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万見
- PDB-3ufa: Crystal structure of the staphylococcal serine protease SplA in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ufa
タイトルCrystal structure of the staphylococcal serine protease SplA in complex with a specific phosphonate inhibitor
要素Serine protease splA
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / chymotrypsin like fold / serine protease / extracellular protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan ...Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(3-CARBOXYPROPANOYL)-L-VALYL-N-[(1S)-2-PHENYL-1-PHOSPHONOETHYL]-L-PROLINAMIDE / Chem-VPF / Serine protease SplA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zdzalik, M. / Pietrusewicz, E. / Pustelny, K. / Stec-Niemczyk, J. / Popowicz, G.M. / Potempa, J. / Oleksyszyn, J. / Dubin, G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Development and binding characteristics of phosphonate inhibitors of SplA protease from Staphylococcus aureus.
著者: Burchacka, E. / Zdzalik, M. / Niemczyk, J.S. / Pustelny, K. / Popowicz, G. / Wladyka, B. / Dubin, A. / Potempa, J. / Sienczyk, M. / Dubin, G. / Oleksyszyn, J.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease splA
B: Serine protease splA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8727
ポリマ－43,7712
非ポリマー1,1015
水5,152286
1
A: Serine protease splA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4183
ポリマ－21,8851
非ポリマー5332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine protease splA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4544
ポリマ－21,8851
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.232, 61.232, 221.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Serine protease splA


分子量: 21885.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: splA, SAOUHSC_01942 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
参照: UniProt: Q2FXC2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-VPF / N-(3-carboxypropanoyl)-L-valyl-N-[(1S)-2-phenyl-1-phosphonoethyl]-L-prolinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 497.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32N3O8P
参照: N-(3-CARBOXYPROPANOYL)-L-VALYL-N-[(1S)-2-PHENYL-1-PHOSPHONOETHYL]-L-PROLINAMIDE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M HEPES, 20% PEG 4000, 10% Isopropanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→53 Å / Num. obs: 42345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.202 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23728 2127 5 %RANDOM
Rwork0.19045 ---
obs0.19288 40170 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 33 286 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1111.9484310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3215414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.49325.683139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8815542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.667154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4351.51992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3223219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.36231194
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3414.51083
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 116 -
Rwork0.32 2578 -
obs--85.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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