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- PDB-3ufe: Structure of transcriptional antiterminator (BGLG-family) at 1.5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ufe
タイトルStructure of transcriptional antiterminator (BGLG-family) at 1.5 A resolution
要素Transcriptional antiterminator (BGLG family)
キーワードTRANSCRIPTION / extended helix bundle / Arcimboldo
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1950 / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A - #100 / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / : / PRD domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1950 / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A - #100 / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / : / PRD domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PtsGHI operon antiterminator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Grosse, C. / Himmel, S. / Becker, S. / Sheldrick, G.M. / Uson, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of transcriptional antiterminator (BGLG-family) at 1.5 A resolution
著者: Grosse, C. / Himmel, S. / Becker, S. / Sheldrick, G.M. / Uson, I.
履歴
登録2011年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional antiterminator (BGLG family)
B: Transcriptional antiterminator (BGLG family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7548
ポリマ－26,3092
非ポリマー4456
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.360, 65.810, 38.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 11 - 111 / Label seq-ID: 11 - 111

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional antiterminator (BGLG family) / PtsGHI operon antiterminator / RNA-binding antitermination protein GlcT


分子量: 13154.480 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 171-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU13880, glcT / プラスミド: PGEX2TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O31691
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.83 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.496→36.07 Å / Num. obs: 27940 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.41 % / Rmerge(I) obs: 0.0457 / Rsym value: 0.0292 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3406 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Rsym value: 0.3125 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GWH

3gwh


解像度: 1.5→36.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.122 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE FRAMES WERE INDEXED AND INTEGRATED WITH XDS AND SCALED WITH SADABS STRUCTURE WAS SOLVED WITH PHASER AND REFINED WITH REFMAC HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19961 1401 5 %RANDOM
Rwork0.15671 ---
obs0.15892 26515 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.445 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-0.69 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 24 81 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.992497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92233099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0965226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04624.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87915354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0051510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2151.51105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3771.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95721815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4133730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.944.5679
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.34533089
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
564MEDIUM POSITIONAL0.810.5
707LOOSE POSITIONAL1.175
564MEDIUM THERMAL1.952
707LOOSE THERMAL2.6410
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 103 -
Rwork0.228 1867 -
obs--96.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
132.608321.3625-4.147743.566916.287717.51080.6002-0.0221-0.17910.4674-0.19440.4338-0.3307-0.3376-0.40580.2212-0.00490.11220.13640.09220.251517.27116.46718.322
21.94172.15730.627314.10143.22933.31980.0769-0.14520.19340.504-0.17740.4883-0.2033-0.17240.10050.14890.01090.02820.0839-0.03790.1254134.71.817
34.24881.62851.61371.37660.3561.5950.1596-0.2978-0.11870.2289-0.15370.02510.0792-0.1064-0.00590.1255-0.0116-0.00580.10240.01090.092918.318-5.673.634
41.3324-1.63620.18099.3165-4.23182.3903-0.1069-0.1270.20280.3946-0.0112-0.289-0.19290.00440.11810.17260.0188-0.05310.102-0.02780.137724.81710.5330.65
519.6742-20.89546.027245.0755-5.12421.91791.04890.55073.8435-3.0522-2.2778-3.75780.20580.07551.22890.53440.13940.2620.4605-0.06921.007935.5796.722-6.122
63.8713-0.1865-0.62370.6948-0.25061.758-0.0161-0.23990.0154-0.01560.017-0.01680.00460.0006-0.00090.0589-0.0145-0.00530.1227-0.02810.115344.639-8.371-9.187
75.26030.8014-2.18513.3865-2.27154.2553-0.0007-0.3042-0.10680.02850.04630.11850.0629-0.0587-0.04560.0684-0.009-0.00490.1272-0.01050.104634.782-10.036-10.126
86.63942.396-5.52447.2346-4.550817.11120.0288-0.1231-0.3937-0.18490.0004-0.37910.28760.0857-0.02930.0985-0.0061-0.04560.0626-0.01140.143543.61-20.668-12.805
92.9298-1.49172.539714.7714-13.727913.23750.8542-0.6604-0.25010.5251-0.38340.4329-0.11150.0651-0.47080.4951-0.2631-0.05160.3079-0.00280.244833.286-23.079-15.501
105.40844.05430.04847.51850.30393.2681-0.0320.0438-0.0752-0.1303-0.07470.02050.1347-0.09860.10670.0923-0.0071-0.02110.1071-0.00170.109640.15-10.865-21.857
1132.9172-19.2439-18.774613.18019.846111.38160.5940.50970.9593-0.0482-0.276-0.8193-0.5083-0.2796-0.31790.1748-0.04070.01580.19960.06610.492341.0630.982-21.48
129.18651.0903-3.59316.6329-0.95744.8341-0.00530.30810.0895-0.2544-0.0157-0.0716-0.1259-0.03820.02110.0846-0.00340.00290.0966-0.01540.091828.215-3.284-16.47
131.953-1.2849-0.05147.11011.04250.41450.05050.12910.1134-0.0943-0.15370.1584-0.1377-0.08820.10320.12810.0186-0.00860.0941-0.00170.116518.397.317-9.629
146.02452.4854-0.64866.92930.14994.408-0.0931-0.1122-0.0518-0.05810.0298-0.2274-0.02380.11720.06330.0815-0.00710.00270.1023-0.01280.090225.447-1.396-5.23
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3A25 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4A40 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5A56 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6A68 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7A96 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8B11 - 28
9X-RAY DIFFRACTION9B29 - 42
10X-RAY DIFFRACTION10B43 - 53
11X-RAY DIFFRACTION11B54 - 61
12X-RAY DIFFRACTION12B62 - 72
13X-RAY DIFFRACTION13B73 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14B97 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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