PDB-3u4c: Crystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u4c

タイトル

Crystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in Bacilysin biosynthesis

要素

Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADPH binding motif / Rossmann fold / SDR superfamily / Bacilysin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / antibiotic biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Rajavel, M. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of Bacillus subtilis YwfH (BacG) in tetrahydrotyrosine synthesis
著者: Rajavel, M. / Perinbam, K. / Gopal, B.

履歴

登録	2011年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Experimental preparation
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u4c.cif.gz	114.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u4c.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u4c_validation.pdf.gz	764.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u4c_full_validation.pdf.gz	771.3 KB	表示
XML形式データ	3u4c_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	3u4c_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u49C 3u4dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lnu-3 4fbw-1 5idy-d 5vba-2 1lnu-4 1ahh-d 4ni3-2 3esv-d 6i6f-d 5fwj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

ヘテロ分子

A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.301, 69.301, 206.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-321- HOH

#1: タンパク質	Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH 分子量: 30465.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU37680, ipa-86r, ywfH / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P39644
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.4M Tri-sodium citrate dihydrate, pH 7.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月14日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→22.684 Å / Num. all: 20011 / Num. obs: 19411 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 17.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 872 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→22.684 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8264 / SU ML: 0.28 / σ(F): 2 / σ(I): 3 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2431	949	5.16 %	Random
R_work	0.2012	-	-	-
all	0.2033	20011	-	-
obs	0.2033	18377	92.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.262 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 254.54 Å² / B_iso mean: 48.1474 Å² / B_iso min: 18.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6944 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.6944 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.3888 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→22.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1922	0	48	72	2042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.123	2717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.063	788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	350

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.03-2.137	0.3271	128	0.2863	2347	90
2.137-2.2708	0.4006	102	0.349	2088	79
2.2708-2.4459	0.2975	146	0.2639	2418	92
2.4459-2.6917	0.2661	143	0.206	2613	98
2.6917-3.0803	0.2324	145	0.1901	2668	99
3.0803-3.8778	0.2387	138	0.1881	2372	87
3.8778-22.6855	0.202	147	0.172	2922	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5142	-0.0051	-0.0246	0.3244	0.3476	0.2355	0.1187	-0.3258	1.0664	-0.4041	-0.0496	-0.6763	-0.6125	0.2377	0.0114	0.5237	0.0108	0.0608	0.1833	-0.0694	0.3476	-35.2091	26.4782	16.8885
2	1.5888	-0.1024	0.4227	1.3805	1.1125	1.6847	0.0981	-0.1301	0.4523	0.3535	0.1284	0.0021	-0.3216	0.1156	0.0001	0.5087	-0.0121	0.0853	0.2248	-0.0993	0.2901	-32.5502	27.7988	21.8178
3	0.5525	0.9034	0.0136	1.5103	0.5956	0.5921	-0.0063	-0.2698	0.1025	0.5544	0.2683	-0.2847	-0.123	0.0198	0.0002	0.3237	0.0741	0.0079	0.2184	-0.0443	0.2482	-35.0424	10.4669	20.8879
4	0.7892	-0.3792	0.2725	1.0644	-1.1367	0.9045	0.6214	0.4417	-0.5424	-0.4822	-0.3796	-0.2241	-0.1809	0.6791	0.0796	0.2415	0.1001	0.0058	0.2798	-0.077	0.3856	-32.438	10.188	10.1236
5	-0.0034	-0.2321	0.1071	0.7918	0.107	0.1795	0.2745	-0.435	0.2872	-0.2754	0.032	-0.1105	0.2575	-0.2751	0	0.2559	0.0275	0.0236	0.1956	0.0121	0.2843	-39.0799	6.4186	12.6174
6	0.2012	0.1468	-0.2148	0.4704	0.3974	0.7928	-0.6013	-0.1055	0.1846	0.3811	0.5258	-0.1433	-0.0931	0.3985	-0.0009	0.3313	0.088	-0.062	0.2894	-0.0825	0.2878	-26.4952	15.4008	10.79
7	0.1826	0.0186	0.2071	-0.0694	-0.0233	0.1213	0.0873	-0.4703	0.523	0.4058	0.4869	-0.79	-0.019	1.2133	0.0205	0.3853	0.161	-0.2004	0.8339	-0.2989	0.5755	-10.6791	11.0699	6.8131
8	0.4919	0.1172	0.2568	0.9068	-0.5956	0.8909	0.2554	-0.0073	0.073	-0.0894	0.0296	-0.0412	-0.1896	0.0168	-0	0.3185	-0.0099	0.058	0.2362	-0.0114	0.2762	-33.4973	17.3582	2.6604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain 'A' and (resseq 2:13)	A	2 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain 'A' and (resseq 14:80)	A	14 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain 'A' and (resseq 81:131)	A	81 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain 'A' and (resseq 132:151)	A	132 - 151
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Chain 'A' and (resseq 152:175)	A	152 - 175
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Chain 'A' and (resseq 176:194)	A	176 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Chain 'A' and (resseq 195:225)	A	195 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Chain 'A' and (resseq 226:259)	A	226 - 259

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