PDB-3uj2: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENOLASE FROM ANAEROSTIPES CACCAE (EFI TAR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uj2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENOLASE FROM ANAEROSTIPES CACCAE (EFI TARGET EFI-502054) WITH BOUND MG AND SULFATE

要素

Enolase 1

キーワード

LYASE / Enolase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaerostipes caccae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 1e9i / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENOLASE FROM ANAEROSTIPES CACCAE (EFI TARGET EFI-502054) WITH BOUND MG AND SULFATE
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / ...

履歴

登録	2011年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uj2.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uj2.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3uj2_validation.pdf.gz	528.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uj2_full_validation.pdf.gz	561.9 KB	表示
XML形式データ	3uj2_validation.xml.gz	128.7 KB	表示
CIF形式データ	3uj2_validation.cif.gz	181.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/3uj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/3uj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1e9iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rop-1 5j04-1 6l7d-1 4a3r-2 2pa6-2 3qn3-1 4ewj-1 4a3r-1 5boe-1 4mks-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-502054

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Enolase 1

B: Enolase 1

C: Enolase 1

D: Enolase 1

E: Enolase 1

F: Enolase 1

G: Enolase 1

H: Enolase 1

ヘテロ分子

391 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	282.350, 282.210, 119.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-474- HOH
2	1	B-560- HOH

#1: タンパク質	Enolase 1 / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase 1 / 2-phosphoglycerate dehydratase 1 分子量: 48598.645 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaerostipes caccae (バクテリア) 株: DSM 14662 / 遺伝子: eno1, ANACAC_00540 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0MAG5, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (2M Ammonium Sulfate, 100 mM Citrate pH 5.5); Cryoprotection (2M Magnesium Sulfate, 100 mM Bis-Tris pH ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (2M Ammonium Sulfate, 100 mM Citrate pH 5.5); Cryoprotection (2M Magnesium Sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 5.3, 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (2M Ammonium Sulfate, 100 mM Citrate pH 5.5); Cryoprotection (2M Magnesium Sulfate, 100 mM Bis-Tris pH ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 202194 / Num. obs: 202194 / % possible obs: 63 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å²
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 10

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: 1e9i
開始モデル: 1e9i

1e9i

解像度: 2→46.029 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.7862 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2309	1301	0.64 %	RANDOM
R_work	0.1724	-	-	-
all	0.1728	202194	-	-
obs	0.1728	202194	63.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.13 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.83 Å² / B_iso mean: 33.0003 Å² / B_iso min: 0.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0167 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.2917 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.9438 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25624	0	108	1616	27348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	26165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	35384
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	3939
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.195	9612

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.08	0.3269	25	0.2807	3354	3379	10
2.08-2.1747	0.3302	64	0.2566	9575	9639	27
2.1747-2.2893	0.3133	83	0.2459	14081	14164	40
2.2893-2.4328	0.3171	124	0.2356	18750	18874	54
2.4328-2.6206	0.2976	156	0.2249	23380	23536	67
2.6206-2.8843	0.2989	186	0.2173	29130	29316	83
2.8843-3.3015	0.2579	213	0.1878	32888	33101	94
3.3015-4.1592	0.204	224	0.1413	34271	34495	97
4.1592-46.0409	0.1619	226	0.1315	35464	35690	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0062	-0.0099	0.0149	0.0003	-0.006	0.0218	-0.017	0.0247	-0.0112	-0.0149	0.0086	0.0176	0.0062	0.0227	-0.0109	0.041	-0.0032	0.0702	-0.0033	-0.0751	-0.2694	-77.2623	3.001	16.9037
2	0.0867	-0.0013	0.0031	0.01	0.0012	0.0346	0.0158	0.0107	-0.2318	0.0169	-0.0408	0.0968	0.1156	-0.0482	-0.0191	0.0251	-0.1361	0.0923	-0.1793	0.1159	-0.073	-87.0711	-16.8213	29.2876
3	0.0328	0.0182	-0.0019	0.004	0.0066	0.0643	0.01	-0.0739	-0.0215	0.0274	0.0018	-0.007	0.0022	-0.0379	0.0061	0.049	-0.0068	0.0599	0.0118	0.0985	-0.2625	-60.4387	3.1088	42.8494
4	0.0314	0.0006	-0.0236	0.0038	0.0037	0.0219	0.0085	0.0025	-0.0272	0.0123	-0.0035	-0.0048	0.0188	-0.0019	0.003	0.1498	0.0249	0.04	0.109	-0.0267	0.1393	-52.3522	-20.2941	27.3375
5	0.0477	0.0163	0.0206	0.0132	0.0317	0.0706	0.03	-0.002	-0.1905	0.0445	-0.024	-0.1092	0.1035	0.0841	-0.0275	0.0106	0.1062	0.0234	-0.0664	-0.086	-0.0738	-47.8316	-13.8173	29.3726
6	0.0331	0.0058	-0.0303	0.0482	-0.0077	0.0628	0.0489	0.0157	0.0553	-0.0744	0.0463	-0.0579	-0.0626	0.0025	0.0645	-0.005	-0.0343	0.1399	0.0455	0.0802	-0.0103	-40.5136	26.3476	17.7965
7	0.0186	-0.0025	0.0285	0.1206	0.0107	0.0723	0.0004	0.0019	-0.0096	-0.0071	0.0476	-0.3327	0.0448	0.2103	-0.0255	-0.3021	0.0531	-0.0202	0.1048	-0.0556	0.1674	-21.2795	15.8422	30.6236
8	0.0228	0.0002	-0.0126	0.0194	-0.0145	0.0404	0.0183	-0.0179	0.0607	0.0069	0.0459	-0.0467	-0.0157	0.02	0.0066	0.0288	-0.0333	-0.0286	0.0642	-0.0657	0.1418	-41.7508	42.0757	44.5491
9	0.0332	0.0367	-0.027	0.0325	-0.0325	0.0318	-0.0213	-0.0234	0.1078	-0.0042	0.0107	-0.2078	-0.1034	0.1368	-0.0447	-0.0763	-0.235	0.128	0.0216	-0.0653	0.4552	-23.7476	54.7647	32.1446
10	0.0825	0.0407	0.0248	0.0885	-0.0013	0.0789	0.0307	0.0184	0.0767	-0.0324	0.0166	0.1009	0.0064	-0.0144	-0.0165	0.0624	0.0014	-0.0153	0.126	0.0227	0.126	-100.5813	39.423	18.0474
11	0.0717	-0.0049	-0.0316	0.0165	0.0173	0.0351	-0.0422	0.0525	0.1443	-0.0195	-0.0413	0.2412	-0.0494	-0.1317	-0.0608	-0.1508	0.0986	0.1136	0.1246	-0.0346	0.4898	-119.894	48.8761	31.325
12	0.0289	-0.0135	-0.0262	0.0118	0.0077	0.0195	0.026	-0.0424	0.0307	0.0871	0.0231	0.0628	-0.0086	0.013	0.0436	0.0246	0.0217	0.1673	0.0835	-0.0963	-0.0577	-99.6495	21.8019	43.5511
13	0.0207	-0.0253	-0.0218	0.1514	-0.0012	0.0449	-0.0678	0.0162	-0.0844	0.0576	-0.0095	0.2998	0.0923	-0.162	-0.0849	-0.2242	-0.1846	0.1011	0.0237	0.0136	0.1128	-117.5292	10.0459	30.1065
14	0.0378	-0.009	-0.0167	0.0033	0.0026	0.0096	0.0099	0.0576	0.0599	-0.041	0.0469	0.0086	-0.0211	-0.0144	0.0309	0.1752	-0.0586	0.0241	0.0381	0.0481	0.2438	-63.9254	62.7564	19.1233
15	-0.0061	0.0104	-0.0046	0.0264	0.013	0.0032	0.0258	-0.0104	0.1476	-0.0081	-0.0049	-0.0737	-0.0535	0.0108	-0.0327	0.0717	-0.1791	0.0861	-0.3135	-0.102	0.4122	-54.0947	81.5424	32.917
16	0.03	0.0152	-0.0159	0.0738	-0.0095	0.017	0.0595	-0.0438	0.0803	-0.0138	-0.0072	0.0366	-0.0316	0.0087	-0.0126	0.1058	-0.04	0.0372	0.0819	-0.0303	0.2073	-80.9328	60.8441	44.9807
17	0.0026	-0.0096	0.0081	0.0354	-0.0078	0.0334	0.0294	-0.0104	0.1849	0.003	-0.0205	0.0866	-0.1233	-0.0758	-0.0312	0.1236	0.0903	0.0731	-0.0887	0.0399	0.5444	-93.0006	79.2078	32.5862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:152)	A	1 - 152
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 153:426)	A	153 - 426
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 1:152)	B	1 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 153:175)	B	153 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 176:426)	B	176 - 426
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 1:152)	C	1 - 152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 153:426)	C	153 - 426
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resseq 1:152)	D	1 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resseq 153:426)	D	153 - 426
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resseq 1:152)	E	1 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resseq 153:426)	E	153 - 426
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resseq 1:152)	F	1 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resseq 153:426)	F	153 - 426
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resseq 1:152)	G	1 - 152
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'G' and (resseq 153:426)	G	153 - 426
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resseq 1:152)	H	1 - 152
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resseq 153:426)	H	153 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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