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- PDB-3u52: X-ray Crystal Structure of Xenon-Pressurized Phenol Hydroxylase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u52
タイトルX-ray Crystal Structure of Xenon-Pressurized Phenol Hydroxylase from Pseudomonas sp. OX1
要素(Phenol hydroxylase component ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / 4-Helix Bundle / Hydroxylase / Dioxygen / Hydrocarbons
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol 2-monooxygenase activity / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase domain superfamily / Phenol hydroxylase conserved region / YHS domain / YHS domain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A ...Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase domain superfamily / Phenol hydroxylase conserved region / YHS domain / YHS domain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / : / XENON / Phenol hydroxylase component PheO / Phenol hydroxylase component PheN / Phenol hydroxylase component PheL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者McCormick, M.S. / Lippard, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Analysis of Substrate Access to Active Sites in Bacterial Multicomponent Monooxygenase Hydroxylases: X-ray Crystal Structure of Xenon-Pressurized Phenol Hydroxylase from Pseudomonas sp. OX1.
著者: McCormick, M.S. / Lippard, S.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Correction to Analysis of Substrate Access to Active Sites in Bacterial Multicomponent Monooxygenase Hydroxylases: X-ray Crystal Structure of Xenon-Pressurized Phenol Hydroxylase from Pseudomonas sp. OX1.
著者: McCormick, M.S. / Lippard, S.J.
履歴
登録2011年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenol hydroxylase component phN
B: Phenol hydroxylase component phN
C: Phenol hydroxylase component phL
D: Phenol hydroxylase component phL
E: Phenol hydroxylase component phO
F: Phenol hydroxylase component phO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,84950
ポリマ－223,8486
非ポリマー5,00144
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37390 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area59090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.942, 141.761, 181.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Phenol hydroxylase component ... , 3種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Phenol hydroxylase component phN


分子量: 60217.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alpha Subunit
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
株: OX1 / 遺伝子: phN / プラスミド: pJSX148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q84AQ2
#2: タンパク質 Phenol hydroxylase component phL


分子量: 38458.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Beta Subunit
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
株: OX1 / 遺伝子: phL / プラスミド: pJSX148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q84AQ4
#3: タンパク質 Phenol hydroxylase component phO


分子量: 13248.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gamma Subunit
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
株: OX1 / 遺伝子: phO / プラスミド: pJSX148 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q84AQ1

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非ポリマー , 8種, 632分子

#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物...
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#9: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Tris (pH 7.0), 150 mM Na2MoO4, 5% glycerol (v/v), 19% PEG 8000 (w/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38 Å / Num. all: 149674 / Num. obs: 138448 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.067
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2INN

2inn


解像度: 1.95→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.95 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22774 7356 5 %RANDOM
Rwork0.18295 ---
all0.18521 149674 --
obs0.18521 138448 92.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15331 0 120 588 16039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02215855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.93621466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07551863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09724.179828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.283152639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1751584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.27173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.210820
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0370.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.59326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.784214982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.15536985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9564.56484
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 483 -
Rwork0.262 8964 -
obs--82.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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