PDB-3uaw: Crystal structure of adenosine phosphorylase from Bacillus cereus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uaw

タイトル

Crystal structure of adenosine phosphorylase from Bacillus cereus complexed with adenosine

要素

Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

キーワード

TRANSFERASE / Necleoside phosphorylase I (NP-I) family

機能・相同性

機能・相同性情報

purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis of the substrate specificity of Bacillus cereus adenosine phosphorylase.
著者: Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2011年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uaw.cif.gz	128.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uaw.ent.gz	100.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uaw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uaw_validation.pdf.gz	807.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uaw_full_validation.pdf.gz	811.6 KB	表示
XML形式データ	3uaw_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3uaw_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uaw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uavC 3uaxC 3uayC 3uazC 1ecpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uax-1 4tti-d 1a69-1 1k9s-d 4ts9-1 3ooh-1 3ooe-d 3uaz-1 3uay-1 1vhw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_666	-y+1,-x+1,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	11_656	-x+y+1,y,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	12_556	x,x-y,-z+3/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.000, 121.000, 67.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-416- HOH
2	1	A-439- HOH
3	1	A-443- HOH
4	1	A-444- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase deoD-type / PNP 分子量: 25700.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: deoD / プラスミド: pET5b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EEL8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.3-1.5 M ammonium sulfate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99997 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99997 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 88363 / Num. obs: 88363 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.2-1.24	5.4	0.546	7949	0.91	1	89.3
1.24-1.29	10.4	0.448	8884	0.912	1	99.8
1.29-1.35	13.3	0.354	8898	0.927	1	99.8
1.35-1.42	14	0.264	8916	0.927	1	99.8
1.42-1.51	14.3	0.167	8887	0.946	1	99.7
1.51-1.63	14.5	0.112	8953	0.986	1	99.6
1.63-1.79	14.6	0.078	8930	1.093	1	99.3
1.79-2.05	14.7	0.071	8939	1.239	1	98.8
2.05-2.59	14.8	0.06	8952	1.444	1	97.9
2.59-50	14.4	0.024	9055	1.121	1	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ECP

1ecp

解像度: 1.2→26.669 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.9477 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1 / 位相誤差: 10.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.141	4165	4.96 %	RANDOM
R_work	0.1251	-	-	-
obs	0.1259	83888	92.87 %	-
all	-	88363	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.05 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.507 Å² / k_sol: 0.501 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.37 Å² / B_iso mean: 15.3875 Å² / B_iso min: 5.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3579 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3579 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→26.669 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1747	0	41	204	1992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2215
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.348	3037
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	393
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.928	806

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.199-1.2127	0.2723	88	0.2657	1720	1808	61
1.2127-1.2269	0.2635	119	0.2347	2242	2361	80
1.2269-1.2419	0.223	132	0.2041	2442	2574	87
1.2419-1.2576	0.187	123	0.1701	2543	2666	89
1.2576-1.2742	0.1649	134	0.144	2522	2656	90
1.2742-1.2916	0.1505	139	0.1199	2585	2724	91
1.2916-1.3101	0.1393	141	0.1103	2619	2760	93
1.3101-1.3296	0.1422	136	0.0996	2634	2770	93
1.3296-1.3504	0.1191	148	0.0993	2618	2766	93
1.3504-1.3725	0.1307	141	0.1011	2634	2775	94
1.3725-1.3962	0.1134	144	0.0977	2679	2823	94
1.3962-1.4216	0.1241	137	0.098	2672	2809	94
1.4216-1.4489	0.1293	143	0.0949	2678	2821	95
1.4489-1.4785	0.1282	152	0.0887	2692	2844	95
1.4785-1.5106	0.1107	139	0.0901	2723	2862	96
1.5106-1.5458	0.1041	128	0.0895	2730	2858	95
1.5458-1.5844	0.1057	154	0.0869	2728	2882	97
1.5844-1.6273	0.0975	149	0.0881	2744	2893	96
1.6273-1.6751	0.1177	149	0.0893	2720	2869	96
1.6751-1.7292	0.1111	141	0.094	2769	2910	96
1.7292-1.791	0.1109	139	0.0912	2747	2886	96
1.791-1.8627	0.1158	142	0.096	2757	2899	96
1.8627-1.9474	0.121	135	0.097	2785	2920	97
1.9474-2.0501	0.1103	136	0.1021	2766	2902	96
2.0501-2.1785	0.1335	129	0.1021	2812	2941	97
2.1785-2.3466	0.1268	152	0.1132	2799	2951	97
2.3466-2.5825	0.1384	148	0.1236	2796	2944	96
2.5825-2.9558	0.1713	130	0.1463	2835	2965	96
2.9558-3.7224	0.1465	148	0.1472	2849	2997	96
3.7224-26.6757	0.1784	169	0.1816	2883	3052	93

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関連情報:EMDBヘッダ

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