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- PDB-3ukm: Crystal structure of the human two pore domain potassium ion chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ukm
タイトルCrystal structure of the human two pore domain potassium ion channel K2P1 (TWIK-1)
要素Potassium channel subfamily K member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / eukaryotic / two-pore domain potassium channel / K2P channel / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Tandem of pore domain in a weak inwardly rectifying K+ channels (TWIK) / inward rectifier potassium channel complex / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / regulation of resting membrane potential / stabilization of membrane potential / cardiac conduction / potassium ion leak channel activity / inward rectifier potassium channel activity / sodium channel activity ...Tandem of pore domain in a weak inwardly rectifying K+ channels (TWIK) / inward rectifier potassium channel complex / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / regulation of resting membrane potential / stabilization of membrane potential / cardiac conduction / potassium ion leak channel activity / inward rectifier potassium channel activity / sodium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / potassium channel activity / sodium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / synaptic membrane / brush border membrane / response to nicotine / potassium ion transport / recycling endosome / perikaryon / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TWIK-1 / Two pore domain potassium channel, TWIK family / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / UNDECANE / Potassium channel subfamily K member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Long, S.B. / Miller, A.N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the human two-pore domain potassium channel K2P1.
著者: Miller, A.N. / Long, S.B.
履歴
登録2011年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 1
B: Potassium channel subfamily K member 1
C: Potassium channel subfamily K member 1
D: Potassium channel subfamily K member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,66018
ポリマ－127,6444
非ポリマー1,01614
水1448
1
A: Potassium channel subfamily K member 1
B: Potassium channel subfamily K member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3309
ポリマ－63,8222
非ポリマー5087
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
2
C: Potassium channel subfamily K member 1
D: Potassium channel subfamily K member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3309
ポリマ－63,8222
非ポリマー5087
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.080, 123.171, 119.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Potassium channel subfamily K member 1 / Inward rectifying potassium channel protein TWIK-1 / Potassium channel KCNO1


分子量: 31910.986 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-288 / 変異: W21T, C22M, N95Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOHO1, K2P1 (TWIK-1), KCNK1, KCNO1, TWIK1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: O00180
#2: 化合物
ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% Peg 400, 150 mM KCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月1日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 32855 / Num. obs: 32855 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1628 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
CNS1.3精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.4→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 153625.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1479 5.1 %RANDOM
Rwork0.273 ---
obs0.273 29136 89.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 131.864 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 185.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.96 Å20 Å216.17 Å2
2---19.95 Å20 Å2
3---12.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.66 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.01 Å1.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7544 0 54 8 7606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.792.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.473
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.254
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 147 5.5 %
Rwork0.473 2549 -
obs-2549 83.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6POpgb.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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