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万見
- PDB-3u5v: Crystal structure of Max-E47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u5v
タイトルCrystal structure of Max-E47
要素Protein max, Transcription factor E2-alpha chimera
キーワードTRANSCRIPTION / basic helix-loop-helix (bHLH) / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / Mad-Max complex / Myc-Max complex / bHLH transcription factor binding / immunoglobulin V(D)J recombination / vitamin D response element binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cellular response to peptide hormone stimulus / B cell lineage commitment / Myogenesis ...Transcriptional Regulation by E2F6 / Mad-Max complex / Myc-Max complex / bHLH transcription factor binding / immunoglobulin V(D)J recombination / vitamin D response element binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cellular response to peptide hormone stimulus / B cell lineage commitment / Myogenesis / E-box binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / MLL1 complex / response to axon injury / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell cycle / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to starvation / B cell differentiation / euchromatin / response to insulin / PML body / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / retina development in camera-type eye / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / dendrite / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Transcription factor E2-alpha / Protein max
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Guarne, A. / Ahmadpour, F. / Gloyd, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the minimalist max-e47 protein chimera.
著者: Ahmadpour, F. / Ghirlando, R. / De Jong, A.T. / Gloyd, M. / Shin, J.A. / Guarne, A.
履歴
登録2011年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein max, Transcription factor E2-alpha chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2003
ポリマ－9,0751
非ポリマー1242
水61334
1
A: Protein max, Transcription factor E2-alpha chimera
ヘテロ分子

A: Protein max, Transcription factor E2-alpha chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3996
ポリマ－18,1512
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y+1/2,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.480, 49.466, 74.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

NO3

21A-95-

HOH

31A-105-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein max, Transcription factor E2-alpha chimera / Myc-associated factor X / Myc-binding novel HLH/LZ protein / Protein myn / Immunoglobulin enhancer- ...Myc-associated factor X / Myc-binding novel HLH/LZ protein / Protein myn / Immunoglobulin enhancer-binding factor E47 / Class B basic helix-loop-helix protein 21 / bHLHb21 / Immunoglobulin transcription factor 1 / Kappa-E2-binding factor / Transcription factor 3 / TCF-3 / Transcription factor ITF-1


分子量: 9075.493 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Max, Myn, BHLHB21, E2A, ITF1, TCF3 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28574, UniProt: P15923
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA OF THE BASIC REGION OF MURINE MAX (UNP P28574 RESIDUES 22-36) ...THE PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA OF THE BASIC REGION OF MURINE MAX (UNP P28574 RESIDUES 22-36) AND THE HELIX-LOOP-HELIX REGION OF HUMAN E47 (UNP P15923-2 RESIDUES 560-610).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5% glycerol, 3.2-3.5 M sodium nitrate, 0.1 M sodium acetate anhydrous, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 7877 / Num. obs: 7852 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.734.60.6472.13850.56598.5
1.73-1.765.70.6052.53730.57499.7
1.76-1.797.10.5583.53930.534100
1.79-1.8380.5473.93670.521100
1.83-1.8790.4645.43970.416100
1.87-1.919.50.48663850.455100
1.91-1.969.80.3877.83840.366100
1.96-2.029.90.2969.83970.3100
2.02-2.079.70.242123880.235100
2.07-2.149.90.18516.53770.182100
2.14-2.229.90.13220.63970.131100
2.22-2.319.80.12223980.12100
2.31-2.419.80.10924.93840.111100
2.41-2.549.80.125.23970.099100
2.54-2.79.60.09224.93920.092100
2.7-2.919.50.07626.83890.0899.7
2.91-3.29.30.05934.54080.062100
3.2-3.668.90.041373890.04298.2
3.66-4.619.60.03152.74170.036100
4.61-4090.03446.54350.04197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QL2

2ql2


解像度: 1.7→23.256 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 353 4.68 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.2082 7881 --
obs0.2082 7550 95.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.441 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.021 Å20 Å2-0 Å2
2--6.2644 Å2-0 Å2
3----2.7783 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数506 0 8 34 548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.567683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.619210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00193
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7-1.94640.30421050.25562217232290
1.9464-2.45180.20841140.19542417253197
2.4518-23.25770.23511340.20382563269799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1773-1.19120.98751.3377-0.0574.9955-0.2394-0.43420.24310.7956-0.90490.36470.9717-0.7293-0.00970.6945-0.10450.19230.1837-0.12070.15-4.248722.048931.8696
20.93330.70940.05856.93877.34528.4556-0.12120.09620.50030.3223-0.18511.2345-0.1709-0.77670.17780.21340.02160.04870.2517-0.0080.2402-6.430118.761222.9211
30.13070.04580.06011.76270.92671.83720.02230.09750.1309-0.1585-0.0070.60210.0429-0.71190.12970.1312-0.0383-0.04010.26320.02110.2582-7.792511.826212.4924
43.4425-0.1535-3.20211.72861.58646.1705-0.6488-0.10560.5728-0.4377-0.19770.46870.6121-0.9288-0.32830.2495-0.0894-0.15290.49330.0870.3601-8.49574.82534.3163
53.82671.98181.47052.35231.34511.8953-0.1353-0.18020.0001-0.51710.15880.53890.2047-0.656-0.07380.3335-0.1059-0.06850.30010.05040.1893-6.44221.515214.1082
60.72740.1205-0.0552-0.0816-0.35084.53470.0342-0.0038-0.01280.00830.0164-0.11120.69950.1087-0.030.2121-0.0014-0.01640.1746-0.00230.15621.14846.41518.7868
71.17671.45930.36471.9888-0.37054.7363-0.03040.3635-0.10710.05020.1479-0.5343-0.42850.7633-0.26970.1327-0.01130.06390.389-0.06830.20923.92528.526-5.8016
82.06330.6969-2.78414.28630.37694.2736-0.12120.008-0.1297-0.3087-0.4209-1.41140.0395-0.4820.15750.40450.2093-0.03130.96450.17480.6291-3.20297.0876-15.6925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7:12)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 13:20)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 21:29)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 30:34)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 35:41)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 42:54)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 55:61)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 62:68)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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