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- PDB-3u9p: Crystal Structure of Murine Siderocalin in Complex with an Fab Fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u9p
タイトルCrystal Structure of Murine Siderocalin in Complex with an Fab Fragment
要素
  • Monoclonal Fab Fragment Heavy Chain
  • Monoclonal Fab Fragment Light Chain
  • Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta Barrel / Transport Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal sequestration by antimicrobial proteins / cytoplasmic vesicle lumen / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / Iron uptake and transport / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / siderophore transport / response to kainic acid ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / cytoplasmic vesicle lumen / positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / Iron uptake and transport / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light / cellular response to increased oxygen levels / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / cellular response to interleukin-6 / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / response to herbicide / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Neutrophil degranulation / positive regulation of endothelial cell migration / acute-phase response / response to bacterium / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Immunoglobulins ...Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Correnti, C. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Siderocalin/Lcn2/NGAL/24p3 does not drive apoptosis through gentisic acid mediated iron withdrawal in hematopoietic cell lines.
著者: Correnti, C. / Richardson, V. / Sia, A.K. / Bandaranayake, A.D. / Ruiz, M. / Suryo Rahmanto, Y. / Kovacevic, Z. / Clifton, M.C. / Holmes, M.A. / Kaiser, B.K. / Barasch, J. / Raymond, K.N. / ...著者: Correnti, C. / Richardson, V. / Sia, A.K. / Bandaranayake, A.D. / Ruiz, M. / Suryo Rahmanto, Y. / Kovacevic, Z. / Clifton, M.C. / Holmes, M.A. / Kaiser, B.K. / Barasch, J. / Raymond, K.N. / Richardson, D.R. / Strong, R.K.
履歴
登録2011年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
D: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
H: Monoclonal Fab Fragment Heavy Chain
K: Monoclonal Fab Fragment Heavy Chain
L: Monoclonal Fab Fragment Light Chain
M: Monoclonal Fab Fragment Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,4616
ポリマ－135,4616
非ポリマー00
水1,09961
1
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
K: Monoclonal Fab Fragment Heavy Chain
M: Monoclonal Fab Fragment Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7313
ポリマ－67,7313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
2
D: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
H: Monoclonal Fab Fragment Heavy Chain
L: Monoclonal Fab Fragment Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7313
ポリマ－67,7313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.133, 124.091, 147.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / Lipocalin-2 / SV-40-induced 24P3 protein / p25


分子量: 21040.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lcn2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11672
#2: 抗体 Monoclonal Fab Fragment Heavy Chain


分子量: 23205.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#3: 抗体 Monoclonal Fab Fragment Light Chain


分子量: 23484.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M sodium citrate, 0.2M sodium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月7日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35241 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.94.40.36135721.074195.8
2.9-3.024.50.26835621.064195.9
3.02-3.154.50.19635801.057195.7
3.15-3.324.50.14535481.07195.2
3.32-3.534.60.09935361.075194.6
3.53-3.84.60.07335321.076193.9
3.8-4.184.60.05635091.067193.2
4.18-4.794.70.04435031192
4.79-6.034.70.05134531.059190
6.03-504.70.03234460.916185.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 34.899 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2917 1759 5 %RANDOM
Rwork0.2193 ---
obs0.2229 35239 93.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.76 Å2 / Biso mean: 46.9157 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8278 0 0 61 8339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0218480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.94311602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854312976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63951125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76923.311299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.195151111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5791534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.59725685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.09822287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12639017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59642795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.50362585
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 141 -
Rwork0.304 2479 -
all-2620 -
obs--95.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.138-0.3884-0.25623.4710.21211.4916-0.0335-0.1185-0.11870.4417-0.13440.54490.1703-0.18390.16790.2271-0.07340.10650.1969-0.03180.1442-10.358-70.31263.671
21.7147-0.7830.35024.396-1.92543.3639-0.1279-0.2628-0.01660.82560.57160.6195-0.9287-0.6007-0.44370.38790.29620.24840.30220.13820.2768-28.25728.89344.636
33.1953-2.2254-1.68092.1392.01792.64590.10741.088-0.61860.1696-0.76850.67840.4922-1.27020.66110.1955-0.23630.06581.1576-0.2080.3973-30.768-9.92525.108
41.36311.7474-0.44732.7452-0.24771.04690.0834-0.3668-0.02450.1068-0.2162-0.0329-0.21850.04580.13290.06070.0299-0.04010.3534-0.01230.14649.948-29.69268.082
50.9641-1.5122-0.83813.32641.68822.8117-0.01150.1196-0.05560.2424-0.02010.12190.5525-0.27010.03160.1867-0.093-0.00120.2680.03760.1759-11.298-14.34726.929
61.6591.8593-0.06042.6987-0.04550.9721-0.26030.11310.1612-0.35530.21210.1459-0.17880.0050.04820.16870.0431-0.04890.188-0.00020.14589.586-26.71248.966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4K1 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5L1 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6M1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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