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- PDB-3ui3: Structural and Biochemical Characterization of HP0315 from Helico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ui3
タイトルStructural and Biochemical Characterization of HP0315 from Helicobacter pylori as a VapD Protein with an Endoribonuclease Activity
要素Immunoglobulin G-binding protein G, Virulence-associated protein D
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ferrodoxin-like fold / virulence associated protein D / ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / IgG binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endoribonuclease VapD / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain ...Endoribonuclease VapD / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease VapD / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus (バクテリア)
Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kwon, A.R. / Kim, J.H. / Lee, B.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical characterization of HP0315 from Helicobacter pylori as a VapD protein with an endoribonuclease activity.
著者: Kwon, A.R. / Kim, J.H. / Park, S.J. / Lee, K.Y. / Min, Y.H. / Im, H. / Lee, I. / Lee, K.Y. / Lee, B.J.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G, Virulence-associated protein D
B: Immunoglobulin G-binding protein G, Virulence-associated protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4452
ポリマ－37,4452
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.810, 77.810, 106.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G, Virulence-associated protein D / IgG-binding protein G


分子量: 18722.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of N-terminal tags (MSE)Q, the residues 304-357 from IgG-binding protein G, linker GS, residues 1-94 from vapD and C-terminal tags LEHHHHHH
由来: (組換発現) Streptococcus (バクテリア), (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
株: 26695 / 遺伝子: HP_0315, spg, vapD / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19909, UniProt: O05728
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 9% PEG3350, 5-8% glycerol, 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid', pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 9560 / Num. obs: 9541 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 57.51
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / Num. unique all: 926 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→30 Å / Isotropic thermal model: anisotrophic / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2837 883 -random
Rwork0.2505 ---
obs0.2505 8605 90 %-
all-9560 --
原子変位パラメータBiso mean: 95.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.13 Å20 Å20 Å2
2--10.13 Å20 Å2
3----20.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 0 6 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 /
Rfactor反射数
Rfree0.342 112
Rwork0.336 -
obs-1118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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