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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u7u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of extracellular region of human epidermal growth factor receptor 4 in complex with neuregulin-1 beta | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR / signaling protein / TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR COMPLEX / Glycosylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() ERBB3 signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / ventricular cardiac muscle cell differentiation / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of striated muscle cell differentiation ...ERBB3 signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / ventricular cardiac muscle cell differentiation / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of striated muscle cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / cardiac muscle tissue regeneration / endocardial cell differentiation / negative regulation of neuron migration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / neural crest cell development / cell communication / cardiac muscle cell myoblast differentiation / PI3K events in ERBB4 signaling / mammary gland epithelial cell differentiation / cardiac muscle cell differentiation / peripheral nervous system development / embryonic pattern specification / GABA receptor binding / chemorepellent activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mammary gland development / ErbB-3 class receptor binding / positive regulation of protein localization to cell surface / neural crest cell migration / epidermal growth factor receptor binding / ERBB signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / ERBB2 Regulates Cell Motility / nickel cation binding / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / Long-term potentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / mammary gland alveolus development / SHC1 events in ERBB4 signaling / cell fate commitment / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / activation of protein kinase B activity / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / synapse assembly / lactation / epidermal growth factor receptor activity / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / Downregulation of ERBB4 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / regulation of cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / cytokine activity / GABA-ergic synapse / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription coregulator activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / growth factor activity / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / peptidyl-tyrosine phosphorylation / postsynaptic density membrane / brain development / receptor protein-tyrosine kinase / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / nervous system development / PIP3 activates AKT signaling / presynaptic membrane / heart development / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, P. / Cleveland IV, T.E. / Bouyain, S. / Longo, P.A. / Leahy, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A single ligand is sufficient to activate EGFR dimers. 著者: Liu, P. / Cleveland, T.E. / Bouyain, S. / Byrne, P.O. / Longo, P.A. / Leahy, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 553.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 618 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 133.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 180.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68735.508 Da / 分子数: 6 / 断片: Extracellular region (UNP Residues 26-640) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q15303, receptor protein-tyrosine kinase #2: タンパク質 | 分子量: 6196.122 Da / 分子数: 6 / 断片: EGF-like domain (UNP Residues 230-284) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG6000, Mg(OAc)2, MES pH6.0, Hampton Silver Bullet, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.03→50 Å / Num. all: 104051 / Num. obs: 104051 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 93.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTREIS 1MOX AND 2AHX 解像度: 3.03→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9316 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9044 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.544 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.03→49.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.03→3.11 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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