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- PDB-3umz: Crystal Structure of the human MDC1 FHA Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3umz
タイトルCrystal Structure of the human MDC1 FHA Domain
要素Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / FHA / Phosphothreonine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / histone reader activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / histone reader activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / chromosome / nuclear body / focal adhesion / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily ...: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Luo, S. / Ye, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural mechanism of the phosphorylation-dependent dimerization of the MDC1 forkhead-associated domain
著者: Liu, J. / Luo, S. / Zhao, H. / Liao, J. / Li, J. / Yang, C. / Xu, B. / Stern, D.F. / Xu, X. / Ye, K.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0192
ポリマ－25,0192
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.987, 58.856, 67.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mediator of DNA damage checkpoint protein 1 / Nuclear factor with BRCT domains 1


分子量: 12509.480 Da / 分子数: 2 / 断片: FHA domain, residues 27-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDC1, KIAA0170, NFBD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14676
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % / Mosaicity: 0.51 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M HEPES (pH 7.5), 50mM KCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 28513 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.49 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.684.80.58614003.486199.5
1.68-1.715.30.53714111.254199.6
1.71-1.745.90.49614171.208199.9
1.74-1.786.50.45314311.1031100
1.78-1.8270.44714191.6481100
1.82-1.867.10.41414091.3851100
1.86-1.97.20.38814241.041100
1.9-1.967.10.3814202.113199.9
1.96-2.017.20.2314241.1071100
2.01-2.087.10.214331.1941100
2.08-2.157.10.16714160.9961100
2.15-2.247.10.14414491.1911100
2.24-2.3470.13214421.286199.9
2.34-2.467.10.10814381.1071100
2.46-2.6270.09914331.2641100
2.62-2.826.70.09214531.5471100
2.82-3.116.40.07814551.937199.9
3.11-3.556.10.06114692.13199.9
3.55-4.485.60.04514702.049197.9
4.48-504.70.03913001.776182.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.052 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 1415 5.1 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2364 27817 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.7 Å2 / Biso mean: 20.2059 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1644 0 0 170 1814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9862290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1495208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09222.77872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86915286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8781514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0221282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8151.51052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64521702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4093636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8774.5588
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 108 -
Rwork0.246 1906 -
all-2014 -
obs--98.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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