[日本語] English
万見
- PDB-3u43: Crystal structure of the colicin E2 DNase-Im2 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u43
タイトルCrystal structure of the colicin E2 DNase-Im2 complex
要素
  • Colicin-E2
  • Colicin-E2 immunity protein
キーワードPROTEIN BINDING / protein-protein complex / DNase / high affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / His-Me finger superfamily / HNH nuclease / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-E2 / Colicin-E2 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Wojdyla, J.A. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the Ultra-High-Affinity Colicin E2 DNase-Im2 Complex.
著者: Wojdyla, J.A. / Fleishman, S.J. / Baker, D. / Kleanthous, C.
履歴
登録2011年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Colicin-E2 immunity protein
B: Colicin-E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5554
ポリマ－26,4502
非ポリマー1052
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
2
B: Colicin-E2
ヘテロ分子

A: Colicin-E2 immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5554
ポリマ－26,4502
非ポリマー1052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.814, 53.277, 32.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Colicin-E2 immunity protein / ImmE2 / Microcin-E2 immunity protein


分子量: 11082.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: imm, ceiB / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P04482
#2: タンパク質 Colicin-E2


分子量: 15367.430 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNase domain (UNP residues 449-581) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: col, ceaB / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS
参照: UniProt: P04419, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M MMT, 27% PEG1500, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.714→121.814 Å / Num. obs: 23549 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.71-1.815.20.4271.81659831740.42793.9
1.81-1.927.30.2872.72343432260.287100
1.92-2.057.30.1844.22221330570.184100
2.05-2.217.30.135.82060928320.13100
2.21-2.427.30.1017.31903326250.101100
2.42-2.717.20.0828.81726723830.082100
2.71-3.137.20.0719.61522221190.071100
3.13-3.837.10.05911.11294518200.059100
3.83-5.426.90.04912.61001114450.049100
5.42-48.8136.30.0415.554768680.0499.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.95 Å48.81 Å
Translation1.95 Å48.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→48.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.1939 / WRfactor Rwork: 0.1526 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8812 / SU B: 2.145 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / SU Rfree: 0.1118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 1206 5.1 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
all0.1638 23419 --
obs0.1638 23419 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.62 Å2 / Biso mean: 18.213 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 2 319 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0211937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.141.9472601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1765243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.29223.774106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83715379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211509
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 70 -
Rwork0.279 1409 -
all-1479 -
obs--95.98 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る