PDB-3ub1: Ntf2 like protein involved in plasmid conjugation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ub1

タイトル

Ntf2 like protein involved in plasmid conjugation

要素

ORF13-like protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / NTF2-LIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Porter, C.J. / Rosado, C.J. / Bantwal, R. / Bannam, T.L. / Rood, J.I. / Whisstock, J.C.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: The conjugation protein TcpC from Clostridium perfringens is structurally related to the type IV secretion system protein VirB8 from Gram-negative bacteria.
著者: Porter, C.J. / Bantwal, R. / Bannam, T.L. / Rosado, C.J. / Pearce, M.C. / Adams, V. / Lyras, D. / Whisstock, J.C. / Rood, J.I.

履歴

登録	2011年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ub1.cif.gz	674.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ub1.ent.gz	579.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ub1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ub1_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ub1_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	3ub1_validation.xml.gz	73.2 KB	表示
CIF形式データ	3ub1_validation.cif.gz	109.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ub1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ub1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cih-d 4rxo-2 4rgy-1 6u6x-1 6u6y-2 6dzs-1 5ao0-d 5k7v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF13-like protein

B: ORF13-like protein

C: ORF13-like protein

D: ORF13-like protein

E: ORF13-like protein

F: ORF13-like protein

ヘテロ分子

183 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF13-like protein

C: ORF13-like protein

E: ORF13-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ORF13-like protein

D: ORF13-like protein

F: ORF13-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.495, 121.842, 125.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ORF13-like protein / NTF2-LIKE PROTEIN 分子量: 30342.787 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: pCW3_0032, tcpC / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q1PLH8
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100MM BIS-TRIS, 50MM CACL2, 28-30%(V/ V) PEG MME 550, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97860, 0.98133

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日

放射

モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.9786	1
3	0.98133	1

反射

解像度: 1.8→70.89 Å / Num. obs: 172185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

最高解像度: 1.8 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→62.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.494 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	8623	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	172095	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→62.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11998	0	27	1914	13939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	12416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.943	16866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.535	5	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.696	25.462	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.183	15	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.191	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.717	1.5	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.333	2	12309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.27	3	4818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.676	4.5	4541
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	635	-
R_work	0.199	11914	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0015	0.0354	-0.3528	1.0791	0.2538	1.34	0.0114	-0.0511	-0.0421	0.0854	-0.0125	0.0194	0.1354	0.083	0.0011	0.111	-0.0119	0.0165	0.0964	-0.0163	0.1126	15.4219	68.5573	8.7909
2	1.2895	0.1908	-0.5006	1.1543	0.2106	1.0723	-0.0104	0.109	0.0757	-0.0369	-0.1032	0.3209	0.0042	-0.4133	0.1136	0.0068	-0.0092	0.0004	0.2064	-0.0597	0.1158	-26.9184	64.1205	19.7238
3	1.0176	-0.0655	-0.042	0.8054	-0.2131	0.8277	-0.0466	-0.0082	-0.0166	-0.0293	0.0144	-0.0115	0.0704	-0.0303	0.0322	0.1106	0.0201	0.0132	0.1079	-0.0106	0.1126	44.8794	61.3243	3.6255
4	1.1124	0.1124	0.0787	0.5852	-0.0871	0.6061	-0.0354	0.0451	0.0172	-0.0055	0.0073	-0.1088	-0.0023	0.1184	0.0281	0.0747	0.01	0.0058	0.1223	0.0111	0.1149	84.1845	52.9256	-16.0417
5	0.4923	0.2011	-0.1333	0.6214	0.0766	0.4427	0.0367	-0.0127	0.0041	0.0335	-0.0223	-0.0238	-0.0138	0.0069	-0.0144	0.0909	-0.0048	-0.0045	0.1032	-0.0005	0.0875	3.5918	54.8701	-0.0579
6	0.6602	-0.1681	-0.306	1.5677	-0.1318	1.1581	0.0511	-0.0661	0.146	0.0229	0.003	-0.0615	-0.0849	-0.0091	-0.0542	0.0822	-0.0193	0.0307	0.0632	-0.0328	0.136	18.0329	89.6313	13.5052
7	0.5071	-0.1533	0.0827	0.995	-0.0529	0.4476	-0.0449	-0.0461	-0.0175	0.037	0.0264	0.0126	-0.0399	-0.0195	0.0186	0.1117	0.0134	0.0079	0.1106	0.0056	0.103	55.5987	45.6582	9.3243
8	1.0558	0.1456	0.5198	1.2955	0.5119	2.3178	-0.0607	0.0121	0.2778	-0.0534	-0.0371	-0.0943	-0.3593	0.0422	0.0978	0.0968	0.026	-0.0141	0.034	0.0018	0.1592	44.7367	82.5146	1.8902
9	0.7867	-0.2314	-0.035	0.9636	-0.0781	1.3533	-0.0105	0.0034	0.0167	0.0319	-0.0215	0.0084	-0.0209	-0.037	0.032	0.0901	-0.0152	0.0111	0.1198	-0.0104	0.0837	-6.307	62.7773	20.5957
10	0.8181	0.1264	-0.1156	0.6529	0.1287	1.1167	0.0102	0.1742	-0.0009	-0.1426	0.0053	-0.0113	-0.0269	-0.0583	-0.0155	0.1062	-0.0069	0.0005	0.1151	-0.0017	0.0672	3.0758	48.7123	-20.6305
11	1.0999	0.143	0.1786	0.8961	-0.0554	1.0524	-0.0166	-0.0113	-0.0014	-0.0242	0.0113	0.0292	-0.0221	-0.0852	0.0053	0.091	0.0115	0.0034	0.1214	0.0045	0.1084	63.1668	54.5592	-12.3469
12	0.6661	-0.265	-0.0791	1.3084	-0.4885	1.1334	-0.1463	-0.196	-0.0271	0.3695	0.1165	0.0099	-0.0757	0.047	0.0297	0.1674	0.0793	0.0178	0.1211	0.0319	0.0159	59.0996	37.6129	28.7937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	104 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	231 - 354
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	103 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	232 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	104 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	252 - 354
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	104 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	253 - 356
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	103 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	231 - 354
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	104 - 230
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	231 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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