PDB-3uiw: Zebrafish Grx2 (APO)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uiw

タイトル

Zebrafish Grx2 (APO)

要素

Glutaredoxin 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin/glutaredoxin fold / glutathione / 2Fe2S cluster

機能・相同性

機能・相同性情報

neural crest cell migration involved in heart formation / heart formation / glutathione disulfide oxidoreductase activity / glial cell migration / vasculature development / neural crest cell migration / central nervous system development / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

McDonough, M.A. / Johansson, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A New Mode of Iron-sulfur Cluster Coordination in Glutaredoxins is Crucial for Axonogenesis
著者: Brautigam, L. / Johansson, C. / Kubsch, B. / McDonough, M.A. / Bill, E. / Holmgren, A. / Berndt, C.

履歴

登録	2011年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uiw.cif.gz	99.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uiw.ent.gz	75.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uiw_validation.pdf.gz	901.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uiw_full_validation.pdf.gz	905.2 KB	表示
XML形式データ	3uiw_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	3uiw_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/3uiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/3uiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2flsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2liu-d 5ysk-3 6mi5-d 5b09-d 1rbj-d 3oz1-4 2ws6-6 1b11-d 4ozd-4 5m2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutaredoxin 2

B: Glutaredoxin 2

ヘテロ分子

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutaredoxin 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutaredoxin 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Glutaredoxin 2

B: Glutaredoxin 2

ヘテロ分子

A: Glutaredoxin 2

B: Glutaredoxin 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.552, 92.552, 167.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- HOH
2	1	A-307- HOH
3	1	A-319- HOH
4	1	A-320- HOH

#1: タンパク質	Glutaredoxin 2 分子量: 16593.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: Dr.88731, glrx2, zgc:92698 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DH06
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.3 M potassium sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, 0.1 m citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日 / 詳細: Varimax HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 17.27 / 数: 47409 / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.03 / D res high: 2.6 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 8711 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.6	40	98	1	0.038	0.981	5
4.44	5.6	99.8	1	0.044	1.029	5.4
3.88	4.44	99.9	1	0.05	1.087	5.4
3.53	3.88	100	1	0.064	1.006	5.5
3.28	3.53	100	1	0.085	1.027	5.6
3.08	3.28	100	1	0.115	1.041	5.6
2.93	3.08	100	1	0.182	1.058	5.5
2.8	2.93	100	1	0.244	1.018	5.5
2.69	2.8	100	1	0.399	0.979	5.5
2.6	2.69	100	1	0.555	1.115	5.5

反射

解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 8711 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 37 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	5.5	0.555	860	1.115	1	100
2.69-2.8	5.5	0.399	862	0.979	1	100
2.8-2.93	5.5	0.244	852	1.018	1	100
2.93-3.08	5.5	0.182	877	1.058	1	100
3.08-3.28	5.6	0.115	846	1.041	1	100
3.28-3.53	5.6	0.085	871	1.027	1	100
3.53-3.88	5.5	0.064	874	1.006	1	100
3.88-4.44	5.4	0.05	868	1.087	1	99.9
4.44-5.6	5.4	0.044	881	1.029	1	99.8
5.6-40	5	0.038	920	0.981	1	98

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	24.52 Å
Translation	2.8 Å	24.52 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FLS

2fls

解像度: 2.601→25.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2502	770	9.94 %	10%
R_work	0.1891	-	-	-
obs	0.1952	7744	88.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40 Å² / k_sol: 0.429 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.41 Å² / B_iso mean: 48.7466 Å² / B_iso min: 4.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.6633 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.6633 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.8092 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→25.665 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1589	0	45	47	1681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1660
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.242	2241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.403	612

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6012-2.7639	0.349	101	0.2984	880	981	68
2.7639-2.9771	0.3186	119	0.2161	1042	1161	81
2.9771-3.2761	0.2423	126	0.172	1168	1294	91
3.2761-3.7489	0.2324	134	0.1682	1266	1400	97
3.7489-4.7184	0.1996	140	0.1462	1278	1418	97
4.7184-25.6658	0.2713	150	0.2247	1340	1490	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0125	-0.0209	0.0111	0.0418	-0.032	0.0305	0.0466	-0.1075	-0.0579	0.0131	0.0736	0.0769	0.1516	-0.1344	0.2084	-0.0707	0.1425	-0.2362	0.0478	0.3293	-0.3962	-35.6006	18.6438	-1.1782
2	0.1412	-0.0326	0.0131	0.2996	-0.2584	0.7988	0.1186	0.0529	-0.1835	0.0613	-0.0461	0.0269	0.079	0.3465	0.0596	0.043	0.0228	-0.0323	0.0773	-0.0092	0.1109	-30.5381	22.9381	-14.8347
3	0.1517	0.1069	-0.0919	0.0985	-0.0965	0.2854	-0.0071	0.0564	0.2862	0.0187	0.1812	0.1782	-0.1839	-0.0392	0.065	0.1733	-0.001	-0.0258	0.0835	-0.0137	0.189	-28.7506	37.1122	-13.6524
4	0.0061	-0.0064	0.0051	0.0021	-0.0007	0.009	0.0121	-0.0558	0.0854	0.0537	0.1479	0.1411	0.0701	-0.0069	0.0001	0.1821	0.0482	-0.0324	0.3563	-0.1077	0.4047	-20.8605	31.8754	3.0634
5	0.0027	-0.0017	0.0107	-0.0008	-0.0035	0.0075	-0.0564	-0.0599	-0.0369	0.0448	0.1649	0.0167	0.1124	-0.0923	-0.0002	0.4862	-0.0608	-0.0559	0.2091	0.0806	0.2713	-31.6208	11.4549	0.739
6	0.0998	0.0769	0.0543	0.0395	0.055	0.0625	0.0508	0.1364	-0.0793	0.3429	0.1946	-0.2287	-0.0993	-0.1489	0.0069	0.5433	0.025	-0.1456	0.3738	0.1045	0.2924	-21.3796	16.2209	16.7626
7	0.0025	-0.0005	-0.0048	0.0076	0.006	0.0121	0.0622	-0.0395	0.0028	0.0223	-0.0417	0.1036	-0.0488	-0.17	0.0001	0.506	0.104	-0.1943	0.3351	-0.0035	0.3773	-21.9472	20.1404	11.9249
8	0.0246	-0.0172	0.0182	0.0033	-0.0015	0.0044	0.0036	-0.1309	0.17	0.1911	0.0244	0.0585	0.1044	-0.3458	0.0001	0.5557	-0.0012	0.0154	0.439	-0.003	0.3431	-34.4927	11.3109	12.2081
9	0.0365	-0.0132	0.0186	0.0057	-0.0062	0.0059	0.0887	0.072	0.0262	-0.0452	0.0425	0.0142	0.0578	0.0045	0.1794	0.364	0.0177	-0.2317	0.3354	0.3806	0.5026	-24.1427	8.3403	12.8013
10	0.0456	0.0021	-0.0518	0.0352	0.0119	0.07	-0.1	-0.0885	-0.0374	0.0832	-0.0111	-0.1041	0.0389	0.0686	-0.0773	0.7332	0.1421	-0.4775	0.3267	0.2366	0.57	-15.6316	7.6101	16.75
11	0.0046	-0.0146	0.0149	0.053	-0.0663	0.0851	0.0611	-0.0226	-0.0165	-0.014	0.0812	-0.0153	0.0159	-0.0152	0.0756	0.3735	0.5212	0.0455	0.3047	0.2151	0.6808	-8.794	10.3176	10.516
12	0.0011	0.0014	0.0012	-0	-0.0006	0.0007	0.1278	-0.0159	-0.0087	0.0206	-0.0126	-0.066	0.0097	-0.0462	-0.0001	0.5546	0.1454	-0.1228	0.4509	-0.0864	0.5373	-11.8742	17.3173	-2.609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 9:25)	A	9 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 26:88)	A	26 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 89:112)	A	89 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 113:118)	A	113 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 10:25)	B	10 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 26:50)	B	26 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 51:58)	B	51 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 59:76)	B	59 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 77:88)	B	77 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 89:102)	B	89 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 103:111)	B	103 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 112:118)	B	112 - 118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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