3C-like protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / NOROVIRUS / NORWALK VIRUS / ANTIVIRAL INHIBITORS / DIPEPTIDYL INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lovell, S. / Battaile, K.P. / Kim, Y. / Tiew, K.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Broad-Spectrum Antivirals against 3C or 3C-Like Proteases of Picornaviruses, Noroviruses, and Coronaviruses.
著者: Kim, Y. / Lovell, S. / Tiew, K.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Battaile, K.P. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.

履歴

登録	2011年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2020年5月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ur9.cif.gz	144.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ur9.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ur9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ur9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ur9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ur9_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	3ur9_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3ur9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3ur9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ur6SC 4dcdC 4f49C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6w5l-2 5e0h-1 5t6f-1 5t6f-2 6bib-2 6w5l-4 4inh-4 6w5k-2 4xbd-1 4inh-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3C-like protease

B: 3C-like protease

ヘテロ分子

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3C-like protease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 3C-like protease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.649, 66.865, 125.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3C-like protease / 3CLpro 分子量: 20126.131 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1101-1281 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tag / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-K36 / (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid / GC376 タイプ: peptide-like / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₁N₃O₈S / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	WHEN THE K36 LIGAND IS MIXED WITH THE NORWALK VIRUS PROTEASE, IT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH A ...WHEN THE K36 LIGAND IS MIXED WITH THE NORWALK VIRUS PROTEASE, IT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH A LINKAGE BETWEEN C21 OF THE LIGAND AND THE SULFUR ATOM (SG) OF CYS139. THE BISULFITE FUNCTIONAL GROUP IS REMOVED DURING THIS REACTION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 30% PEG 2000 MME, 150 mM sodium bromide, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→125.11 Å / Num. all: 38969 / Num. obs: 38969 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.56 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16.1525

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
1.65-1.74	6.77	0.66	2.88	37704	5570	99.98
1.74-1.84	6.62	0.43	4.21	35052	5292	100
1.84-1.97	6.42	0.24	6.98	32373	5039	100
1.97-2.13	6.81	0.15	11.17	31594	4639	99.99
2.13-2.33	6.61	0.11	14.57	28563	4323	100
2.33-2.61	6.51	0.08	18.42	25299	3889	99.97
2.61-3.01	6.74	0.06	26.8	23514	3488	100
3.01-3.69	6.22	0.04	36.26	18555	2984	99.95
3.69-5.22	6.37	0.03	46.07	14999	2353	99.98
5.22-125.11	5.71	0.03	42.72	7953	1392	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.88 Å	62.56 Å
Translation	1.88 Å	62.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.20	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_842	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UR6

3ur6

解像度: 1.65→45.681 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2119	1950	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1777	-	-	-
obs	0.1794	38898	99.72 %	-
all	-	38898	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.142 Å² / k_sol: 0.373 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.21 Å² / B_iso mean: 26.4147 Å² / B_iso min: 10.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0416 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.4748 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.4332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2452	0	50	158	2660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.529	3502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.884	924

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6717	0.3276	131	0.2835	2657	2788	100
1.6717-1.6946	0.2801	160	0.2674	2660	2820	100
1.6946-1.7188	0.2826	146	0.2509	2671	2817	100
1.7188-1.7445	0.2359	172	0.2216	2650	2822	100
1.7445-1.7717	0.2676	130	0.217	2693	2823	100
1.7717-1.8008	0.2345	152	0.2078	2676	2828	100
1.8008-1.8318	0.2105	174	0.2044	2641	2815	100
1.8318-1.8652	0.2642	146	0.1886	2658	2804	100
1.8652-1.901	0.2716	126	0.187	2691	2817	100
1.901-1.9398	0.195	145	0.1743	2635	2780	100
1.9398-1.982	0.2265	153	0.1677	2741	2894	100
1.982-2.0281	0.189	150	0.1555	2633	2783	100
2.0281-2.0788	0.2377	154	0.1554	2695	2849	100
2.0788-2.1351	0.2023	120	0.1538	2680	2800	100
2.1351-2.1979	0.2147	140	0.163	2694	2834	100
2.1979-2.2688	0.2084	118	0.1625	2665	2783	100
2.2688-2.3499	0.2146	129	0.1663	2708	2837	100
2.3499-2.444	0.2723	114	0.1653	2681	2795	100
2.444-2.5552	0.2121	156	0.1783	2659	2815	100
2.5552-2.6899	0.2228	158	0.1778	2681	2839	100
2.6899-2.8584	0.2161	144	0.1681	2672	2816	100
2.8584-3.0791	0.2184	139	0.1721	2681	2820	100
3.0791-3.3888	0.1981	137	0.187	2651	2788	99
3.3888-3.879	0.2089	143	0.1699	2659	2802	99
3.879-4.8862	0.1489	147	0.1479	2673	2820	100
4.8862-45.6981	0.2186	110	0.2059	2703	2813	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6818	0.0866	0.505	1.1276	-0.6129	1.8047	0.093	0.207	-0.0931	-0.0325	-0.0744	0.0401	0.0818	0.1005	-0.008	0.1387	0.0108	-0.0054	0.096	-0.0261	0.1353	-7.5545	-10.5165	24.3855
2	1.6226	0.2878	-0.7925	0.0895	-0.2698	0.8512	-0.0497	0.5472	-0.6021	0.0376	-0.1427	0.2258	0.6853	0.0549	0.0801	0.4084	0.1218	-0.0325	0.2651	-0.1255	0.3305	-2.7796	-25.0456	18.3625
3	2.1473	-0.0051	-0.3255	0.4132	0.2511	2.7916	0.113	0.1827	-0.3547	-0.0443	0.0948	-0.1559	0.4176	0.6352	0.1345	0.3346	0.1771	-0.1026	0.1441	-0.0708	0.2842	0.0599	-21.4933	27.8462
4	3.327	-1.268	0.5432	2.0443	-1.3516	2.3158	0.189	0.3641	-0.0469	-0.1048	-0.1669	-0.2847	0.0137	0.5202	-0.0299	0.1225	0.0225	0.0153	0.3656	0.0211	0.195	3.595	-9.2887	19.1866
5	1.0389	-0.3735	-0.0624	0.7996	-0.285	2.059	0.0271	-0.1351	-0.006	0.1141	0.039	0.0203	-0.0931	-0.0313	-0.0771	0.1722	-0.0189	0.0015	0.1399	-0.0143	0.1523	-11.6165	-7.1174	32.0793
6	0.6171	0.2712	-0.036	0.7787	-0.3688	1.106	0.0933	-0.1562	-0.2883	0.0527	-0.0204	0.0371	0.1963	-0.5405	-0.0564	0.2458	-0.0621	0.012	0.2419	0.0105	0.1748	-16.2705	-12.5458	37.9342
7	1.7226	-0.9374	0.4816	4.4441	-0.2066	1.9978	0.2806	-0.1342	-0.5355	0.1096	-0.1849	0.18	0.4293	-0.3347	-0.0316	0.2495	-0.0376	0.0001	0.159	0.0443	0.2123	-14.5468	-16.3984	39.8356
8	1.6216	-0.198	0.0478	1.8866	-0.1954	1.5619	0.0103	-0.1009	-0.0719	0.091	0.0622	-0.0898	-0.1447	-0.126	-0.0638	0.1602	-0.0273	-0.0148	0.0986	-0.0093	0.1201	-11.569	-7.797	32.2997
9	6.6608	0.031	-0.2966	4.6655	0.4399	3.8613	-0.0276	-0.1399	-0.3889	0.415	0.0426	0.2564	0.2538	-0.4014	-0.0371	0.1881	-0.038	0.014	0.1923	0.0556	0.1458	-16.2995	-14.5754	37.8602
10	1.6512	-0.5271	-0.5336	2.0464	0.6953	3.6752	0.025	0.0534	-0.0014	0.1913	0.0931	-0.1017	-0.0014	-0.197	-0.0975	0.1102	0.0285	0.0186	0.1324	0.0264	0.1386	-15.049	-2.0156	10.9581
11	2.0611	-0.1458	-0.6956	1.3217	-1.3482	1.7456	-0.2643	0.2031	-0.4876	-0.1845	0.2596	0.5112	0.5428	-0.8597	0.4719	0.0952	-0.1017	0.0746	0.2799	0.0262	0.1401	-21.2821	-8.1357	1.1964
12	1.697	1.3986	-1.5495	1.8151	-1.5203	1.5031	0.0507	0.2384	0.0446	-0.1695	0.1566	0.5535	0.3194	-0.8165	-0.1065	0.189	-0.0899	-0.0045	0.4685	0.0246	0.2358	-25.8636	-6.3824	-0.702
13	0.4552	-0.3532	-0.0302	0.3667	0.0315	0.3375	-0.0098	0.2146	-0.0963	0.0294	0.1888	0.2961	-0.0197	-0.3897	0.7961	0.0293	0.0725	0.0789	0.6626	0.1606	0.2172	-28.1052	-3.9189	12.4465
14	1.4617	-0.0928	0.0743	0.8852	-0.3765	1.8707	0.1192	0.0815	0.2171	-0.0024	-0.0765	-0.015	-0.4735	0.0972	-0.0319	0.2294	0.0334	0.0479	0.1376	0.0293	0.2006	-10.3404	5.1843	6.3462
15	2.3245	-0.3472	-0.1635	2.5156	1.2114	2.2305	0.171	0.4304	-0.0573	-0.3441	-0.1854	-0.0853	-0.0798	-0.1998	0.073	0.2554	0.0076	0.0252	0.1979	0.0592	0.17	-10.4553	4.6547	-9.1821
16	1.637	0.6327	-0.0317	6.0435	-1.0203	0.492	-0.0432	0.0536	0.1309	-0.0775	-0.1028	-0.5455	-0.1987	0.4757	0.0841	0.1627	-0.0259	0.0175	0.2181	0.0337	0.2409	-1.6469	0.9131	2.813
17	1.7868	-0.1119	0.1431	2.2454	1.1813	2.1073	0.0682	0.2861	0.3609	0.006	-0.0212	-0.0707	-0.5848	-0.0645	-0.0397	0.2055	0.0377	0.0385	0.134	0.0426	0.1751	-11.6823	6.2786	2.1714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:31)	A	-1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 32:43)	A	32 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 44:60)	A	44 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 61:70)	A	61 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 71:93)	A	71 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 94:111)	A	94 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 112:121)	A	112 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 122:160)	A	122 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 161:173)	A	161 - 173
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 0:19)	B	0 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 20:39)	B	20 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 40:59)	B	40 - 59
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 60:69)	B	60 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 70:99)	B	70 - 99
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 100:119)	B	100 - 119
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 120:138)	B	120 - 138
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 139:173)	B	139 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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