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- PDB-3u3h: X-Ray Crystallographic Analysis of D-Xylose Isomerase-Catalyzed I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u3h
タイトルX-Ray Crystallographic Analysis of D-Xylose Isomerase-Catalyzed Isomerization of (R)-Glyceraldehyde
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / Aldose-Ketose Isomerases / Glyceraldehyde / hydride shift / enzyme promiscuity
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / : / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-propane-1,1,2,3-tetrol / FORMIC ACID / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Allen, K.N. / Silvaggi, N.R. / Toteva, M.M. / Richard, J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Binding Energy and Catalysis by d-Xylose Isomerase: Kinetic, Product, and X-ray Crystallographic Analysis of Enzyme-Catalyzed Isomerization of (R)-Glyceraldehyde.
著者: Toteva, M.M. / Silvaggi, N.R. / Allen, K.N. / Richard, J.P.
履歴
登録2011年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6046
ポリマ－43,2831
非ポリマー3215
水9,440524
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,41724
ポリマ－173,1334
非ポリマー1,28420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area32890 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area45160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.651, 98.148, 102.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase

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非ポリマー , 5種, 529分子

#2: 化合物 ChemComp-03W / (2R)-propane-1,1,2,3-tetrol / 1-ヒドロキシ-D-グリセロ-ル


分子量: 108.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 20mg/ml XI in water was mixed with an equal volume of well solution consisting of 0.2-0.3M Mg formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9789
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月18日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→19.972 Å / Num. obs: 272713 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_858)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.97→19.97 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1 / 位相誤差: 8.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.125 13001 4.96 %
Rwork0.116 --
obs0.116 262128 95.8 %
all-262140 -
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.5 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0497 Å20 Å20 Å2
2---0.1328 Å2-0 Å2
3---0.083 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 20 524 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3434463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3191235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.97-0.9810.28043580.25927022X-RAY DIFFRACTION81
0.981-0.99250.26173870.23347526X-RAY DIFFRACTION88
0.9925-1.00460.22344130.20417830X-RAY DIFFRACTION91
1.0046-1.01730.19994100.18037908X-RAY DIFFRACTION92
1.0173-1.03070.18944290.15528012X-RAY DIFFRACTION93
1.0307-1.04480.14644140.13298062X-RAY DIFFRACTION94
1.0448-1.05980.13294070.11298156X-RAY DIFFRACTION94
1.0598-1.07560.11934360.09818167X-RAY DIFFRACTION95
1.0756-1.09240.0994170.08888276X-RAY DIFFRACTION96
1.0924-1.11030.09964130.08298259X-RAY DIFFRACTION96
1.1103-1.12940.09454490.07918362X-RAY DIFFRACTION96
1.1294-1.150.09374440.0758258X-RAY DIFFRACTION97
1.15-1.17210.08054640.0758357X-RAY DIFFRACTION97
1.1721-1.1960.09514500.07948343X-RAY DIFFRACTION97
1.196-1.2220.09194390.08218358X-RAY DIFFRACTION97
1.222-1.25040.09343930.08638478X-RAY DIFFRACTION97
1.2504-1.28170.10164220.098457X-RAY DIFFRACTION97
1.2817-1.31640.10584230.08938382X-RAY DIFFRACTION97
1.3164-1.35510.09734340.09148433X-RAY DIFFRACTION97
1.3551-1.39880.09594250.09488442X-RAY DIFFRACTION98
1.3988-1.44880.10174620.09648503X-RAY DIFFRACTION98
1.4488-1.50680.10094790.09638389X-RAY DIFFRACTION98
1.5068-1.57530.11114280.09748530X-RAY DIFFRACTION98
1.5753-1.65840.10634810.10068485X-RAY DIFFRACTION98
1.6584-1.76220.11444580.1058501X-RAY DIFFRACTION98
1.7622-1.89820.11834140.1148576X-RAY DIFFRACTION98
1.8982-2.0890.12264570.12068651X-RAY DIFFRACTION99
2.089-2.39080.11924630.11678653X-RAY DIFFRACTION99
2.3908-3.01060.14754620.13438765X-RAY DIFFRACTION99
3.0106-19.97660.1484700.14078986X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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