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- PDB-2mgy: Solution structure of the mitochondrial translocator protein (TSP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mgy
タイトルSolution structure of the mitochondrial translocator protein (TSPO) in complex with its high-affinity ligand PK11195
要素Translocator protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / translocator protein (TSPO) / protein-ligand complex / mitochondrial membrane / PK11195 / DPC micelles / peripheral benzodiazepine receptor / helical membrane channel protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of corticosterone secretion / Pregnenolone biosynthesis / response to vitamin B1 / negative regulation of ATP metabolic process / contact inhibition / peripheral nervous system axon regeneration / regulation of steroid biosynthetic process / maintenance of protein location in mitochondrion / establishment of protein localization to mitochondrion / glial cell migration ...negative regulation of corticosterone secretion / Pregnenolone biosynthesis / response to vitamin B1 / negative regulation of ATP metabolic process / contact inhibition / peripheral nervous system axon regeneration / regulation of steroid biosynthetic process / maintenance of protein location in mitochondrion / establishment of protein localization to mitochondrion / glial cell migration / response to acetylcholine / androgen binding / benzodiazepine receptor activity / cellular hypotonic response / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / steroid biosynthetic process / response to manganese ion / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of programmed necrotic cell death / chloride transport / negative regulation of glial cell proliferation / adrenal gland development / lipid transport / negative regulation of mitophagy / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to testosterone / cellular response to zinc ion / behavioral response to pain / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of protein ubiquitination / response to progesterone / cholesterol homeostasis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
TspO/MBR protein / TspO/MBR-related protein / TspO/MBR-related superfamily / TspO/MBR family / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PKA / Translocator protein / Translocator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jaremko, M. / Jaremko, L. / Giller, K. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structure of the mitochondrial translocator protein in complex with a diagnostic ligand.
著者: Jaremko, L. / Jaremko, M. / Giller, K. / Becker, S. / Zweckstetter, M.
履歴
登録2013年11月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1522
ポリマ－18,7991
非ポリマー3531
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 105structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Translocator protein


分子量: 18798.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tspo, Bzrp / プラスミド: pET15PBR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99M32, UniProt: P50637*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PKA / N-[(2R)-butan-2-yl]-1-(2-chlorophenyl)-N-methylisoquinoline-3-carboxamide


分子量: 352.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21ClN2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HN(CO)CA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-13C NOESY
11443D CBCA(CO)NH
11543D HNCO
11643D HNCA
11743D HN(CA)CB
11843D HN(CO)CA
11963D CBCA(CO)NH
12063D HNCO
12163D HNCA
12263D HN(CA)CB
12363D HN(CO)CA
12452D 1H-13C HSQC aliphatic
12553D 1H-13C NOESY aliphatic
12633D CBCA(CO)NH
12733D HNCO
12833D HNCA
12933D HN(CA)CB
13033D HN(CO)CA
13173D CBCA(CO)NH
13273D HNCO
13373D HNCA
13473D HN(CA)CB
13573D HN(CO)CA
13673D 1H-13C NOESY aliphatic
13773D 1H-13C NOESY aromatic
13822D 1H-13C HSQC aliphatic
13922D 1H-13C HSQC aromatic
14023D 1H-13C NOESY aliphatic
14123D 1H-13C NOESY aromatic
14223D (H)CCH-TOCSY
14332D 1H-15N HSQC
14442D 1H-15N HSQC
14552D 1H-15N HSQC
14662D 1H-15N HSQC
14772D 1H-15N HSQC
14822D 1H-15N HSQC
14943D 1H-15N NOESY
15062D 1H-13C HSQC aliphatic
15162D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-100% 2H] DPC micelles, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-2H] DPC micelles, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-100% 2H] DPC micelles, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 mM [U-2H; U-1H, 15N,13C-TRP, ARG] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-100% 2H] DPC micelles, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.5 mM [U-2H,15N; Idelta1/Leu,ValproS-13CH3] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-100% 2H] DPC micelles, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.5 mM [U-2H; U-1H, 15N,13C-Ile,Lys,Pro,Gly] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-100% 2H] DPC micelles, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
70.5 mM [U-2H; U-1H,15N-Leu,Phe] protein, 2.9 mM PKA, 10 mM sodium phosphate buffer, 60 mM [U-100% 2H] DPC micelles, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2.9 mMPKA-21
10 mMsodium phosphate buffer-31
60 mMDPC micelles-4[U-100% 2H]1
0.9 mMentity_1-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2.9 mMPKA-62
10 mMsodium phosphate buffer-72
60 mMDPC micelles-8[U-2H]2
0.8 mMentity_1-9[U-13C; U-15N; U-2H]3
2.9 mMPKA-103
10 mMsodium phosphate buffer-113
60 mMDPC micelles-12[U-100% 2H]3
0.5 mMentity_1-13[U-2H; U-1H, 15N,13C-TRP, ARG]4
2.9 mMPKA-144
10 mMsodium phosphate buffer-154
60 mMDPC micelles-16[U-100% 2H]4
0.5 mMentity_1-17[U-2H,15N; Idelta1/Leu,ValproS-13CH3]5
2.9 mMPKA-185
10 mMsodium phosphate buffer-195
60 mMDPC micelles-20[U-100% 2H]5
0.5 mMentity_1-21[U-2H; U-1H, 15N,13C-Ile,Lys,Pro,Gly]6
2.9 mMPKA-226
10 mMsodium phosphate buffer-236
60 mMDPC micelles-24[U-100% 2H]6
0.5 mMentity_1-25[U-2H; U-1H,15N-Leu,Phe]7
2.9 mMPKA-267
10 mMsodium phosphate buffer-277
60 mMDPC micelles-28[U-100% 2H]7
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 315 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 105 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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