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万見
- PDB-3u9q: Ligand binding domain of PPARgamma complexed with Decanoic Acid a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u9q
タイトルLigand binding domain of PPARgamma complexed with Decanoic Acid and PGC-1a peptide
要素
  • PGC-1a peptide
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Adipogenesis / RXRa / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of extracellular matrix assembly / response to muscle activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of extracellular matrix assembly / response to muscle activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / cellular respiration / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / lncRNA binding / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / temperature homeostasis / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / response to starvation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / fatty acid oxidation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / response to dietary excess / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / energy homeostasis / cell maturation / epithelial cell differentiation / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of signaling receptor activity / digestion / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / RNA splicing / respiratory electron transport chain / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / Regulation of PTEN gene transcription / gluconeogenesis / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / mitochondrion organization / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / placenta development / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.522 Å
データ登録者Malapaka, V.R. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Identification and Mechanism of 10-Carbon Fatty Acid as Modulating Ligand of Peroxisome Proliferator-activated Receptors.
著者: Malapaka, R.R. / Khoo, S. / Zhang, J. / Choi, J.H. / Zhou, X.E. / Xu, Y. / Gong, Y. / Li, J. / Yong, E.L. / Chalmers, M.J. / Chang, L. / Resau, J.H. / Griffin, P.R. / Chen, Y.E. / Xu, H.E.
履歴
登録2011年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: PGC-1a peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8773
ポリマ－31,7052
非ポリマー1721
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.726, 54.346, 66.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 30704.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain, UNP residues 236-504 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1C3, PPARG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド PGC-1a peptide


分子量: 1000.319 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptide, UNP residues 142-150 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M sodium acetate (pH 6.2), 20% PEG 3350, 15% glycerol and 1 mM concentration of the ligand., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.62 - 1.91
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.621
21.911
反射解像度: 1.52→33.082 Å / Num. all: 45773 / Num. obs: 43465 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.522→1.562 Å / % possible all: 97.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.522→30.082 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.505 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 2308 5 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
all0.221 45773 --
obs0.1851 43465 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 20.037 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å2-0.2 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.522→30.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 12 394 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6542.0022911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0895263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.24425.38591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17315428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.723158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0781.51325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0322142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1813841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2654.5769
LS精密化 シェル解像度: 1.522→1.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 164 -
Rwork0.221 3150 -
all-3314 -
obs--97.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0889-0.0163-0.03910.0609-0.00820.07530.0025-0.0084-0.0020.0071-0.0032-0.00090.00480.00220.00070.0028-0.0013-0.00070.00130.00040.00038.7733-1.61812.4761
21.32870.6529-0.72141.43040.05412.38160.0692-0.02530.06190.0514-0.0296-0.0165-0.10540.0116-0.03960.0069-0.00180.0020.0008-0.00040.004915.133617.562715.5256
36.2083-3.74194.29652.2562-2.592.977-0.1947-0.5803-0.66390.21670.50990.4046-0.2669-0.3905-0.31520.2118-0.01580.12220.15320.06080.11312.14430.423822.8301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A208 - 476
2X-RAY DIFFRACTION2B142 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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