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- PDB-3uby: Crystal structure of human alklyadenine DNA glycosylase in a lowe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uby
タイトルCrystal structure of human alklyadenine DNA glycosylase in a lower and higher-affinity complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
  • DNA-3-methyladenine glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / alkyladenine DNA glycosylase fold / AAG / DNA repair / DNA binding / Nucleus / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / depurination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / DNA alkylation repair / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / base-excision repair ...alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / depurination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / DNA alkylation repair / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / base-excision repair / damaged DNA binding / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-methyladenine DNA Glycosylase; Chain A / Methylpurine-DNA glycosylase (MPG) / Methylpurine-DNA glycosylase / Methylpurine-DNA glycosylase superfamily / Methylpurine-DNA glycosylase (MPG) / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-3-methyladenine glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Setser, J.W. / Lingaraju, G.M. / Davis, C.A. / Samson, L.D. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Searching for DNA lesions: structural evidence for lower- and higher-affinity DNA binding conformations of human alkyladenine DNA glycosylase.
著者: Setser, J.W. / Lingaraju, G.M. / Davis, C.A. / Samson, L.D. / Drennan, C.L.
履歴
登録2011年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22012年1月18日Group: Atomic model
改定 1.32012年1月25日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase
B: DNA-3-methyladenine glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5634
ポリマ－56,5634
非ポリマー00
水4,504250
1
B: DNA-3-methyladenine glycosylase

A: DNA-3-methyladenine glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5634
ポリマ－56,5634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z+1/41
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.168, 41.168, 262.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 DNA-3-methyladenine glycosylase / 3-alkyladenine DNA glycosylase / 3-methyladenine DNA glycosidase / ADPG / N-methylpurine-DNA glycosylase


分子量: 24314.891 Da / 分子数: 2 / 断片: DELTA79AAG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPG, AAG, ANPG, MID1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29372, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3966.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: An equimolar ratio of delta79AAG and 13-mer single-stranded (ss) EDC DNA were mixed to form a protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 100 ...詳細: An equimolar ratio of delta79AAG and 13-mer single-stranded (ss) EDC DNA were mixed to form a protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 5% v/v glycerol and 1 mM DTT). The complex was incubated on ice for 15 min and used for crystallization. Crystals were obtained upon mixing 1 uL of protein-DNA complex and 1 uL of reservoir solution (100 mM BIS-TRIS, pH 5.5, 200 mM cesium chloride and 20% polyethylene glycol (PEG) 3350) over 0.5 ml of reservoir solution. Crystals appeared after incubation for 14 days at 22 degrees C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal, Double Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66 Å / Num. all: 26998 / Num. obs: 26998 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2→2.053 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BNK

1bnk


解像度: 2→65.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 12.087 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26545 1375 5.1 %RANDOM
Rwork0.2194 ---
obs0.22176 25556 92.12 %-
all-26998 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→65.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2967 354 0 250 3571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1042.1124709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0555376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09622.029138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59915504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4941538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.611.51900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.49923031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2631529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6844.51678
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 99 -
Rwork0.219 1833 -
obs--89.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8175-0.756-0.85651.830.66592.51510.04440.0808-0.07850.1421-0.10460.0499-0.07960.06030.06020.22030.0217-0.01210.0209-0.02250.12673.6984-5.009521.4544
21.7615-0.8740.80173.1614-0.66373.6281-0.06570.1840.0425-0.10140.1151-0.02690.0369-0.1413-0.04930.10010.02750.02680.1592-0.04740.1279-15.1881-26.4475-1.8766
30.54370.99391.2021.82012.22022.8380.0469-0.07520.01190.1083-0.11090.03430.10710.11850.06410.4785-0.0197-0.0250.47730.00840.2187.73561.804740.2028
41.84670.513-2.374910.8793-2.169212.92830.0918-0.52750.3550.11860.4908-0.4344-0.34250.3405-0.58260.2237-0.0591-0.02670.2337-0.13810.17119.58819.363138.6698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A80 - 200
2X-RAY DIFFRACTION1A209 - 264
3X-RAY DIFFRACTION1A268 - 290
4X-RAY DIFFRACTION2B80 - 130
5X-RAY DIFFRACTION2B144 - 160
6X-RAY DIFFRACTION2B166 - 198
7X-RAY DIFFRACTION2B208 - 262
8X-RAY DIFFRACTION2B274 - 289
9X-RAY DIFFRACTION3C1 - 11
10X-RAY DIFFRACTION4D1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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