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万見
- PDB-3u2h: Crystal structure of the C-terminal DUF1608 domain of the Methano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2h
タイトルCrystal structure of the C-terminal DUF1608 domain of the Methanosarcina acetivorans S-layer (MA0829) protein
要素S-layer protein MA0829
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / DUF1608 domain / cell envelop / surface layer / S-layer / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / cell wall organization / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4190 / DU1608 C-terminal domain / S-layer family duplication domain / S-layer protein / PGF-CTERM archaeal protein-sorting signal / PGF-CTERM motif / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major S-layer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Chan, S. / Phan, T. / Ahn, C.J. / Shin, A. / Rohlin, L. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the surface layer of the methanogenic archaean Methanosarcina acetivorans.
著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Shin, A. / Phan, T. / Ahn, C.J. / Rohlin, L. / Gunsalus, R.P.
履歴
登録2011年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein MA0829
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2012
ポリマ－32,1091
非ポリマー921
水1,20767
1
A: S-layer protein MA0829
ヘテロ分子

A: S-layer protein MA0829
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4014
ポリマ－64,2172
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.675, 49.582, 84.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細the full-length natural protein consists of a tandem repeats of two DUF1608 domains of highly similar sequences

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要素

#1: タンパク質 S-layer protein MA0829


分子量: 32108.582 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal DUF1608 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: C2A / 遺伝子: MA0829, MA_0829 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q8TSG7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M sodium sulfate, 20% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator (Kohzu HLD8-24 Monochromator)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→90 Å / Num. obs: 12345 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.096 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.36-2.4470.3926.811951.051100
2.44-2.5470.30710.212260.976100
2.54-2.667.10.23912.712421.015100
2.66-2.870.19514.712391.016100
2.8-2.9770.1471512321.00999.9
2.97-3.26.90.1241512311.011100
3.2-3.536.70.1031512281.007100
3.53-4.046.50.08515.812421.00499.8
4.04-5.0860.06718.512301.00798.6
5.08-906.50.06421.612801.00598.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3U2G

3u2g


解像度: 2.36→81.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.332 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 570 4.6 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2108 12333 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.71 Å2 / Biso mean: 30.983 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å2-0.05 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→81.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 6 67 2056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.9472777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.833098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7485255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13726.214103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75615307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.355153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.51267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0871.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09422035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6563770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7154.5741
LS精密化 シェル解像度: 2.361→2.422 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 32 -
Rwork0.2 785 -
all-817 -
obs--93.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0717 Å / Origin y: -22.4895 Å / Origin z: 15.607 Å
111213212223313233
T0.0525 Å20.0296 Å2-0.0097 Å2-0.1256 Å2-0.0308 Å2--0.0598 Å2
L1.007 °20.2464 °2-0.3079 °2-0.4119 °2-0.6962 °2--1.6813 °2
S-0.0708 Å °-0.2842 Å °-0.0013 Å °-0.0239 Å °0.0479 Å °-0.0727 Å °0.0242 Å °-0.0801 Å °0.0229 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 154
2X-RAY DIFFRACTION1A164 - 191
3X-RAY DIFFRACTION1A197 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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