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- PDB-3ub0: Crystal structure of the nonstructural protein 7 and 8 complex of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ub0
タイトルCrystal structure of the nonstructural protein 7 and 8 complex of Feline Coronavirus
要素
  • Non-structural protein 6, nsp6,
  • Non-structural protein 7, nsp7
キーワードREPLICATION / Feline Coronavirus / nonstructural protein / primer-independent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity ...host cell membrane / viral genome replication / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2090 / Nsp8 replicase, head domain / Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / : / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus ...Helix Hairpins - #2090 / Nsp8 replicase, head domain / Alphacoronavirus nsp1 / Replicase polyprotein N-term from Coronavirus nsp1 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / : / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xiao, Y. / Hilgenfeld, R. / Ma, Q.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Nonstructural proteins 7 and 8 of feline coronavirus form a 2:1 heterotrimer that exhibits primer-independent RNA polymerase activity.
著者: Xiao, Y. / Ma, Q. / Restle, T. / Shang, W. / Svergun, D.I. / Ponnusamy, R. / Sczakiel, G. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2011年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 6, nsp6,
B: Non-structural protein 7, nsp7
C: Non-structural protein 7, nsp7
D: Non-structural protein 6, nsp6,
E: Non-structural protein 7, nsp7
F: Non-structural protein 7, nsp7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0506
ポリマ－83,0506
非ポリマー00
水1,38777
1
A: Non-structural protein 6, nsp6,
B: Non-structural protein 7, nsp7
C: Non-structural protein 7, nsp7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5253
ポリマ－41,5253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
2
D: Non-structural protein 6, nsp6,
E: Non-structural protein 7, nsp7
F: Non-structural protein 7, nsp7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5253
ポリマ－41,5253
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.454, 160.301, 102.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 6, nsp6, / Replicase polyprotein 1ab


分子量: 22020.658 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 3583-3777 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
株: FIPV WSU-79/1146 / 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98VG9
#2: タンパク質
Non-structural protein 7, nsp7 / Replicase polyprotein 1ab


分子量: 9752.201 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 3500-3582 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
株: FIPV WSU-79/1146 / 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98VG9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 2.24M (NH4)2HPO4, 2mM TCEP, 0.1M Tris-HCl, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9809
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月8日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→33.45 Å / Num. all: 31155 / Num. obs: 31155 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.23 % / Biso Wilson estimate: 73.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0577 / Rsym value: 0.0577 / Net I/σ(I): 20.38
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.41 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→33.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9403 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9417 / SU R Cruickshank DPI: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: auto-BUSTER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 1471 4.72 %thin shells
Rwork0.2051 ---
all0.2062 31155 --
obs0.2062 31155 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.067 Å20 Å20 Å2
2--0.2469 Å20 Å2
3----9.3139 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.454 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5498 0 0 77 5575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015579HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.297546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1992SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes775HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5579HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.82
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion761SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6220SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 0 %
Rwork0.2478 2831 -
all0.2478 2831 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3064.848-2.13346.2967-2.58681.5270.3603-0.3199-0.2810.6981-0.32680.1458-0.1352-0.2017-0.03350.2306-0.11390.00670.3746-0.00560.259278.743950.933349.9213
21.53760.1430.35914.64291.54691.818-0.04630.38950.0694-0.39590.0815-0.1316-0.10610.1028-0.03530.189-0.07020.07420.45450.09780.170940.98952.592234.8954
35.46952.9297-0.86854.1886-0.16621.41090.07550.16930.3935-0.09390.0363-0.2223-0.342-0.0109-0.11180.1903-0.09660.01230.23050.14710.419953.445133.946946.895
44.07612.0840.14934.50771.37864.67670.01250.1221-0.0848-0.17340.1159-0.4346-0.13880.0536-0.12840.0376-0.03950.03060.13620.07040.085145.276615.859239.9273
52.64911.5221-0.72851.8286-0.78161.7732-0.17710.374-0.9136-0.20980.0587-0.44650.2841-0.3590.11840.18990.00110.04180.4288-0.0720.397177.706541.415938.1459
62.1994-1.6395-0.25498.29284.06323.5768-0.45431.08630.958-1.09650.92310.5242-2.2596-1.8311-0.46880.33580.4563-0.23350.97810.598-0.283873.286179.404111.4992
73.21332.4062-1.60335.4844-2.68744.7967-0.57330.8579-1.3035-0.79440.0304-0.67080.86730.02860.5430.3492-0.15010.25620.523-0.37680.616983.663639.37731.6312
88.27111.3334-1.15333.096-0.29963.6952-0.28191.7383-0.1296-0.49520.2625-0.0105-0.0923-0.79190.01940.1404-0.1019-0.02930.9241-0.0779-0.008181.114657.81321.3022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - A|72 }A-2 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|73 - A|192 }A73 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|83 }B2 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|1 - C|81 }C1 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5{ D|-2 - D|138 }D-2 - 138
6X-RAY DIFFRACTION6{ D|139 - D|191 }D139 - 191
7X-RAY DIFFRACTION7{ E|2 - E|82 }E2 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8{ F|1 - F|77 }F1 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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