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- PDB-3uir: Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uir
タイトルCrystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex
要素
  • Plasmin light chain B
  • Textilinin-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated blood coagulation / plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / Signaling by PDGF / mononuclear cell migration / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin ...venom-mediated blood coagulation / plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / Signaling by PDGF / mononuclear cell migration / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / protein antigen binding / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein processing / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / : / toxin activity / protease binding / blood microparticle / endopeptidase activity / protein domain specific binding / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site ...Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen / Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pseudonaja textilis textilis (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.777 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Millers, E.K. / de jersey, J. / Lavin, M.F. / Masci, P.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The structure of human microplasmin in complex with textilinin-1, an aprotinin-like inhibitor from the Australian brown snake.
著者: Millers, E.K. / Johnson, L.A. / Birrell, G.W. / Masci, P.P. / Lavin, M.F. / de Jersey, J. / Guddat, L.W.
履歴
登録2011年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmin light chain B
B: Plasmin light chain B
C: Textilinin-1
D: Textilinin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7816
ポリマ－67,5894
非ポリマー1922
水1,874104
1
A: Plasmin light chain B
C: Textilinin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7952
ポリマ－33,7952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
2
B: Plasmin light chain B
D: Textilinin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9874
ポリマ－33,7952
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.901, 48.019, 82.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasmin light chain B / microplasmin


分子量: 27096.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: タンパク質 Textilinin-1 / Txln-1


分子量: 6698.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonaja textilis textilis (コブラ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q90WA1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月5日
放射モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.777→41.6 Å / Num. obs: 15858 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.78→2.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.777→39.55 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 800 5.05 %
Rwork0.2087 --
obs0.2111 15849 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1969 Å20 Å2-0.06 Å2
2---0.9284 Å2-0 Å2
3---0.7315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.777→39.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4558 0 10 104 4672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9056385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1221681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004834
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7773-2.95130.31091430.2551219587
2.9513-3.17910.30251190.24752561100
3.1791-3.49880.26231330.21332515100
3.4988-4.00470.27231370.19212561100
4.0047-5.04380.21851190.17162584100
5.0438-39.55440.23411490.22312633100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40850.1493-0.03840.0894-0.00910.21060.2172-0.0966-0.1578-0.77050.0869-0.18080.1973-0.12490.17230.28610.09120.26120.142-0.03260.168560.184844.946738.6916
20.051-0.02450.04260.1293-0.07390.1163-0.2649-0.0622-0.189-0.4998-0.304-0.08630.48420.0589-0.03350.26220.01070.03610.1730.03040.201459.774549.781837.6348
30.08030.06390.00280.04090.00650.0276-0.0574-0.0029-0.31750.01550.17660.08670.2782-0.14730.0886-0.3868-0.0723-0.20130.24130.06660.504530.712634.348652.1926
40.37390.10850.05990.8137-0.12390.1695-0.1058-0.01280.1648-0.4346-0.03810.33120.0171-0.19130.0210.20510.0324-0.10610.21990.02130.330835.782346.310150.2827
50.5515-0.0385-0.14940.4760.34930.3144-0.02420.14420.2875-0.2246-0.0634-0.1524-0.1782-0.0617-0.02620.21340.024-0.00730.1696-0.01370.245439.86253.238253.598
60.4719-0.2079-0.2320.39980.56680.9145-0.1981-0.3885-0.36520.56180.10780.89930.4634-0.1428-0.1370.1068-0.1411-0.09490.22910.07650.335935.797237.379961.4308
70.48880.1346-0.03190.4431-0.20180.15930.0717-0.0291-0.0268-0.0210.0118-0.0279-0.07670.0111-0.00010.13890.0097-0.00490.15910.00160.139345.60436.030857.1127
80.05750.0566-0.05020.13680.04190.1812-0.0444-0.15410.04290.02510.0718-0.1420.01020.12540.05630.36520.0362-0.16320.2489-0.05160.327193.088640.013137.7348
90.1182-0.0839-0.07870.01250.08180.0899-0.0434-0.0492-0.0029-0.03240.00430.09040.0939-0.1149-0.06580.232-0.0103-0.05430.1606-0.01650.192381.30637.626127.6587
100.1251-0.0281-0.04920.01490.00890.0147-0.1285-0.16080.07990.0275-0.1160.3815-0.2188-0.1349-0.00840.3495-0.0099-0.01730.1770.01280.211482.121743.579333.2336
110.15180.1073-0.03530.0873-0.0202-0.00290.02850.0617-0.17320.1455-0.25230.23510.09240.2668-0.03140.27030.0425-0.02170.2521-0.03830.22283.951736.155336.0427
120.3495-0.0785-0.23480.6596-0.08740.4147-0.0296-0.04180.01990.1785-0.05590.2701-0.1714-0.1472-0.10790.1343-0.00650.00740.2727-0.01480.21563.548226.05117.4408
130.42350.13420.18390.7154-0.07080.2305-0.04830.03830.01460.00090.034-0.0114-0.0531-0.0043-0.10330.1484-0.00330.03820.1433-0.02310.102273.993725.031910.7605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN C AND (RESSEQ 3:29)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESSEQ 30:58)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 547:568)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 569:594)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 595:657)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 658:684)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 685:791)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESSEQ 3:8)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESSEQ 9:26)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESSEQ 27:37)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESSEQ 38:59)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 545:630)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 631:791)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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