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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uiw | ||||||
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Title | Zebrafish Grx2 (APO) | ||||||
![]() | Glutaredoxin 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin/glutaredoxin fold / glutathione / 2Fe2S cluster | ||||||
Function / homology | ![]() neural crest cell migration involved in heart formation / protein deglutathionylation / heart formation / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / vasculature development / neural crest cell migration / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / central nervous system development / cellular response to oxidative stress ...neural crest cell migration involved in heart formation / protein deglutathionylation / heart formation / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / vasculature development / neural crest cell migration / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / central nervous system development / cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity / electron transfer activity / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McDonough, M.A. / Johansson, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: A New Mode of Iron-sulfur Cluster Coordination in Glutaredoxins is Crucial for Axonogenesis Authors: Brautigam, L. / Johansson, C. / Kubsch, B. / McDonough, M.A. / Bill, E. / Holmgren, A. / Berndt, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 75.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 905.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2flsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16593.668 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.3 M potassium sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, 0.1 m citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2011 / Details: Varimax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 17.27 / Number: 47409 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.03 / D res high: 2.6 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 8711 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.6→40 Å / Num. obs: 8711 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2FLS Resolution: 2.601→25.665 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 24.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.41 Å2 / Biso mean: 48.7466 Å2 / Biso min: 4.58 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.601→25.665 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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