PDB-3uax: Crystal structure of adenosine phosphorylase from Bacillus cereus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uax

タイトル

Crystal structure of adenosine phosphorylase from Bacillus cereus complexed with inosine

要素

Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

キーワード

TRANSFERASE / Necleoside phosphorylase I (NP-I) family

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis of the substrate specificity of Bacillus cereus adenosine phosphorylase.
著者: Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2011年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uax.cif.gz	124.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uax.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uax_validation.pdf.gz	812.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uax_full_validation.pdf.gz	815 KB	表示
XML形式データ	3uax_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	3uax_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uavC 3uawC 3uayC 3uazC 1ecpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uaw-1 2i4t-1 1jds-d 3ooe-d 1jp7-1 4tti-d 1k9s-d 3uaz-1 4da0-1 1a69-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_666	-y+1,-x+1,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	11_656	-x+y+1,y,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	12_556	x,x-y,-z+3/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.800, 122.800, 68.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-452- HOH
2	1	A-453- HOH
3	1	A-454- HOH
4	1	A-455- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase deoD-type / PNP 分子量: 25700.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: deoD / プラスミド: pET5b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EEL8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン分子量: 268.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.3-1.5 M ammonium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 88185 / Num. obs: 88185 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.271 / Net I/σ(I): 21.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.24	2	0.357	7217	1.025	1	77.8
1.24-1.29	2.1	0.285	7863	1.052	1	84.4
1.29-1.35	2.3	0.213	8262	1.122	1	88.7
1.35-1.42	2.5	0.17	8602	1.222	1	92.2
1.42-1.51	2.9	0.13	8934	1.411	1	95.6
1.51-1.63	3.5	0.103	9210	1.401	1	98.4
1.63-1.79	3.8	0.079	9395	1.328	1	99.7
1.79-2.05	4	0.063	9442	1.315	1	99.9
2.05-2.59	4.2	0.064	9529	1.411	1	99.8
2.59-50	5.4	0.053	9731	1.117	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ECP

1ecp

解像度: 1.2→32.428 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.9377 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1 / 位相誤差: 11.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1477	4188	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1277	-	-	-
obs	0.1286	84174	89.4 %	-
all	-	88185	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.05 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.9 Å² / k_sol: 0.478 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.21 Å² / B_iso mean: 15.5028 Å² / B_iso min: 6.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4979 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.4979 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9959 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→32.428 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1699	0	30	218	1947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.292	2921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.359	782

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.2421	97	0.2162	1927	2024	65
1.2136-1.2279	0.2146	102	0.1963	1983	2085	68
1.2279-1.2429	0.2106	110	0.1893	2058	2168	70
1.2429-1.2586	0.1577	116	0.1751	2111	2227	72
1.2586-1.2752	0.1659	115	0.1643	2210	2325	75
1.2752-1.2927	0.1949	119	0.1586	2289	2408	78
1.2927-1.3111	0.1696	145	0.143	2325	2470	80
1.3111-1.3307	0.1561	147	0.1317	2394	2541	82
1.3307-1.3515	0.144	117	0.1277	2440	2557	82
1.3515-1.3737	0.1434	120	0.1249	2509	2629	85
1.3737-1.3973	0.1443	140	0.1269	2564	2704	87
1.3973-1.4228	0.1636	128	0.1143	2622	2750	88
1.4228-1.4501	0.161	142	0.1121	2641	2783	89
1.4501-1.4797	0.1439	147	0.1034	2691	2838	91
1.4797-1.5119	0.1174	160	0.1007	2760	2920	94
1.5119-1.5471	0.1267	137	0.0937	2793	2930	94
1.5471-1.5857	0.1262	152	0.0915	2865	3017	97
1.5857-1.6286	0.1024	156	0.0862	2890	3046	98
1.6286-1.6765	0.1157	155	0.0909	2908	3063	98
1.6765-1.7307	0.103	158	0.0933	2928	3086	98
1.7307-1.7925	0.1178	152	0.0974	2953	3105	99
1.7925-1.8643	0.1215	148	0.0969	2936	3084	99
1.8643-1.9491	0.1384	140	0.1037	2997	3137	99
1.9491-2.0518	0.1221	147	0.1066	2960	3107	99
2.0518-2.1804	0.1495	147	0.109	2996	3143	99
2.1804-2.3487	0.1214	152	0.113	3022	3174	100
2.3487-2.5849	0.132	168	0.1231	2992	3160	99
2.5849-2.9588	0.1644	131	0.1401	3069	3200	99
2.9588-3.7269	0.1534	166	0.1487	3085	3251	100
3.7269-32.4402	0.1908	174	0.1719	3068	3242	94

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