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- PDB-3ubd: Structure of N-terminal domain of RSK2 kinase in complex with fla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubd
タイトルStructure of N-terminal domain of RSK2 kinase in complex with flavonoid glycoside SL0101
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase-inhibitor complex / induced fit / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RSK activation / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ERK/MAPK targets / toll-like receptor signaling pathway / response to lipopolysaccharide / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...RSK activation / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ERK/MAPK targets / toll-like receptor signaling pathway / response to lipopolysaccharide / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / nucleolus / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SL0 / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Utepbergenov, D. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Insights into the Inhibition of the p90 Ribosomal S6 Kinase (RSK) by the Flavonol Glycoside SL0101 from the 1.5 A Crystal Structure of the N-Terminal Domain of RSK2 with Bound Inhibitor.
著者: Utepbergenov, D. / Derewenda, U. / Olekhnovich, N. / Szukalska, G. / Banerjee, B. / Hilinski, M.K. / Lannigan, D.A. / Stukenberg, P.T. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5162
ポリマ－35,0001
非ポリマー5161
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.446, 40.700, 83.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-752-

HOH

21A-781-

HOH

31A-792-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / MAP kinase-activated ...S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPK-activated protein kinase 1b / MAPKAP kinase 1b / MAPKAPK-1b / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2


分子量: 34999.758 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal kinase domain, UNP residues 45-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapkapk1b, Rps6ka-rs1, Rps6ka3, Rsk2 / プラスミド: pHisParallel2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL
参照: UniProt: P18654, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SL0 / 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4-oxo-4H-chromen-3-yl 3,4-di-O-acetyl-6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside / SL 0101-1 / SL-0101


分子量: 516.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24O12
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine ED2003, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→30 Å / Num. all: 46748 / Num. obs: 46201 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.53-1.562.70.471195.1
1.56-1.583.20.44198.1
1.58-1.623.60.37199.8
1.62-1.6540.362198.8
1.65-1.684.20.3231100
1.68-1.724.40.275199.5
1.72-1.774.50.255199.9
1.77-1.814.70.25199.8
1.81-1.874.70.195199.9
1.87-1.934.80.171100
1.93-24.90.1361100
2-2.084.90.1111100
2.08-2.1750.0931100
2.17-2.2950.0831100
2.29-2.4350.0771100
2.43-2.6250.0751100
2.62-2.8850.0741100
2.88-3.2950.0631100
3.29-4.1550.0451100
4.15-304.80.041198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G51

3g51


解像度: 1.53→24.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 2254 5.04 %
Rwork0.1934 --
obs0.1949 44706 95.66 %
all-46748 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.664 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.903 Å20 Å2-2.2242 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----3.193 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 37 337 2702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9733328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.532961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.57230.32331800.2763483X-RAY DIFFRACTION79
1.5723-1.63520.25652410.23383975X-RAY DIFFRACTION91
1.6352-1.70960.25252120.2164171X-RAY DIFFRACTION94
1.7096-1.79970.25612310.21694204X-RAY DIFFRACTION96
1.7997-1.91240.24552330.20874358X-RAY DIFFRACTION98
1.9124-2.060.23442420.20744380X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.26720.23142020.20014426X-RAY DIFFRACTION100
2.2672-2.5950.25072450.20094417X-RAY DIFFRACTION100
2.595-3.26810.21122580.19624451X-RAY DIFFRACTION100
3.2681-24.40320.18972100.16944587X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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