PDB-3u65: The Crystal Structure of Tat-P(T) (Tp0957)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u65

タイトル

The Crystal Structure of Tat-P(T) (Tp0957)

要素

Tp33 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Treponema pallidum / tetratrico peptide repeat / protein-protein interaction / syphilis / lipoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural, Bioinformatic, and In Vivo Analyses of Two Treponema pallidum Lipoproteins Reveal a Unique TRAP Transporter.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Goldberg, M. / Schuck, P. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.

履歴

登録	2011年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u65.cif.gz	386.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u65.ent.gz	324.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u65_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u65_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	3u65_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	3u65_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u64C 4di3 4di4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dp1-d 6cn2-d 1q1n-d 3vv8-d 6kjg-2 1el5-2 1l9e-2 1l9e-1 7b42-d 5uvf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Tp33 protein

A: Tp33 protein

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Tp33 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Tp33 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.693, 148.038, 59.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tp33 protein 分子量: 36691.320 Da / 分子数: 2 / 断片: soluble fragment, UNP residues 15-342 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema pallidum subsp. pallidum (梅毒トレポネーマ) 株: Nichols / 遺伝子: tp0957, TP_0957 / プラスミド: pIVEX2.4d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: O83923
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97818 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97818 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 125807 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Χ²: 1.069 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.42	3.6	0.566	6229	0.956	1	99.7
1.42-1.45	3.9	0.48	6374	0.976	1	99.9
1.45-1.48	4	0.386	6220	0.978	1	100
1.48-1.51	4.1	0.305	6322	1.004	1	100
1.51-1.54	4.1	0.256	6218	1.021	1	100
1.54-1.58	4.1	0.206	6360	1.04	1	100
1.58-1.62	4.1	0.174	6230	1.074	1	100
1.62-1.66	4.2	0.138	6291	1.091	1	100
1.66-1.71	4.2	0.119	6305	1.111	1	100
1.71-1.76	4.2	0.098	6268	1.179	1	100
1.76-1.83	4.2	0.081	6291	1.149	1	100
1.83-1.9	4.2	0.063	6335	1.109	1	100
1.9-1.99	4.2	0.052	6317	1.157	1	100
1.99-2.09	4.2	0.042	6287	1.155	1	100
2.09-2.22	4.2	0.042	6304	1.097	1	100
2.22-2.39	4.2	0.045	6262	1.119	1	100
2.39-2.63	4.2	0.044	6316	1.186	1	99.9
2.63-3.02	4.1	0.033	6315	1.063	1	100
3.02-3.8	4.1	0.023	6340	0.916	1	100
3.8-50	4.1	0.023	6223	0.964	1	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect	COLLECT	データ収集
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→37.768 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.8848 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2013	6322	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1781	-	-	-
obs	0.1792	125753	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.359 Å² / k_sol: 0.417 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.97 Å² / B_iso mean: 24.8716 Å² / B_iso min: 8.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.4542 Å²	-0 Å²	0.6448 Å²
2-	-	-2.3204 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.768 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4964	0	21	464	5449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.194	7262
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	932
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.545	1998

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4149	0.3628	198	0.2997	3800	3998	97
1.4149-1.4316	0.3111	214	0.2971	3994	4208	100
1.4316-1.449	0.2527	200	0.2606	4070	4270	100
1.449-1.4674	0.2846	218	0.2464	3908	4126	100
1.4674-1.4867	0.2655	231	0.2234	3948	4179	100
1.4867-1.5071	0.2244	222	0.2052	4031	4253	100
1.5071-1.5286	0.2121	210	0.1928	3910	4120	100
1.5286-1.5514	0.2121	203	0.1924	4024	4227	100
1.5514-1.5756	0.2186	207	0.1817	4044	4251	100
1.5756-1.6015	0.228	195	0.1763	3911	4106	100
1.6015-1.6291	0.205	232	0.1739	4000	4232	100
1.6291-1.6587	0.2101	202	0.1705	3968	4170	100
1.6587-1.6906	0.2089	230	0.1773	4018	4248	100
1.6906-1.7251	0.1916	172	0.1758	4004	4176	100
1.7251-1.7626	0.1914	221	0.1704	3968	4189	100
1.7626-1.8036	0.1969	235	0.1707	4004	4239	100
1.8036-1.8488	0.1993	209	0.1717	3966	4175	100
1.8488-1.8987	0.2015	214	0.1703	3995	4209	100
1.8987-1.9546	0.1935	205	0.1697	3989	4194	100
1.9546-2.0177	0.195	214	0.1711	3962	4176	100
2.0177-2.0898	0.1933	203	0.1641	4033	4236	100
2.0898-2.1735	0.1745	213	0.1609	3945	4158	100
2.1735-2.2724	0.2011	199	0.1602	4042	4241	100
2.2724-2.3922	0.2063	205	0.17	3988	4193	100
2.3922-2.542	0.2033	213	0.1708	4017	4230	100
2.542-2.7382	0.1903	215	0.1789	3982	4197	100
2.7382-3.0137	0.2111	213	0.1822	3982	4195	100
3.0137-3.4495	0.187	226	0.1823	4027	4253	100
3.4495-4.345	0.1964	207	0.1645	3987	4194	100
4.345-37.7816	0.1898	196	0.1872	3914	4110	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0249	0.5501	-0.2596	0.8912	-0.0705	1.121	0.0196	-0.2853	-0.1523	0.1491	-0.0416	-0.1002	-0.0365	0.1008	0.0191	0.0503	0.0005	-0.0109	0.1422	0.0209	0.1344	5.2369	19.8327	46.3683
2	0.4938	0.5466	-0.2724	1.9542	-1.1102	1.1393	-0.0634	0.0623	-0.0805	-0.3139	0.0661	-0.0172	0.0934	-0.056	0.0013	0.1102	-0.0094	0.0095	0.1062	-0.0101	0.0934	9.4314	21.7391	25.0226
3	1.7742	1.2499	-0.0826	2.4792	0.2516	2.4612	-0.0333	-0.3302	-0.1608	0.1923	-0.0978	-0.0637	0.2235	0.1426	0.1286	0.1721	0.0081	0.0293	0.1736	0.015	0.1481	20.3363	34.7623	26.1304
4	0.6496	0.8898	-0.4552	1.7151	-0.9908	0.8656	-0.1021	0.0987	-0.0083	-0.3236	0.1109	0.0951	0.1166	-0.0663	-0.0071	0.1417	-0.0016	-0.0139	0.1256	-0.0014	0.1096	6.4989	25.984	23.8414
5	1.5433	0.3006	0.305	1.9532	0.412	1.1218	-0.1091	-0.1923	0.0381	0.172	0.0026	0.171	0.0226	-0.143	0.0919	0.1393	0.0106	0.0165	0.1282	-0.003	0.1265	-11.6231	60.4077	17.8084
6	0.2398	0.2777	0.4256	1.4928	1.4194	1.9345	-0.0343	0.093	0.0454	-0.0396	0.0389	-0.0219	0.0588	0.0782	0.0032	0.1247	-0.0029	0.0068	0.1269	0.0151	0.1066	-9.6498	53.7272	-3.0902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resseq 9:75)	B	9 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 76:155)	B	76 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 156:208)	B	156 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 209:325)	B	209 - 325
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 9:87)	A	9 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 88:324)	A	88 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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