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- PDB-3ul2: Galactose-specific lectin from Dolichos lablab in P6522 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ul2
タイトルGalactose-specific lectin from Dolichos lablab in P6522 space group
要素Legume lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Legume lectin fold / Carbohydrate/Sugar-binding / Galactose / Adenine
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dolichos lablab (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shetty, K.N. / Latha, V.L. / Rao, R.N. / Nadimpalli, S.K. / Suguna, K.
引用ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2013
タイトル: Affinity of a galactose-specific legume lectin from Dolichos lablab to adenine revealed by X-ray cystallography.
著者: Shetty, K.N. / Latha, V.L. / Rao, R.N. / Nadimpalli, S.K. / Suguna, K.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legume lectin
B: Legume lectin
C: Legume lectin
D: Legume lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,62226
ポリマ－121,8124
非ポリマー1,80922
水3,009167
1
B: Legume lectin
D: Legume lectin
ヘテロ分子

B: Legume lectin
D: Legume lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,16120
ポリマ－121,8124
非ポリマー1,34916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
2
A: Legume lectin
C: Legume lectin
ヘテロ分子

A: Legume lectin
C: Legume lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,08232
ポリマ－121,8124
非ポリマー2,27028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.496, 90.496, 514.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 235
2113B1 - 235
3113C1 - 235
4113D1 - 235

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Legume lectin


分子量: 30453.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dolichos lablab (マメ科) / 組織: Seed / 参照: UniProt: B3EWQ9*PLUS
#4: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 4K, 100mM Tris, 200mM Lithium sulphate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 44836 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 57.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2032 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BJQ

1bjq


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 11.158 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29624 2147 5 %RANDOM
Rwork0.27344 ---
obs0.27459 40489 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.259 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å2-0.79 Å20 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7560 0 102 167 7829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0451.94410615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.145984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3125.11319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.192151210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0761520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5011.54916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9627923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14232898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1224.52692
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A940tight positional0.010.05
B940tight positional0.020.05
C940tight positional0.010.05
D940tight positional0.020.05
A849loose positional0.025
B849loose positional0.025
C849loose positional0.025
D849loose positional0.025
A940tight thermal0.030.5
B940tight thermal0.030.5
C940tight thermal0.030.5
D940tight thermal0.030.5
A849loose thermal0.0310
B849loose thermal0.0310
C849loose thermal0.0310
D849loose thermal0.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 146 -
Rwork0.313 2794 -
obs--91.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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