ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2LL5 解像度: 1.1→35.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.2024 / WRfactor Rwork: 0.1564 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.7959 / SU B: 1.834 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0368 / SU Rfree: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1937 | 1695 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1491 | - | - | - |
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obs | 0.1514 | 33543 | 94.81 % | - |
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all | - | 33543 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 47.19 Å2 / Biso mean: 18.274 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.91 Å2 | 0 Å2 | 0.13 Å2 |
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2- | - | -0.58 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.22 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→35.39 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 906 | 0 | 2 | 107 | 1015 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.029 | 0.021 | 973 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.003 | 0.02 | 701 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.402 | 1.985 | 1335 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.186 | 3 | 1687 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.775 | 5 | 128 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg22.408 | 22.632 | 38 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.696 | 15 | 96 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.126 | 15 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.013 | 0.023 | 1141 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 189 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it4.652 | 4 | 660 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_other3.183 | 4 | 272 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it6.09 | 6 | 1032 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it6.73 | 6 | 313 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it7.797 | 10 | 303 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr2.109 | 1 | 1674 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_free18.643 | 5 | 113 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_bonded9.739 | 5 | 1637 | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.294 | 88 | - |
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Rwork | 0.245 | 1838 | - |
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all | - | 1926 | - |
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obs | - | - | 73.62 % |
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