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- PDB-3u4q: Structure of AddAB-DNA complex at 2.8 angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u4q
タイトルStructure of AddAB-DNA complex at 2.8 angstroms
要素
  • (ATP-dependent ...) x 2
  • DNA (27-MER)
キーワードHYDROLASE/DNA / Helicase / nuclease / Double strand DNA repair / Protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / 5'-3' exonuclease activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...DNA helicase complex / 5'-3' exonuclease activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enzyme I; Chain A, domain 2 - #50 / Helix Hairpins - #1030 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2380 / DNA helicase subunit AddB / DNA helicase subunit AddA / : / ADDB, N-terminal / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 ...Enzyme I; Chain A, domain 2 - #50 / Helix Hairpins - #1030 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2380 / DNA helicase subunit AddB / DNA helicase subunit AddA / : / ADDB, N-terminal / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Restriction endonuclease type II-like / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B / ATP-dependent helicase/nuclease subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Krajewski, W. / Wigley, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Insights into Chi recognition from the structure of an AddAB-type helicase-nuclease complex.
著者: Saikrishnan, K. / Yeeles, J.T. / Gilhooly, N.S. / Krajewski, W.W. / Dillingham, M.S. / Wigley, D.B.
履歴
登録2011年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent helicase/nuclease subunit A
B: ATP-dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B
X: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,8635
ポリマ－290,7053
非ポリマー1582
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21580 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area99790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.555, 139.714, 103.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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ATP-dependent ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent helicase/nuclease subunit A / ATP-dependent helicase/nuclease AddA


分子量: 141218.844 Da / 分子数: 1 / 変異: D1172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: addA, BSU10630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23478, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA helicase
#2: タンパク質 ATP-dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B / ATP-dependent helicase/nuclease AddB


分子量: 134769.406 Da / 分子数: 1 / 変異: D961A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: addB, BSU10620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23477, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA helicase

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DNA鎖 , 1種, 1分子 X

#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 14716.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 191分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris pH 7.5, 0.8 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→99.5 Å / Num. all: 67577 / Num. obs: 64678 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_750)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.918 Å / SU ML: 1.05 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2865 3203 4.97 %Random
Rwork0.2332 ---
obs0.2358 64447 95.53 %-
all-67462 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.167 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3615 Å2-0 Å2-6.2021 Å2
2---5.0632 Å2-0 Å2
3----2.2984 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18305 555 9 189 19058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65526124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6127369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90.35033220.31266038X-RAY DIFFRACTION95
2.9-3.0160.34283290.29586171X-RAY DIFFRACTION96
3.016-3.15310.34943110.28796149X-RAY DIFFRACTION96
3.1531-3.31920.31873260.26556178X-RAY DIFFRACTION96
3.3192-3.52680.31733520.24836093X-RAY DIFFRACTION96
3.5268-3.79870.29333270.23176148X-RAY DIFFRACTION96
3.7987-4.180.2843210.22356166X-RAY DIFFRACTION96
4.18-4.78270.24383170.19636171X-RAY DIFFRACTION96
4.7827-6.01770.26993180.22626102X-RAY DIFFRACTION95
6.0177-29.91990.25332800.21256028X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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