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- PDB-4cej: Crystal structure of AddAB-DNA-ADPNP complex at 3 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cej
タイトルCrystal structure of AddAB-DNA-ADPNP complex at 3 Angstrom resolution
要素
  • (ATP-DEPENDENT ...) x 2
  • DNA
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / HELICASE-NUCLEASE / DNA BREAKS / DNA REPAIR / SINGLE-STRANDED / DNA-BINDING PROTEINS / EXODEOXYRIBONUCLEASE V / EXODEOXYRIBONUCLEASES / HOMOLOGOUS RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / 5'-3' exonuclease activity / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' exonuclease activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding ...DNA helicase complex / 5'-3' exonuclease activity / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' exonuclease activity / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enzyme I; Chain A, domain 2 - #50 / Helix Hairpins - #1030 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2380 / DNA helicase subunit AddB / DNA helicase subunit AddA / : / ADDB, N-terminal / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 ...Enzyme I; Chain A, domain 2 - #50 / Helix Hairpins - #1030 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2380 / DNA helicase subunit AddB / DNA helicase subunit AddA / : / ADDB, N-terminal / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / Lambda Exonuclease; Chain A / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Restriction endonuclease type II-like / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B / ATP-dependent helicase/nuclease subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Krajewski, W.W. / Wilkinson, M. / Fu, X. / Cronin, N.B. / Wigley, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Translocation by Addab Helicase-Nuclease and its Arrest at Chi Sites.
著者: Krajewski, W.W. / Fu, X. / Wilkinson, M. / Cronin, N.B. / Dillingham, M.S. / Wigley, D.B.
履歴
登録2013年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT HELICASE/NUCLEASE SUBUNIT A
B: ATP-DEPENDENT HELICASE/DEOXYRIBONUCLEASE SUBUNIT B
X: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,8798
ポリマ－297,4663
非ポリマー1,4135
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28680 Å2
ΔGint-117.9 kcal/mol
Surface area100480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.437, 152.941, 125.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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ATP-DEPENDENT ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT HELICASE/NUCLEASE SUBUNIT A / ATP-DEPENDENT HELICASE/NUCLEASE ADDA


分子量: 141218.844 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
プラスミド: PCOLADUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P23478, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA helicase
#2: タンパク質 ATP-DEPENDENT HELICASE/DEOXYRIBONUCLEASE SUBUNIT B / ATP-DEPENDENT HELICASE-NUCLEASE SUBUNIT B / ATP-DEPENDENT HELICASE/NUCLEASE ADDB


分子量: 134769.406 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
プラスミド: PCOLADUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P23477, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA helicase

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DNA鎖 , 1種, 1分子 X

#3: DNA鎖 DNA


分子量: 21477.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: ANNEALED HAIRPIN DUPLEX WITH UNPAIRED SINGLE-STRANDED 3' AND 5' TAILS
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 4種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細MAGNESIUM ION (MG): COORDINATED BY PROTEIN, ANP AND WATER MOLECULES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 7.5, 11% PEG 4000, 0.1M MAGNESIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35.55 Å / Num. obs: 57963 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIXPHASER-MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U44

3u44


解像度: 3→29.731 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 2923 5 %
Rwork0.2027 --
obs0.2048 57942 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18938 925 72 7 19942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00420458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77427784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0617848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.04910.36381240.31122613X-RAY DIFFRACTION100
3.0491-3.10170.35171650.27862608X-RAY DIFFRACTION99
3.1017-3.1580.28891160.26662607X-RAY DIFFRACTION100
3.158-3.21870.35181410.25622619X-RAY DIFFRACTION99
3.2187-3.28430.27631400.24622575X-RAY DIFFRACTION100
3.2843-3.35560.27961320.24612656X-RAY DIFFRACTION100
3.3556-3.43360.31421500.23782565X-RAY DIFFRACTION100
3.4336-3.51930.27621530.22262611X-RAY DIFFRACTION99
3.5193-3.61430.28221260.20722605X-RAY DIFFRACTION100
3.6143-3.72050.25011470.20352651X-RAY DIFFRACTION100
3.7205-3.84030.29271280.20592604X-RAY DIFFRACTION100
3.8403-3.97720.22961600.20352570X-RAY DIFFRACTION100
3.9772-4.13610.2171400.19592632X-RAY DIFFRACTION100
4.1361-4.32380.23571300.1862643X-RAY DIFFRACTION100
4.3238-4.5510.20571160.17792633X-RAY DIFFRACTION100
4.551-4.8350.22791380.17872634X-RAY DIFFRACTION100
4.835-5.20650.2251460.17742632X-RAY DIFFRACTION100
5.2065-5.72710.24131440.19962619X-RAY DIFFRACTION100
5.7271-6.54810.2641520.21062629X-RAY DIFFRACTION100
6.5481-8.22090.22691370.19862645X-RAY DIFFRACTION100
8.2209-29.73270.17171380.17562668X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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