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- PDB-3u60: Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u60
タイトルStructure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog
要素
  • (DNA polymerase accessory protein ...) x 2
  • DNA polymerase processivity component
  • Primer DNA strand
  • Template DNA strand
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / AAA+ / ATP hydrolase / sliding clamp / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Rad17 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication ...Rad17 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage clamp loader A subunit, A domain / Bacteriophage clamp loader A subunit, A' domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1260 / Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain ...Bacteriophage clamp loader A subunit, A domain / Bacteriophage clamp loader A subunit, A' domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1260 / Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain / Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Special / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Sliding clamp / Sliding-clamp-loader large subunit / Sliding-clamp-loader small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Kelch, B.A. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: How a DNA polymerase clamp loader opens a sliding clamp.
著者: Kelch, B.A. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2011年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA polymerase accessory protein 44
C: DNA polymerase accessory protein 44
D: DNA polymerase accessory protein 44
E: DNA polymerase accessory protein 44
I: Template DNA strand
J: Primer DNA strand
A: DNA polymerase accessory protein 62
G: DNA polymerase processivity component
H: DNA polymerase processivity component
F: DNA polymerase processivity component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,94518
ポリマ－257,94410
非ポリマー2,0018
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34600 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area92610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.518, 118.443, 133.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resi 1:158
211chain B and resi 1:158
311chain C and resi 1:158
411chain D and resi 17:158
112chain A and resi 159:230
212chain B and resi 159:230
312chain C and resi 159:230
412chain D and resi 159:230
113chain A and resi 234:316
213chain B and resi 234:316
313chain C and resi 234:316
413chain D and resi 234:316

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
DNA polymerase accessory protein ... , 2種, 5分子 BCDEA

#1: タンパク質
DNA polymerase accessory protein 44 / Clamp loader large subunit / Protein Gp44


分子量: 36189.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 44, gp44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04526
#4: タンパク質 DNA polymerase accessory protein 62 / Clamp loader small subunit / Protein Gp62


分子量: 22388.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 62, gp62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04527

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#2: DNA鎖 Template DNA strand


分子量: 9172.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 Primer DNA strand


分子量: 6136.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 3分子 GHF

#5: タンパク質 DNA polymerase processivity component / DNA polymerase accessory protein 45 / Gp45


分子量: 25162.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 45, gp45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04525

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物 ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. all: 40864 / Num. obs: 40789 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.34→3.49 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5063 / Rsym value: 0.563 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.34→49.709 Å / SU ML: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2817 1553 4 %random
Rwork0.2445 ---
all0.246 38782 --
obs0.246 38782 93.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.627 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.8151 Å20 Å28.4436 Å2
2---16.1653 Å20 Å2
3---5.3502 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→49.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16674 897 124 0 17695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01218099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.86924661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8186815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1042815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082988
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1225X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1225X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.707
13C1225X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.691
14D1084X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.756
21A560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.31
23C560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.186
24D491X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.516
31A668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.397
33C668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.328
34D668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-3.44780.31041240.32693014X-RAY DIFFRACTION84
3.4478-3.5710.34041310.30423164X-RAY DIFFRACTION88
3.571-3.7140.31761350.29233296X-RAY DIFFRACTION91
3.714-3.88290.31331360.2733299X-RAY DIFFRACTION92
3.8829-4.08760.27731420.26073389X-RAY DIFFRACTION94
4.0876-4.34350.29271420.23193379X-RAY DIFFRACTION94
4.3435-4.67870.25521480.21283502X-RAY DIFFRACTION97
4.6787-5.1490.25021460.20853493X-RAY DIFFRACTION97
5.149-5.89310.32441470.25683488X-RAY DIFFRACTION97
5.8931-7.42070.28791500.24583547X-RAY DIFFRACTION98
7.4207-49.71490.23041520.1983658X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1142-0.0199-0.8032.0563-0.3546.2866-0.1463-0.01880.37480.58270.35970.4812-0.0319-0.6090.10730.14210.04630.0690.30710.10120.5151-7.0961-1.209220.8668
21.90032.77440.26592.2273-1.14573.756-0.22040.147-0.0444-0.29470.1766-0.0411-0.0064-0.138500.46330.06130.01170.50480.00240.5933-0.2361-4.9395-5.9815
34.5753-0.4917-1.34054.32391.58972.0804-0.04830.12930.3273-0.4489-0.05830.088-0.6784-0.017200.5288-0.01250.0420.3510.08530.431116.1333-34.1341-3.2113
44.0917-0.8327-1.14131.46580.20221.7143-0.01570.08890.6335-0.020.0687-0.0482-0.15510.04820.00080.3532-0.0232-0.02910.37960.05010.462621.2205-2.82479.138
54.15170.743-1.2230.82130.41721.87530.50310.3411-0.54-0.0668-0.3082-0.30450.18740.04280.00060.5810.0389-0.03490.3251-0.01570.434440.5108-17.1736-5.3575
63.4251-0.69830.81484.27660.31755.0560.34070.36830.2065-0.41450.1034-0.27870.05180.38830.00060.27670.05450.13890.34920.00020.459234.2931-48.339-4.0775
73.4837-2.77220.08053.3868-0.83443.53750.0887-0.09790.31380.1196-0.0555-0.4699-0.13070.29060.0040.2338-0.1118-0.09050.3999-0.09950.366743.2084-21.068520.142
83.9211-1.23920.22961.93810.14973.1465-0.2382-0.5091-0.7847-0.2412-0.0824-0.52771.21020.492-0.00940.69920.06090.13870.52410.00290.815956.5477-45.272920.2679
94.29691.30940.41033.30570.54733.7235-0.0309-0.0641-0.24380.11560.274-0.14190.2640.3310.00020.36920.0812-0.02370.37060.06510.329930.4852-62.377913.9364
101.18491.5938-0.74165.3133-2.01086.35370.066-0.2509-0.10380.4668-0.0672-0.19820.81750.212-0.01170.58150.123-0.13750.47530.00560.346737.9737-43.969239.5214
112.1626-0.54730.85971.7746-1.1772.96430.0948-0.5883-1.34130.6950.01280.2588-0.1716-0.3169-0.03321.24850.05380.01560.71460.20820.693830.7079-67.955947.2735
124.0076-0.0048-0.93372.9189-0.7813.71580.1042-0.1395-0.02420.60110.02130.06220.2020.044300.46460.01570.03970.48140.01540.429911.4321-55.819925.0046
130.80911.09380.00651.7029-0.92461.27060.46350.0030.0804-0.1072-0.25530.95090.1059-0.35530.00010.96060.09170.22040.8975-0.01190.8093-11.1355-5.587744.6692
142.37870.1259-0.73781.0713-1.29952.08290.2057-0.00030.76480.3430.03310.605-0.3543-0.55420.00990.42460.0005-0.03270.5512-0.04870.59780.4093-36.444315.5127
153.04292.08060.35651.1591-0.16012.6156-0.0781-0.43070.31420.17290.01030.8304-0.0473-0.6560.00090.92770.13310.02680.8757-0.09090.530412.8102-43.526750.5923
162.2083-0.4143-0.43964.5557-1.58791.3919-0.1571-0.04460.46550.31280.2127-0.5775-0.29910.3938-0.00440.9147-0.1506-0.11830.641-0.22750.926339.17929.049634.6179
174.7552-1.1031-1.13032.47920.58762.5786-0.0184-0.17810.85390.32330.184-0.3892-0.6046-0.086300.88590.02740.01070.4804-0.06710.913114.376723.792827.2725
182.32451.7045-0.85512.6093-0.59211.6756-0.2075-1.1725-0.35250.6730.10780.97620.961-0.027-0.00011.53440.03290.04051.3609-0.05490.911723.57-27.571465.7306
192.54210.2071.95214.468-1.22753.6673-0.1352-0.46360.12140.1382-0.14620.1212-0.20820.0056-00.8653-0.0421-0.10841.015-0.13190.701847.0594-15.053751.9573
202.4914-0.6082-0.02741.2214-0.35672.2283-0.0228-0.96450.61780.1851-0.24330.6292-0.0467-0.089101.12240.09220.16660.9617-0.27181.1964-7.376718.932448.5644
210.95490.09371.28512.091-1.38331.9215-0.3314-0.0591-0.40771.35670.4043-0.01190.13730.262602.11530.15980.261.776-0.05971.2197-11.381.752372.4821
227.1983-3.528-3.32242.0645-0.67613.15430.6683-1.8431.27960.81250.466-1.3655-0.72830.2150.15980.8601-0.0622-0.03910.8698-0.29940.585516.6605-9.154840.9
230.9042-0.7751-0.11931.04360.34560.481-0.6675-0.45320.33020.58440.30551.92470.1457-1.1914-0.48940.54820.12150.02910.9714-0.1391.1927-6.2179-34.968426.7042
244.76030.5929-0.20021.7423-1.37312.35610.2469-1.24010.90121.3198-0.164-0.3484-0.32250.1051-0.01751.12520.0369-0.06040.9188-0.22360.970915.4741-9.362740.3456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain B and resseq 1:159
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resseq 160:232
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resseq 233:319
4X-RAY DIFFRACTION4chain C and resseq 1:159
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and resseq 160:232
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and resseq 233:319
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and resseq 1:159
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resseq 160:232
9X-RAY DIFFRACTION9chain D and resseq 233:319
10X-RAY DIFFRACTION10chain E and resseq 2:159
11X-RAY DIFFRACTION11chain E and resseq 160:220
12X-RAY DIFFRACTION12chain E and resseq 234:319
13X-RAY DIFFRACTION13chain A and resseq 2:37
14X-RAY DIFFRACTION14chain A and resseq 38:113
15X-RAY DIFFRACTION15chain A and resseq 114:187
16X-RAY DIFFRACTION16chain G and resseq 5001:5106
17X-RAY DIFFRACTION17chain G and resseq 5107:5228
18X-RAY DIFFRACTION18chain H and resseq 6001:6106
19X-RAY DIFFRACTION19chain H and resseq 6107:6228
20X-RAY DIFFRACTION20chain F and resseq 7001:7106
21X-RAY DIFFRACTION21chain F and resseq 7107:7228
22X-RAY DIFFRACTION22chain I and resseq 11:30
23X-RAY DIFFRACTION23chain I and resseq 7:10
24X-RAY DIFFRACTION24chain J and resseq 1:20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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