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万見
- PDB-3uf5: Crystal structure of the mouse Colony-Stimulating Factor 1 (mCSF-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uf5
タイトルCrystal structure of the mouse Colony-Stimulating Factor 1 (mCSF-1) cytokine
要素Macrophage colony-stimulating factor 1
キーワードCYTOKINE / Hematopoietic cytokine / RTKIII / Four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


Other interleukin signaling / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / monocyte homeostasis / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex ...Other interleukin signaling / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / monocyte homeostasis / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of microglial cell migration / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / mammary duct terminal end bud growth / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / myeloid leukocyte migration / neutrophil homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of macrophage chemotaxis / monocyte differentiation / positive regulation of protein metabolic process / macrophage differentiation / regulation of ossification / homeostasis of number of cells within a tissue / osteoclast differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / cytokine activity / growth factor activity / Ras protein signal transduction / nuclear body / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Elegheert, J. / Bracke, N. / Bekaert, A. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Allosteric competitive inactivation of hematopoietic CSF-1 signaling by the viral decoy receptor BARF1
著者: Elegheert, J. / Bracke, N. / Pouliot, P. / Gutsche, I. / Shkumatov, A.V. / Tarbouriech, N. / Verstraete, K. / Bekaert, A. / Burmeister, W.P. / Svergun, D.I. / Lambrecht, B.N. / Vergauwen, B. / Savvides, S.N.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1
B: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9056
ポリマ－35,7442
非ポリマー1604
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.320, 68.690, 144.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 / CSF-1 / MCSF / Processed macrophage colony-stimulating factor 1


分子量: 17872.107 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 33-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Csf1, Csfm / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: P07141
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 6000, 0.2M calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9726 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 9314 / Num. obs: 9314 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_874) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.459 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 931 10 %random
Rwork0.2097 ---
obs0.2144 9312 98.48 %-
all-9312 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.146 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-39.3982 Å2-0 Å2-0 Å2
2---10.3431 Å2-0 Å2
3----29.0551 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 4 28 2396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5453244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.252906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8002-2.94770.39981280.30991148X-RAY DIFFRACTION98
2.9477-3.13240.32571320.28111188X-RAY DIFFRACTION99
3.1324-3.37410.32021310.23711180X-RAY DIFFRACTION99
3.3741-3.71340.25581320.2051188X-RAY DIFFRACTION99
3.7134-4.25020.2211320.17461189X-RAY DIFFRACTION99
4.2502-5.35270.26021360.17851220X-RAY DIFFRACTION98
5.3527-39.46290.20471400.20531268X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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