PDB-3uhf: Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uhf

タイトル

Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni

要素

Glutamate racemase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta sandwich fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glutamate Racemase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni
著者: Maltseva, N. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Kim, Y. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID

履歴

登録	2011年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uhf.cif.gz	231.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uhf.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uhf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/3uhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/3uhf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uhoC 3uhpC 2jfzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4znl-2 4hv7-d 2vc4-d 4fbc-4 6ni1-1 4rot-d 3qxl-1 4fb9-3 2132 2e3p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00328

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate racemase

B: Glutamate racemase

ヘテロ分子

62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.453, 88.839, 140.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

two monomers in the asymmetric unit

#1: タンパク質	Glutamate racemase 分子量: 30863.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1652c, murI / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9PM24, glutamate racemase
#2: 化合物	ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.04M potassium phosphate, 16% PEG8000, 20% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 53138 / Num. obs: 53138 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.2 Å² / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2594 / R_sym value: 0.811 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2JFZ

2jfz

解像度: 1.83→44.947 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	2698	5.09 %	random
R_work	0.162	-	-	-
all	0.164	53038	-	-
obs	0.164	53038	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.684 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.5353 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.9864 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.5217 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→44.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3986	0	40	323	4349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	6000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.329	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	773

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.83-1.8633	0.2738	126	0.2414	2536	2662	97
1.8633-1.8991	0.2306	144	0.2125	2629	2773	100
1.8991-1.9379	0.2658	136	0.1915	2601	2737	100
1.9379-1.9801	0.2548	155	0.1831	2618	2773	100
1.9801-2.0261	0.2052	163	0.1719	2564	2727	100
2.0261-2.0768	0.2081	144	0.1627	2618	2762	100
2.0768-2.1329	0.2135	146	0.1545	2620	2766	100
2.1329-2.1957	0.1917	140	0.1568	2623	2763	100
2.1957-2.2666	0.2005	156	0.1547	2632	2788	100
2.2666-2.3476	0.2134	147	0.1503	2621	2768	100
2.3476-2.4416	0.1926	135	0.1536	2636	2771	100
2.4416-2.5527	0.1955	146	0.1539	2648	2794	100
2.5527-2.6872	0.2211	145	0.1591	2647	2792	100
2.6872-2.8556	0.1875	121	0.1613	2671	2792	100
2.8556-3.076	0.2023	135	0.1628	2694	2929	100
3.076-3.3855	0.1798	133	0.1649	2700	2833	100
3.3855-3.8751	0.156	135	0.1513	2689	2824	100
3.8751-4.8813	0.1512	139	0.1395	2735	2874	100
4.8813-44.961	0.1827	152	0.1812	2858	2910	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2629	0.8363	-0.018	2.8101	-0.0442	0.007	-0.1828	0.4082	0.389	-0.6566	0.0622	0.0474	-0.2569	0.1479	-0.0348	0.5433	-0.0743	-0.0606	0.2952	0.1912	0.3724	13.4915	28.719	20.3481
2	1.057	-0.0142	0.0884	0.8594	0.2535	3.3046	-0.0447	0.058	0.0925	-0.0726	0.0405	-0.0037	-0.2201	-0.0956	-0.0046	0.0879	-0.0047	-0.0027	0.0773	0.0255	0.1099	8.2233	5.732	25.0516
3	2.2847	-0.4257	-0.2711	6.8963	-0.9441	3.3846	0.0777	0.2698	-0.0267	-0.4979	-0.0512	-0.0236	0.2585	0.6458	-0.0278	0.1374	0.0113	0.0185	0.2075	-0.0155	0.1348	17.1163	1.1216	19.8232
4	0.9883	-0.231	-0.0432	1.1956	0.0545	1.0701	0.0097	0.3176	0.2792	-0.2756	0.1052	-0.1976	-0.482	0.4213	0.0162	0.412	-0.2721	-0.0122	0.1663	0.0538	0.137	20.7333	20.1603	26.574
5	1.2375	0.0948	0.1444	0.8954	-0.0098	2.6877	0.0862	-0.4891	0.2405	0.1171	-0.08	0.406	-1.0456	-1.1095	-0.1435	0.0952	0.2657	0.053	0.236	-0.0785	0.1773	-1.4996	12.7107	55.8944
6	0.5929	0.8008	0.0143	1.2077	-0.5065	2.3514	0.0468	-0.206	0.0763	0.2352	-0.0668	0.1267	-0.3504	-0.1067	0.054	0.1255	0.0379	0.0169	0.1663	-0.0328	0.1364	10.7457	6.0314	66.5574
7	3.4337	0.4863	3.3538	1.9575	0.4303	3.3008	-0.1206	0.0818	0.2245	-0.0109	-0.1361	-0.1111	-0.7188	0.5216	0.2356	0.1612	-0.0414	0.0031	0.1906	-0.0017	0.2305	17.7669	10.2877	61.0643
8	1.1718	0.1431	1.2501	1.1253	0.1648	4.4942	0.0628	0.0466	-0.0591	-0.1546	-0.0205	-0.1269	0.3782	0.4681	-0.0561	0.1156	0.0259	0.0169	0.1873	0.0125	0.1736	16.1634	-3.8037	52.3297
9	4.0629	-1.952	-1.1293	3.9855	0.6102	4.4488	-0.1494	-0.3813	0.0432	0.336	0.163	0.0834	0.3858	-0.1563	0.0034	0.0958	-0.0243	-0.0045	0.1592	0.0093	0.1384	8.2046	-3.7325	62.7223
10	0.6414	0.3318	0.3386	0.5373	0.0048	0.2715	0.2173	-0.6337	0.1283	0.3353	-0.0439	0.3146	-0.0678	-0.5147	0.0185	0.1103	0.1029	0.107	0.8785	-0.0007	0.2591	-10.8937	6.1871	59.9248
11	5.7585	-0.2398	5.2206	1.536	0.5929	7.2943	0.6952	-0.6035	-0.8544	-0.0003	0.1618	0.5252	1.1459	-1.0838	-0.7864	0.3099	-0.181	-0.1292	0.5806	0.0699	0.3292	-6.8389	-2.0763	48.426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -7:10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 11:182)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 183:214)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 215:247)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 0:84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 85:116)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 117:132)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 133:182)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 183:214)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 215:233)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 234:248)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)