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- PDB-3u83: Crystal structure of nectin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u83
タイトルCrystal structure of nectin-1
要素Poliovirus receptor-related protein 1
キーワードCELL ADHESION / nectin-1 / hinge region plasiticity
機能・相同性
機能・相同性情報


desmosome organization / Nectin/Necl trans heterodimerization / cell adhesion mediator activity / cochlea morphogenesis / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / growth cone membrane / cell-cell contact zone / virion binding ...desmosome organization / Nectin/Necl trans heterodimerization / cell adhesion mediator activity / cochlea morphogenesis / protein localization to cell junction / lens morphogenesis in camera-type eye / enamel mineralization / growth cone membrane / cell-cell contact zone / virion binding / Adherens junctions interactions / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / apical junction complex / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / axon guidance / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / adherens junction / cell-cell adhesion / iron ion transport / virus receptor activity / retina development in camera-type eye / carbohydrate binding / cell adhesion / immune response / symbiont entry into host cell / dendrite / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / Nectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Zhang, N. / Yan, J. / Lu, G. / Guo, Z. / Fan, Z. / Wang, J. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: Binding of herpes simplex virus glycoprotein D to nectin-1 exploits host cell adhesion.
著者: Zhang, N. / Yan, J. / Lu, G. / Guo, Z. / Fan, Z. / Wang, J. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2052
ポリマ－36,9381
非ポリマー2661
水3,207178
1
A: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子

A: Poliovirus receptor-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4104
ポリマ－73,8772
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area32280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.520, 127.520, 190.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Poliovirus receptor-related protein 1 / Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Herpesvirus Ig-like receptor ...Herpes virus entry mediator C / Herpesvirus entry mediator C / HveC / Herpesvirus Ig-like receptor / HIgR / Nectin-1


分子量: 36938.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 30-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVRL1, HVEC, PRR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15223
#2: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 2000, 0.2M Trimethylamine N-oxidedihydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 20827 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 20.933
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 4.739 / Num. unique all: 2037 / Rsym value: 0.594 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ALP

3alp


解像度: 2.499→40.774 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 1023 5.11 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.1873 ---
obs0.1873 20026 95.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.468 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0772 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.0772 Å20 Å2
3----8.1544 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.499→40.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2350 0 16 178 2544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0033304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.579887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4989-2.63070.30961460.2385244988
2.6307-2.79550.26131340.2179257893
2.7955-3.01120.25891420.204269896
3.0112-3.31410.24841580.1976271197
3.3141-3.79340.25521640.1788279999
3.7934-4.77810.18441450.1559283099
4.7781-40.77940.17971340.164293899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.7312 Å / Origin y: -5.0264 Å / Origin z: -33.4212 Å
111213212223313233
T0.1732 Å20.0091 Å2-0.0097 Å2-0.168 Å20.008 Å2--0.1613 Å2
L0.7305 °2-0.5312 °20.6813 °2-0.3987 °2-0.4776 °2--0.5724 °2
S-0.0348 Å °-0.0218 Å °-0.0121 Å °-0.0284 Å °0.0288 Å °0.0111 Å °-0.0186 Å °-0.0045 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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