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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uo5 | ||||||
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タイトル | Aurora A in complex with YL1-038-31 | ||||||
![]() | Serine/Threonine-Protein Kinase 6 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / aurora A / inhibitor / DFG-in / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / meiotic spindle / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / cell division / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martin, M.P. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Novel Mechanism by Which Small Molecule Inhibitors Induce the DFG Flip in Aurora A. 著者: Martin, M.P. / Zhu, J.Y. / Lawrence, H.R. / Pireddu, R. / Luo, Y. / Alam, R. / Ozcan, S. / Sebti, S.M. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 747.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3unjC ![]() 3unkC ![]() 3unzC ![]() 3uo4C ![]() 3uo6C ![]() 3uodC ![]() 3uohC ![]() 3uojC ![]() 3uokC ![]() 3uolC ![]() 3up2C ![]() 3fdnS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32359.123 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 123-401 / 変異: T287D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 プラスミド: pET28a-MBP / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-0BX / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: 10 mg/mL AURORA A protein, 1 mM YL1-038-31, 10 % (v/v) PEG 3350, 25 mM phosphate(Na/K pH 7.4), 100 mM sodium tartrate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 9540 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 36.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FDN 解像度: 2.7012→19.66 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.593 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7012→19.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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