PDB-3uem: Crystal structure of human PDI bb'a' domains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uem

タイトル

Crystal structure of human PDI bb'a' domains

要素

Protein disulfide-isomerase

キーワード

CHAPERONE / Protein disulfide isomerase / thioredoxin-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / insulin processing / VLDL assembly / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / thiol oxidase activity / LDL remodeling / protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Yu, J. / Wang, C. / Huo, L. / Feng, W. / Wang, C.-C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Human protein-disulfide isomerase is a redox-regulated chaperone activated by oxidation of domain a'
著者: Wang, C. / Yu, J. / Huo, L. / Wang, L. / Feng, W. / Wang, C.-C.

履歴

登録	2011年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uem.cif.gz	163.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uem.ent.gz	131.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uem	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5whb-5 4eyv-d 4m21-d 6nod-3 3oop-1 6mlj-d 1mzu-d 1g9u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein disulfide-isomerase

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.585, 76.076, 79.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein disulfide-isomerase / PDI / Cellular thyroid hormone-binding protein / Prolyl 4-hydroxylase subunit beta / p55 分子量: 40747.781 Da / 分子数: 1 / 断片: bb'a' domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07237, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-D1D / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / 1,2-ジチアン-4β,5α-ジオ-ル分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl, 0.2M ammonium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 17802 / Num. obs: 17802 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 2.29→2.38 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 17.744 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28031	906	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22302	-	-	-
obs	0.22585	16845	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.355 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2839	0	8	144	2991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.044	1.953	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.849	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.125	25.315	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.481	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.619	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.299	1.5	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.554	2	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.638	3	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.058	4.5	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.293→2.353 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	77	-
R_work	0.309	1195	-
obs	-	-	97.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.4363	4.1749	0.9915	13.0469	-12.8013	19.5173	-0.0584	-2.2784	1.1211	0.7383	-0.1585	0.1282	-0.9444	-0.516	0.2169	0.2906	0.1661	-0.2567	0.2399	-0.2576	0.2874	-3.4605	3.9073	-32.9595
2	6.7821	0.9766	-1.6183	3.591	4.2158	8.37	0.3179	-0.1599	-0.0272	-0.0138	-0.0099	0.4731	-0.2997	-0.3343	-0.308	0.1568	0.0669	-0.022	0.1776	0.0777	0.2276	0.0888	-0.0196	-24.1521
3	7.5614	1.0953	-2.6176	6.3115	-0.7163	9.4375	0.0527	-0.1732	0.1496	0.144	0.2901	-0.1683	0.104	0.5597	-0.3428	0.1742	0.0589	-0.0373	0.1721	-0.0039	0.1652	7.725	-0.0262	-22.1714
4	6.6813	0.739	-1.4319	9.0545	1.3369	9.2339	0.159	-0.1371	-0.7213	0.243	0.0639	-0.0733	0.7874	0.385	-0.2229	0.1725	0.1238	-0.068	0.2059	0.0273	0.2136	7.4978	-5.8482	-22.6742
5	8.9344	-0.4181	-4.9483	9.9896	-0.4775	18.0612	0.2494	-0.3262	0.8132	0.3456	0.1033	-0.1292	-1.0949	0.325	-0.3527	0.3432	-0.0094	0.1338	0.0848	0.0018	0.2607	4.7511	10.4148	-17.2889
6	5.4662	2.0374	-6.0182	7.1626	-4.6122	14.5596	0.5706	-0.1314	-0.029	1.3496	-0.1638	-0.6708	-0.7871	0.7122	-0.4069	0.2362	0.0312	-0.0346	0.1927	-0.0139	0.0597	7.8875	2.3064	-14.1236
7	8.075	-0.5206	-7.0238	6.9771	1.8779	19.9691	0.23	-0.402	0.1548	1.2659	0.1565	-0.8973	0.2678	2.2979	-0.3865	0.181	0.0915	-0.2347	0.299	0.0115	0.1055	13.5205	-3.8777	-13.285
8	9.5621	12.1497	-9.7964	21.3023	-14.752	13.8294	0.2326	1.0505	-0.0058	-0.302	-0.4183	0.108	-0.0871	-0.4537	0.1857	0.462	0.1767	-0.14	0.3857	-0.0583	0.1021	4.2058	-14.1204	-5.3783
9	38.466	7.2123	0.946	9.4133	0.2018	-3.1429	-0.6327	3.9265	-0.8315	-1.7711	0.5069	-0.5143	0.2757	0.5434	0.1258	0.5457	-0.0552	0.0121	0.7338	-0.0247	0.1161	9.756	-21.2654	-4.4265
10	11.4317	2.5269	0.5954	10.5786	3.5759	7.4786	-0.0207	-0.9709	0.6327	1.3956	-0.5539	1.2303	0.0595	-1.0332	0.5746	0.4224	-0.1268	0.0272	0.3497	-0.0401	0.0929	0.1845	-13.5067	10.0085
11	8.8664	2.5273	4.0138	9.6291	3.6201	3.474	0.21	-0.2112	-0.0824	0.3215	-0.1591	0.5616	0.0754	-0.3966	-0.0509	0.3642	-0.1371	-0.1098	0.2647	0.0443	0.0588	2.3409	-21.4965	5.3834
12	5.1763	-0.2781	1.0701	11.671	1.981	6.6771	0.3714	-0.5084	-0.3334	1.487	0.025	-0.1581	0.8842	-0.6929	-0.3964	0.5087	-0.289	-0.1759	0.3782	0.1376	0.092	6.7554	-22.704	13.2748
13	13.0847	-3.0141	1.9415	11.1066	1.7509	1.5667	-0.1644	-0.3548	-0.3329	2.0322	0.5042	-1.6792	0.2822	0.0065	-0.3397	0.5888	-0.1944	-0.3533	0.1964	0.0353	0.2539	16.7697	-18.7922	13.9148
14	9.7736	6.8414	5.6766	24.09	9.4049	14.6944	0.445	-0.9137	-0.3406	1.4844	-0.6502	0.8335	0.4405	-1.1231	0.2052	0.0533	-0.0287	-0.0901	0.117	0.1629	0.0635	4.1659	-48.2564	12.4397
15	7.1501	-3.1343	4.9921	4.8817	-3.6082	7.4336	-0.113	0.1396	-0.2519	0.4502	-0.0108	-0.2984	-0.0417	0.1483	0.1238	0.1482	0.0149	-0.0985	0.1639	0.0042	0.1984	10.1525	-47.0872	5.9574
16	16.1207	-13.3289	8.7881	11.1089	-7.6722	7.8971	0.8227	0.3057	-1.2007	-0.7145	-0.0038	0.399	1.3422	0.4298	-0.8189	0.1772	0.136	-0.2356	0.1415	-0.2074	0.3322	7.4187	-57.2187	-1.4824
17	6.2721	-9.1236	0.797	17.8943	2.4993	5.4543	-0.1602	0.0617	-0.0907	0.6227	0.2051	-0.4587	0.043	0.5415	-0.045	0.1528	0.0105	-0.0827	0.2263	0.0062	0.2164	8.2451	-45.5184	5.7167
18	5.0465	-3.8421	0.7731	5.2612	-2.877	4.1893	-0.0759	1.1713	0.1562	0.6573	-0.5121	-0.9153	-0.3085	1.2811	0.5879	0.0376	-0.0159	-0.157	0.4279	-0.0032	0.2764	16.2536	-42.7983	2.8039
19	5.768	0.1476	-0.8216	8.7724	-0.5043	17.3182	-0.2149	1.4572	-0.7037	-1.7474	0.6873	-1.9662	-0.6079	0.9865	-0.4724	0.244	0.1539	0.1382	0.7261	-0.2098	0.4219	15.9614	-50.3941	-5.659
20	11.1273	-13.7174	0.0904	5.8789	-1.1393	28.0417	0.3313	1.2935	0.5337	-1.8145	-0.0156	-0.9702	1.0455	3.8051	-0.3157	0.1753	0.3972	-0.2167	0.892	-0.2759	0.5591	20.7375	-54.421	-6.0384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	119 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	151 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	171 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	190 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	199 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	209 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	228 - 246
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	247 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	256 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	280 - 306
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	307 - 337
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	338 - 353
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	354 - 369
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	370 - 400
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	401 - 419
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	420 - 431
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	432 - 451
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	452 - 468
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	469 - 478

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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