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- PDB-3u2q: EF-Tu (Escherichia coli) in complex with NVP-LFF571 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2q
タイトルEF-Tu (Escherichia coli) in complex with NVP-LFF571
要素
  • Elongation factor Tu 1
  • Thiocillin GE2270 analogue NVP-LFF571
キーワードtranslation factor/antibiotic / translation factor-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / RNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiocillin GE2270 analogue NVP-LFF571 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Elongation factor Tu 1 / Thiocillin GE2270
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Palestrant, D.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of LFF571: an investigational agent for Clostridium difficile infection.
著者: LaMarche, M.J. / Leeds, J.A. / Amaral, A. / Brewer, J.T. / Bushell, S.M. / Deng, G. / Dewhurst, J.M. / Ding, J. / Dzink-Fox, J. / Gamber, G. / Jain, A. / Lee, K. / Lee, L. / Lister, T. / ...著者: LaMarche, M.J. / Leeds, J.A. / Amaral, A. / Brewer, J.T. / Bushell, S.M. / Deng, G. / Dewhurst, J.M. / Ding, J. / Dzink-Fox, J. / Gamber, G. / Jain, A. / Lee, K. / Lee, L. / Lister, T. / McKenney, D. / Mullin, S. / Osborne, C. / Palestrant, D. / Patane, M.A. / Rann, E.M. / Sachdeva, M. / Shao, J. / Tiamfook, S. / Trzasko, A. / Whitehead, L. / Yifru, A. / Yu, D. / Yan, W. / Zhu, Q.
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu 1
B: Thiocillin GE2270 analogue NVP-LFF571
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3364
ポリマ－44,8682
非ポリマー4682
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.303, 132.473, 37.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor Tu 1 / EF-Tu 1 / P-43


分子量: 43324.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tufA, b3339, JW3301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CE47
#2: タンパク質・ペプチド Thiocillin GE2270 analogue NVP-LFF571


タイプ: Thiopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1543.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: UniProt: Q7M0J8, Thiocillin GE2270 analogue NVP-LFF571
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE GE2270A-LIKE ANTIBIOTIC COMPOUND IS REPRESENTED AS POLYMER. THE FIRST 11 RESIDUES OF THE ...THE GE2270A-LIKE ANTIBIOTIC COMPOUND IS REPRESENTED AS POLYMER. THE FIRST 11 RESIDUES OF THE ANTIBIOTIC ARE IDENTICAL TO THE CORRESPONDING RESIDUES IN GE2270A, WITH ONLY THE LAST RESIDUE MODIFIED
配列の詳細THE GE2270A-LIKE ANTIBIOTIC COMPOUND IS REPRESENTED AS POLYMER. THE FIRST 11 RESIDUES OF THE ...THE GE2270A-LIKE ANTIBIOTIC COMPOUND IS REPRESENTED AS POLYMER. THE FIRST 11 RESIDUES OF THE ANTIBIOTIC ARE IDENTICAL TO THE CORRESPONDING RESIDUES IN GE2270A, WITH ONLY THE LAST RESIDUE MODIFIED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.23
詳細: 50mM Tris PH8, 50mM NaCl , pH 8.23, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 11365 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNX2002精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D8T

1d8t


解像度: 2.7→39.02 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.315 582 random
Rwork0.233 --
all-11365 -
obs-11365 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3058 0 29 89 3176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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