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- PDB-5dv7: Crystal Structure of NF90 tandem dsRBDs with dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dv7
タイトルCrystal Structure of NF90 tandem dsRBDs with dsRNA
要素
  • Interleukin enhancer-binding factor 3
  • RNA (5'-R(*CP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / double stranded RNA binding domains / dsRM / dsRBDs / dsRNA / NF90 / ILF3 / DRBP76
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of CDH11 gene transcription / spliceosome-depend formation of circular RNA / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / negative regulation of translation / protein phosphorylation ...Regulation of CDH11 gene transcription / spliceosome-depend formation of circular RNA / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / negative regulation of translation / protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin enhancer-binding factor 3 / DZF domain / : / : / DZF N-terminal domain / DZF C-terminal domain / DZF domain profile. / domain in DSRM or ZnF_C2H2 domain containing proteins / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif ...Interleukin enhancer-binding factor 3 / DZF domain / : / : / DZF N-terminal domain / DZF C-terminal domain / DZF domain profile. / domain in DSRM or ZnF_C2H2 domain containing proteins / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Interleukin enhancer-binding factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jayachandran, U. / Grey, H. / Cook, A.G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000520/1 英国
Wellcome Trust092076 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Nuclear factor 90 uses an ADAR2-like binding mode to recognize specific bases in dsRNA.
著者: Jayachandran, U. / Grey, H. / Cook, A.G.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*A)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
C: Interleukin enhancer-binding factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5253
ポリマ－87,5253
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.104, 100.104, 108.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*A)-3')


分子量: 5780.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*CP*AP*UP*AP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*G)-3')


分子量: 5671.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Interleukin enhancer-binding factor 3


分子量: 76072.672 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 17-716 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ilf3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z1X4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50mM sodium citrate pH 5.0, 1.0M ammonium formate / PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.17 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.17 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 7981 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P1X, 2DMY

3p1x

2dmy


解像度: 3.5→45.413 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 368 4.61 %
Rwork0.2391 --
obs0.2405 7975 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.147 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0083 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.0083 Å20 Å2
3----8.0166 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→45.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数879 757 0 1 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1152534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.418698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5003-4.00650.31751260.30092511X-RAY DIFFRACTION100
4.0065-5.04670.26741270.23412505X-RAY DIFFRACTION100
5.0467-45.41650.26331150.22592591X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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