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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3um7 | ||||||
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| タイトル | Crystal structure of the human two pore domain K+ ion channel TRAAK (K2P4.1) | ||||||
要素 | Potassium channel subfamily K member 4 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Potassium ion channel | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / temperature-gated cation channel activity / sensory perception of temperature stimulus / response to ultrasound / potassium channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / cellular response to alkaline pH / Phase 4 - resting membrane potential ...TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / temperature-gated cation channel activity / sensory perception of temperature stimulus / response to ultrasound / potassium channel complex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / cellular response to alkaline pH / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH / node of Ranvier / outward rectifier potassium channel activity / cellular response to fatty acid / potassium channel activity / neuronal action potential / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / cellular response to mechanical stimulus / potassium ion transport / memory / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.31 Å | ||||||
データ登録者 | Brohawn, S.G. / MacKinnon, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2012タイトル: Crystal structure of the human K2P TRAAK, a lipid- and mechano-sensitive K+ ion channel. 著者: Brohawn, S.G. / del Marmol, J. / MacKinnon, R. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 3um7.cif.gz | 211.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb3um7.ent.gz | 168.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 3um7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 3um7_validation.pdf.gz | 441.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 3um7_full_validation.pdf.gz | 470.6 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 3um7_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 3um7_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3um7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/3um7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 33585.805 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-300 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / プラスミド: pPICZ-B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8#2: 化合物 | ChemComp-K / Has protein modification | Y | 配列の詳細 | THE DEPOSITED SEQUENCE CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 5.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.37 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 21-24% PEG400, 1 mM Fos-choline-12, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97833 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.97833 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | 冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 25.57 / 数: 41830 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.84 / D res high: 4.2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 11492 / % possible obs: 98.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| 反射 | 解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 17761 / % possible obs: 73.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.494 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル |
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-位相決定
| 位相決定 | 手法: 多重同系置換・異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Phasing set |
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| Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 17850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phasing dm shell |
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| Phasing MIR | 解像度: 4→31.07 Å / FOM acentric: 0.375 / FOM centric: 0.337 / Reflection acentric: 11354 / Reflection centric: 1821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phasing MIR der | Native set-ID: 1 / 解像度: 4→31.07 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phasing MIR der shell |
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Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用







PDBj


Pichia pastoris (菌類)
