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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ube | |||||||||
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タイトル | Influenza hemagglutinin from the 2009 pandemic in complex with ligand LSTc | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin ...) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral envelope protein / hemagglutinin / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Influenza a virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, R. / Wilson, I.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012 タイトル: Structural Characterization of the Hemagglutinin Receptor Specificity from the 2009 H1N1 Influenza Pandemic. 著者: Xu, R. / McBride, R. / Nycholat, C.M. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ube.cif.gz | 601.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ube.ent.gz | 497.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ube.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ube_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ube_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ube_validation.xml.gz | 113 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ube_validation.cif.gz | 155.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ube ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ube | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL
#1: タンパク質 | 分子量: 36535.281 Da / 分子数: 6 / 断片: Ectodomain HA1, residues 18-344 / 変異: G205C, R220C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: SW1 A/CALIFORNIA/04/2009 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C3W5S1 #2: タンパク質 | 分子量: 20278.383 Da / 分子数: 6 / 断片: Ectodomain HA2, residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza a virus (A型インフルエンザウイルス) 株: SW1 A/CALIFORNIA/04/2009 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C3W5S1 |
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-糖 , 5種, 14分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / #7: 糖 | ChemComp-SIA / | |
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-非ポリマー , 1種, 878分子
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 % |
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結晶化 | 温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 27% PEG-MME 2000, 0.1M Tris pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日 詳細: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 153165 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3LZG 解像度: 2.15→49.543 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.825 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.543 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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