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- PDB-3u3w: Crystal Structure of Bacillus thuringiensis PlcR in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u3w
タイトルCrystal Structure of Bacillus thuringiensis PlcR in complex with the peptide PapR7 and DNA
要素
  • 5'-D(P*AP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
  • 5'-D(P*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*T)-3'
  • C-terminus heptapeptide from PapR protein
  • Transcriptional activator PlcR protein
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA / ternary complex / PlcR-PAPR7-DNA / HTH DNA-binding domain / Quorum Sensing / HTH_3 (Helix-turn-helix) domain / TPR_1 (tetratricopeptide repeats) / Pleiotropic regulator / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacillus PapR / Bacillus PapR protein / PlcR, tetratricopeptide repeat / RNPP family C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Bacillus PapR / Bacillus PapR protein / PlcR, tetratricopeptide repeat / RNPP family C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Tetratricopeptide repeat domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / PlcR associated protein, PapR / PlcR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Grenha, R. / Slamti, L. / Bouillaut, L. / Lereclus, D. / Nessler, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the activation mechanism of the PlcR virulence regulator by the quorum-sensing signal peptide PapR.
著者: Grenha, R. / Slamti, L. / Nicaise, M. / Refes, Y. / Lereclus, D. / Nessler, S.
履歴
登録2011年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator PlcR protein
B: Transcriptional activator PlcR protein
P: C-terminus heptapeptide from PapR protein
Q: C-terminus heptapeptide from PapR protein
Y: 5'-D(P*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*T)-3'
Z: 5'-D(P*AP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9068
ポリマ－82,8266
非ポリマー802
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.880, 71.088, 88.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 YZ

#3: DNA鎖 5'-D(P*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*T)-3'


分子量: 5464.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PlcR box from the 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase promoter plcA
#4: DNA鎖 5'-D(P*AP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 5562.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PlcR box from the 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase promoter plcA

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABPQ

#1: タンパク質 Transcriptional activator PlcR protein


分子量: 35061.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
株: Bt407 / 遺伝子: plcR / プラスミド: pET16.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q45782
#2: タンパク質・ペプチド C-terminus heptapeptide from PapR protein


分子量: 837.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus cereus (バクテリア) / 参照: UniProt: B7IR02

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非ポリマー , 2種, 257分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Sodium Cacodylate, 8% PEG8000, 5% Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月29日 / 詳細: cylindrical grazing incidence mirror
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon (Si) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→80.204 Å / Num. all: 39190 / Num. obs: 38014 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.532.60.6451.155640.64597.7
2.53-2.682.80.4751.453080.47598.4
2.68-2.872.70.3551.849220.35597.1
2.87-3.12.70.2462.545540.24696.7
3.1-3.392.80.1414.342740.14198.1
3.39-3.792.80.0886.837910.08896.2
3.79-4.382.70.05710.533710.05796.5
4.38-5.372.80.04413.128340.04496.3
5.37-7.592.70.03815.421790.03895.2
7.59-53.1922.70.02818.512170.02894.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QFC

2qfc


解像度: 2.4→53.192 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 1815 5.02 %RANDOM
Rwork0.1787 ---
obs0.1816 36151 91.88 %-
all-39346 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.687 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.6077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1832 Å2-0 Å2-7.3665 Å2
2---7.0556 Å2-0 Å2
3----3.1276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4822 738 2 255 5817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.028102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2552310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003920
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4001-2.4650.27571190.23412365236582
2.465-2.53750.34211220.23882539253989
2.5375-2.61940.32811420.24082534253489
2.6194-2.7130.29841350.22052572257290
2.713-2.82170.25451280.2122596259691
2.8217-2.95010.29221350.20672635263592
2.9501-3.10560.26411730.19312600260092
3.1056-3.30010.25061480.17272755275596
3.3001-3.55490.22521250.1692780278095
3.5549-3.91250.22071330.16272684268494
3.9125-4.47840.1981660.14392768276896
4.4784-5.64140.19811470.15212745274595
5.6414-53.20520.20871420.18262763276393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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